Saipa Rothovius kerran, vaikka hän, niinkuin olemme nähneet, liiallisen virkaintonsa vuoksi joskus joutui ahdinkoihin, kuitenkin myös päinvastaistakin moitetta kärsiä. Suomen kenraalikuvernööri Brahe, josta pian tulee lavealta puhetta, oli v. 1638 ensimäisessä virkakertomuksessansa muun muassa myös maininnut, että Suomessa kirkollisella alalla yhä vielä tapahtui epäjärjestystä. Sen johdosta lähetti holhoushallitus Turun piispalle ankaran, paikoittain pilkallisen nuhdekirjeen, varoittaen häntä liiallisesta höllyydestä ja leväperäisyydestä etenkin pappien elämän valvomisen suhteen. Tämä ansaitsematon moite kävi kipeästi Rothoviuksen sydämelle. Hän luetteli kaikki, mitä hän jo oli tehnyt kirkon järjestämiseksi sekä tapojen parannukseksi, ja väitti hallituksen epäilyksen Suomen tilasta olevan liiallisen. "Kyllähän täällä tosin", arveli hän, "harjoitetaan monta syntiä, varsinkin epäjumalan palvelusta ja noituutta; mutta pidetään täällä kuitenkin saarna ja rukous hyvässä voimassa, eikä suinkaan, niinkuin te näytätte luulevan, eletä pimeitten pakanoiden tavalla, joille Jumalan sanan valo vielä on koittamatta." Ukko, niinkuin moni muu ankara saarnamies, oli sangen arka, kun moite koski häntä itseänsä; omia tekojansa puolustaessaan hän nyt rupesi myös puolustamaan suomalaisten tapoja, joita hän muuten sekä ennen että jälkeenpäin kuvaili aika mustiksi.
Tästä samasta kirjeestä tuli myös ilmi hänen suuttumuksensa virkaansa. "Nyt olen", kirjoitti hän, "jo ollut yksitoista vuotta tässä vaivalloisessa virassa, jolla ajalla en ole monta rauhan päivää nähnyt." Parannuspuuhillaan sanoi hän vain joutuneensa pahansuopien vihan alaiseksi, ja olevansa nyt työstä sekä vastuksista niin perin väsyksissä, että soisi itselleen jo pois pääsöä täältä. — Vaan tämä kyllästyminen oli vain hetkellinen. Eipä aikaakaan, niin hän vaikutusinnossansa pyysi saada hoitoonsa Viipurinkin hiippakunnan, — jossa epäjärjestys oli vielä suurempi kuin hänen omassaan. Hän lupasi siinä tapauksessa "siellä vuoden kuluessa saada toimeen enemmän, kuin mitä siihen saakka oli monena vuonna tehty". Tämä hänen toivonsa ei tullut kuitenkaan täytetyksi.
V. 1652 nukahti viimein Rothovius 82-vuotisena kaikista puuhistansa ja huolistansa. Köyhän Smoolannin talonpojan pojasta oli hän neronsa ja intonsa kautta kohonnut korkeaan, mahtavaan arvopaikkaan. Suomalaiset, vaikk'eivät he häntä juuri rakastaneet,[18] eivät kuitenkaan voineet olla häntä kunnioittamatta, ja jälkimaailma, joka ottaa lukuun enemmän työn hedelmät kuin työn ulkomuodon, ylistää häntä paremman kirkkojärjestyksen ja siivompien tapojen aikaansaamisen tähden meidän maassa. Huomattavaa on, että hänen jälkeensä aina Isoon Vihaan asti ei Turun hiippa enää joutunut ainoankaan Suomen miehen päähän. Viipurissa oli vielä tämän vuosisadan keskipaikoille asti suomalaisia piispoja, vaan sitten sinnekin asetettiin enimmiten Ruotsin miehiä.
6. Johannes Messenius.
Kustaa Aadolfin aikana oli vielä uskonpuhdistuksen herättämä uskonnollinen into täydessä voimassaan. Raamattu, ainakin ylemmissä säädyissä, jotka lukea osasivat, oli jokapäiväisenä neuvon ja lohdutuksen lähteenä. Aamu-, pöytä- ja iltarukouksia pidettiin hartaasti, koko perhekunta palvelijoineen yhteisesti. Pyhänä ei jumalanpalvelusta ilman laillista estettä laiminlyöty.
