Rothovius ensimmältä ei olisi tahtonut suostua hänelle tarjottuun kunniavirkaan. Hän pelkäsi näet tehtävänsä suuria vaivoja ja vastuksia; myös sanoi hän senkin esteeksi, ettei hän muka "slavonian kieltä osaa". Viimein kuitenkin hän taipui kuninkaan, piispojen sekä muiden valtiopäivämiesten hartaisiin pyyntöihin, ja saapui Turkuun heinäk. 6 p. 1627.
Pari viikkoa täällä oltuansa hän jo lähetti hallitukselle katkeran valituskirjeen siitä "hirmuisesta epäjärjestyksestä", jonka hän oli tavannut, "varsinkin pappissäädyssä". Tässä valituksessa olikin todella paljon perää, vaikka kyllä osaksi Rothoviuksen silminnähtävät ennakkoluulot suomalaisia vastaan lienevät vaikuttanet sen, että hän näki mustan vieläkin mustempana.
Jumalanpalveluksessa sekä kansan tavoissa oli vielä paljon "paavilaista hapatusta" jäljellä. Kirkossa veisattiin välistä latinaisiakin virsiä, sanaakaan ymmärtämättä, papukaijan tavalla. Alttareille tuotiin kaikellaisia uhreja. V. 1627 esim. rankaisi konsistorio erästä vaimoa, joka vasikkaonnen tähden oli sytyttänyt vahakynttilän alttarille. V. 1640 vielä nuhteli piispa niitä, jotka alttareille ripustivat vahakuvia (vahakäsiä, jalkoja, sydämiä y.m. kiitosuhriksi kipeitten jäsenien paranemisesta), oravannahkoja (kenties metsäonnen tähden) y.m. Monessa paikassa vietiin niinikään uhreja maahan pystytettyjen ristinpuitten juurelle, ja jos papit joskus hakkasivat semmoisen ristin maahan, niin kansa kiireesti toimitti itselleen uuden sellaisen, sillä muuten ei muka karja voinut menestyä.
Tämän paavilaisen taikauskon rinnalla oli myös vanha pakanallinenkin vielä suuressa voimassa. Ristinpuitten ohessa pidettiin, ainakin sydänmailla, vanhoja karsikkopuitakin pyhinä. Noitia oli joka paikassa, joiden taitoon turvattiin taudeissa sekä kaikellaisessa muussa hädässä. "Tässä maassa", valitti Rothovius v. 1640, "on paljon noitia. Kun ihminen sairastuu, niin he hakevat apua pirulta ja uhraavat kiitosuhreja pirulle. Jos hevonen tulee kipeäksi, haetaan kohta koko joukko äijiä ja ämmiä kokoon, jotka pimeässä pirtissä tyhjentävät olutpuolikollisen, tehden temppujansa." — Kotinoitien apua ei pidetty vielä niin voimallisena kuin kauempana, pohjoisempana asuvien, erittäinkin lappalaisten. V, 1650 esim. mainitaan nuoren rengin Uudestakaupungista käyneen Kitkajärvellä, Kemin Lapissa asti, noidalta varasta tiedustamassa.
Pyhiä päiviä ja kirkkoja pidettiin sangen halvassa arvossa. "Sabbatin rikkominen työnteolla", sanoi Rothovius, "on tämän kansan mielestä leikintekoa." Kirkonmäellä pidettiin jumalanpalveluksen aikana suurta olut- ja viinakauppaa. Kirkossa usein meluttiin ja räyhättiin sopimattomalla tavalla. Vanajan kirkkoherra valitti kerta konsistorioon, että hänen seurakuntalaisensa kirkonaikana juoksevat ulos ja sisään, "niinkuin hullut vuohet". V. 1644 rupesivat Hammarlandissa muutamat vallattomat rengit, papin paraikaa saarnatessa, liikuttamaan saarnastuolia kangilla. Kirkkoherra, joka pelkäsi pönttöineen putoavansa alas, otti viimein karangon ja rupesi kirkkorauhan rikkojia hosumaan. V. 1662 Perniön kirkossa kaksi aatelismiestä, Sass ja Sabelfana, rupesivat riitelemään, vetivät miekkansa esille ja vaativat toinen toisensa taisteluun.
"Jumalan sanan väärinkäyttämistä harjoitetaan häpeämättömästi", kirjoitti piispa v. 1640. Niin myös olivat törkeät haukkumasanat, rivot puheet, raa'at kiroukset ja tappelut aivan tavallisia kaikkien säätyjen parissa. V. 1621 esim. oli Hannu Munck tullut Eerikki piispan luo ja vaatinut Salon vanhaa kappalaista eroitettavaksi virasta; sillä hän tahtoi hänen sijaansa nuorta poikaa, joka oli luvannut naida hänen kamarineitsyensä. Kun piispa kielsi, rupesi aatelisherra hyppimään lattialla niinkuin hurja, haukkuen piispaa kelmin ja varkaan vertaiseksi ja kiroten: "Piru minut vieköön ruumiineni, sieluineni, jollen tee sinusta valitusta kuninkaalle!" — V. 1644 Lemun kirkkoherra rovastikunnan pappien kokouksessa tutkisteli erään kappalaisen oppia, ja kun tämä luultavasti ei osannut selvästi vastata, huusi hän vihoissaan latinaksi: "Audi, bestia!" (Kuules, luontokappale!) Toinen puolestaan oli vastaukseksi paiskannut korvapuustin ja tarttunut kirkkoherraa tukkaan. — V. 1659 haukkui nuori pappi, maisteri Paavali, Kumlingen kirkkoherraa, ampui pyssyllä hänen jälkeensä ja suuteli hänen rouvaansa väkisin. — Samana vuonna syytettiin Pietarsaaren kirkkoherraa siitä, että hän löi vaimoansa. Konsistorion päätös on ajan sivistyskannalle erittäin kuvaava: "Jos kirkkoherra pieksää yli kohtuuden, niin vedettäköön oikeuteen."