Kaikkiin sekä yleisiin että yksityisiin yrityksiin ryhtyessä anottiin kaikkein ensiksi Jumalan siunausta.[19]
Tällä kauniilla innolla oli kuitenkin myös huono puolensa; alinomaisessa taistelussa katolista kirkkoa vastaan oli sen rinnalla näet muodostunut ahdasmielinen, toisuskolaisia tuomitseva ja vainoova kiihko. Papiston kehoituksesta tuli Kustaa Aadolfin kuningasvalassaan vannoa, ettei hän sallisi mitään muuta jumalanpalvelusta valtakunnassaan, paitsi luterilaista, eikä myöskään kruunun palvelukseen ottaisi ketään vierasuskolaista. Poikkeusasemassa olivat ainoastaan soturit, kauppiaat sekä tehtailijat; sillä niitä oli kotimaisten vähyyden vuoksi pakko ottaa ulkomailta. Heidän piti saada häiritsemättä pysyä uskossansa "niin kauan kuin olivat hiljaa alallaan", s.o. eivät harjoittaneet uskonmenojansa julkisesti, ulkopuolella kotia; "sillä", lisäsi Kustaa Aadolf, "esivalta ei voi omaatuntoa hallita".
Oman kansan omaatuntoa pidettiin siitä huolimatta ankarassa kurissa. Kolme ruotsalaista, jotka Kustaa Aadolfin hallitessa kääntyivät katolisuskoon, eivätkä suostuneet siitä luopumaan, mestattiin lain puustavin mukaan. Sama kohtalo oli jokaiselle jesuitalle tarjona, joka uskalsi tulla Ruotsinvallan rajojen yli; niin suuresti pelättiin tätä mahtavata, viekasta veljeskuntaa. V. 1630 vielä sai Viipurin maaherra käskyn valppaasti pitää silmällä kaikkia kaupunkiin tulevia tuntemattomia ihmisiä, sillä oli muka saatu tietää, että kolme jesuittaa hankiskeli Suomeen, niiden joukossa eräs Viipurissa syntynyt. Tällä kovuudella ja pelolla oli valtiollinenkin syy uskonnollisen ohessa; sillä katolilaisten tiedettiin harrastavan puolalaisen Vaasa-haaran palauttamista Ruotsinmaahan, siksi että heidän uskonsa siellä jälleen pääsisi valtaan.
Vaarallinen oli yksin kirjeenvaihtokin katolilaisten kanssa; sen sai kuuluisa Messenius, josta jo olemme ennen maininneet, kovaksi onnekseen kokea. V. 1616 joutui kiinni eräs Puolan kuninkaan salalähettiläs, tavallisesti Jussi Papistaksi (Paavilaiseksi) nimitetty. Hädissään hän ilmoitti Messeniuksenkin olevan osallisena hänen salahankkeisiinsa. Tämä ei voinut kieltää viljelleensä kirjeenvaihtoa muutamien Puolassa asuvien miesten kanssa, mutta väitti sen koskeneen osaksi aivan yksityisiä perheellisiä asioita, osaksi muutamien Ruotsin historialle tärkeitten paperien takaisinsaamista, jotka eräs Kustaa Vaasan aikana paennut piispa oli vienyt sinne. Messeniuksen osallisuutta valtiollisiin vehkeisiin ei saatukaan todistetuksi, mutta vahingoksi hänelle joutui oikeuden käsiin eräs hänen kirjeensä, missä hän vakuutti yhä vielä olevansa harras katolilainen, vaikka hänen sitä täytyi salata.[20] Pitkän tutkinnon jälkeen tuomittiin Messenius kuolemaan, jonka päätöksen kuningas kuitenkin muutti elinaikaiseksi vankeudeksi.
Samoin kuin siihen aikaan, niinkuin olemme nähneet, Inkerinmaa oli Ruotsin Siperiana, samoin Suomen itärajan linnoja, Kajaanin ja Käkisalmen, käytettiin talletuspaikkoina kovasti rangaistaville valtiovangeille. Siellä he olivat aivankuin elävältä haudatut, koko sivistyneestä ihmiskunnasta eroitetut. Oulun läänin maaherra Eerikki Hare, joka juuri silloin sattui olemaan Tukholmassa, sai käskyn viedä Messeniuksen mukanansa Kajaaniin. Viikon päivät he purjehtivat pääkaupungin ja Vaasan väliä; täällä he viipyivät useampia viikkoja, kunnes pakkanen oli rakentanut siltansa ja portaansa avaroille soille. Sitten vasta ajettiin loppumatka, sillä ei ollut vielä mitään maantietä noilla Pohjan perillä.