Juoppous ja irstaisuus oli myös kauheasti yleistä niin alhaisten kuin ylhäisten parissa. Pari päivää ennen Rothoviuksen tuloa oli eräs pappi kello 7 aamulla tullut aivan juovuksissa konsistorion kokoukseen ja ruvennut hävyttömästi haukkumaan sekä pauhaamaan. —- V. 1648 eräs Turun pappi moitti julkisesti saarnastuolista, että kaupungin raatimiehet tavallisesti tulivat raastupaan "humalaisina kuin siat". V. 1649 Rothovius arveli kappalaisilla useimmissa paikoissa olevan semmoisen palkan, että he tulisivat toimeen sillä, "jolleivät he olisi ahnaat juomaan ja taitamattomat hoitamaan talouttansa". V. 1662 mainittiin Orihveden kirkkoherrasta, että hän on alituisesti humalassa, niin ettei päivällä eikä yöllä ole eroa; niin myös hänen rouvansa enimmiten rypee juovuksissa vuoteellaan. Humaltumista ajoittain pidettiin aivan tavallisena ja luonnollisena asiana, jota ei kunnon miehessä ollenkaan voitu kummeksia, jollei se ainaiseksi tavaksi yltynyt. Virkamiehiltä vaadittiin sitoumus, etteivät he viinapäissäänkään ilmaisisi virkasalaisuuksia. V. 1639 käski hallitus Viipurin vanhan piispan Gabriel Melartopaeuksen hakea itselleen apulaista, jos löytyisi semmoista miestä, joka ei olisi juoppo. — Aviorikokset ja salavuoteudet niinikään olivat hyvin tavallisia ja lapsenmurhia tapahtui niin paljon, että hovioikeus v. 1641 vartavasten kysyi hallitukselta, mitä sen asian parantamiseksi sopisi tehdä.
Niinkuin tästä olemme nähneet, olivat papitkin, "kansan oppaat", osalliset kaikessa ilkeydessä. Paitsi sitä oli myös suuri osa heistä oppimattomia, sivistymättömiä. Vielä v. 1657 valitti Turun maaherra, että eräs mies, joka oli kruunun merimieheksi kirjoitettu, kiireesti oli vihittänyt itsensä papiksi, välttääkseen sotapalvelusta. Että semmoiset miehet eivät olleet hartaita virassansa, on helppo arvata. Rothovius nuhtelikin kiertokirjeissään heitä sangen usein laiskuudesta, koska he välistä jättivät jumalanpalveluksen pitämättä. Yhdessä suhteessa vain hän sanoi heidän kaikkien osoittavan suurta ahkeruutta — nimittäin saatavien koonnissa.
Virkaan tultuansa ryhtyi nyt Rothovius heti ankaraan parannuspuuhaan kirkollisella alalla, kilpaillen yhtä ankaran Bjelken kanssa, joka samalla aikaa puhdisteli maallista alaa. Kerran, välistä kahdestikin vuodessa, hän piti yleisiä pappienkokouksia Turussa,[14] joissa opin kartuttamiseksi pantiin toimeen väittelyjä jostain uskonkappaleesta ja sitten keskusteltiin seurakuntain järjestyksestä. Samaten paremman järjestyksen aikaansaamiseksi julisti hän useampia asetuksia papeille sekä seurakunnille. Ensimäiseen oli hän voimallisemman vaikutuksen vuoksi hankkinut itse kenraalikuvernöörin, Niilo Bjelken vahvistuksen. Myöskin kävi piispa joka vuosi pitkillä matkoilla avarassa hiippakunnassansa, omin silmin joka paikassa valvomassa käskyjensä täyttämistä. Välillä lähetteli hän papeilleen tuon tuostakin kiertokirjeitä. Niissä hän milloin ankarasti nuhteli heidän "suurta uneliaisuuttansa ja huolimattomuuttaan, jota on mahdoton kärsiä", milloin kielsi heitä suotta kuljeksimasta talonpoikien luona kestejä pitämässä, käskien heidän pysyä kotonaan kirjansa ääressä, jollei heitä vaadittu pitäjälle virantoimitukseen; milloin taas hän kehoitteli heitä poistamaan kansan pahoja tapoja, erittäin noituutta ja sabbatin rikkomista. — Niinikään hän painatti omia kirjoittamiaan saarnakokoelmia malliksi taitamattomille papeille.
Varoituksilleen ja kehoituksilleen antoi Rothovius suuremman painon ankarilla rangaistuksilla. Pappi, joka kaksi kertaa oli laiminlyönyt jumalanpalveluksen, pantiin viikoksi vankeuteen,[15] kolmannella kerralla hän menetti virkansa; samoin se, joka ilman laillista estettä jäi pois yhteisistä kokouksista. Tietysti rangaistiin myös juoppoutta, irstaisuutta ja väkivaltaisuutta, jos näistä kanne tehtiin. Nuoria kappalaispappeja pitivät kovassa kurissa ja kuuliaisuudessa kirkkoherrat, joiden renkiä he oikeastaan olivat, ja jos he näille olivat olleet uppiniskaiset, kutsuttiin heidät aina heti Turkuun, missä he saivat kuulla ankaria nuhteita.