Saaressa, keskellä Ämmäkosken vihaisia kuohuja, sai nyt Messenius ahtaassa linnankammiossa viettää koko yhdeksäntoista vuotta. Alussa oli hänellä täällä poikansa opettaminen hupaisena ajanvietteenä; mutta muutamien vuosien kuluttua otettiin häneltä lapsi pois, ettei hän häneen muka saisi istuttaa katolinuskoa. Myös varoitettiin yhä linnanisäntää valvomaan, ettei vangilla olisi tilaisuutta jatkaa salaista kirjeenvaihtoa ulkomaan katolilaisten kanssa.
Käskyläiset, niinkuin tavallisesti käypi, tekivät tylyt käskyt vieläkin tylymmiksi pannessaan ne toimeen. "Maaherra Eerikki Hare", valitti Messenius eräässä riimissään, "ahdisti minua pahemmin kuin painajainen",[21] ja hänen vävynsä Helge oli siinä asiassa hyvänä apulaisena. Hän otti Messeniukselta pois omat tutut palvelijat, vieläpä haukkui ja torui vahtimiehiäkin, jos joku heistä joskus armahti vankia. Uusi tupa rakennettiin tuoreista hirsistä niin alhaalle ja lähelle kosken kuohua, että vesi usein hyrskähteli lattian saumojen läpi. Maapuolella oli ikkunan alla linnan navetan tunkio, ja ruoka-aitaksi määrättiin lautakoppi, jota sotamiehet ennen olivat likaiseen tarkoitukseen käyttäneet. Tähän käskettiin Messeniusta muuttamaan ja, kun hän ei suostunut, kannettiin hän väkisin. Vastaan ponnistaessa repeytyivät häneltä silloin vaatteet hajalleen ja kylkiluu katkesi. Jonkun ajan kuluttua otti Helge pois kirveen, jolla Messenius pilkkoi itselleen polttopuita — vangilla ei muka saanut olla asetta — ja kun eräs armelias sotamies sitten lainasi hänelle puukkonsa, sai hän sen johdosta kovia nuhteita. Usein kehoitti Helge vahtimiehiä viskaamaan Messeniusta kivillä. Omin käsin hän kerta iski rouvalle verihaavan. "Ei se mitään", ivaili hän vaan, "vaikka Messenius itsekin menettäisi henkensä!"
Vaikka Messenius olikin tavattoman voimakas sekä ruumiiltaan että hengeltään, olisi hän kuitenkin epäilemättä menehtynyt tähän kurjuuteen, jollei hänellä olisi ollut vaimonsa ja kirjansa; näitä molempia lohdutuksia eivät toki armottomat vanginvartijat olleet häneltä kieltäneet. Edellinen teki kaikki, mitä uhrautuvainen rakkaus tämmöisessä tapauksessa voi, huojentaakseen miehensä elämää. Jälkimäiset saattoivat nuo pitkät päivät täällä yksinäisyydessä pikemmin kulumaan. Messenius jatkoi ennen jo alotettuja historiallisia tutkimuksiansa ja kirjoitti ensimäisen täydellisen Ruotsinvallan historian, nimeltä Scondia Illustrata (Valaistu Skandinavia). Paitsi sitä valmistui häneltä vielä useampia muitakin historiallisia teoksia, niiden joukossa myös ruotsinkielinen "Suomen riimikronikka".
Surkeasta tilastansa oli Messenius monta kertaa kirjoittanut kuninkaalle; mutta enimmäksi piti linnanisäntä huolta siitä, etteivät kirjeet päässeetkään linnan porttia edemmäksi; taikka, jos ne perille tulivatkin, oli muuten lempeä Kustaa Aadolf niin leppymättömästi vihastunut tähän mieheen, ettei hän pitänyt niistä lukua. Vasta kuninkaan kuoltua suotiin vankiparalle vähitellen huojennusta. Pohjanmaan lääni oli nyt saanut myös uuden, armeliaamman maaherran, joka todisti todeksi sen, mitä Messenius kirjoitti valmistuneista arvokkaista teoksistaan. V. 1635 sallittiin siis hänen muuttaa Oulun linnaan, likemmäksi ihmismaailmaa, ja annettiin hänelle runsaammin elatusta. Mutta kuolema tekikin jo seuraavana vuonna lopun hänen levottomasta elämästään.
7. Kemin lappalaisten käännytys.
Noituus ja taikausko olivat, niinkuin olemme nähneet, yleiset koko Suomessa Rothoviuksen aikana. Mutta vielä huonompi oli valistuksen tila hänen hiippakuntansa eräässä osassa, nimittäin Kemin Lapissa; siellä näet oli pakanuus vielä täydessä voimassa. Katolisella aikakaudella ei ollut kristinopin saarna juuri ollenkaan kaikunut Lapin tuntureilla. Pirkkalaiset olivat sitä kaikin voimin vastustaneet, sillä he pelkäsivät ja syystäkin, ettei heidän sallittaisi kristityitä ihmisiä riistää ja ryöstää, niinkuin heillä oli ollut tapana tehdä pakanallisille alamaisilleen. Kustaa Vaasa oli sitten, hävitettyään Pirkkalaisvallan, lähettänyt lappalaisille lähetyssaarnaajia. Kaarle IX oli rakennuttanut kirkon kuhunkin Lappiin, kuitenkaan pappeja niihin asettamatta; ja Kustaa Aadolf oli Lykseleen, Uumajan Lappiin perustanut koulun, jossa kymmenkuntaa lappalaispoikaa aina kasvatettiin. Mutta näistä toimista ei ollut vielä paljon nähtäviä hedelmiä tullut ilmi, ei ainakaan Suomen puolella. Lappalaiset turvasivat täällä yhä vielä yksistään seitoihinsa eli epäjumaliinsa ja käyttivät omia noitiansa pappeina.
Hädän tullessa kutsuttiin aina noita avuksi. Hän tuli kannuksinensa, noitarumpuinensa, jonka pärmä oli pureksitulla lepänkuorella piirustettu täyteen punaisia viiruja ja kuvia. Siinä olivat kuvatut Lapin jumalat, siinä lappalaiset itse kotineen, poroineen, siinä metsän otukset ja pedot, siinä vuoret ja metsät, joet ja järvet, siinä toiset kansat, joiden yhteyteen lappalainen saattoi tulla, sanalla sanoen, kaikki, mikä hänen elämäänsä suinkin koski. Noita, syvään kumartaen, pani nyt arvan, s.o. vaskirenkaan tai vaskilevyn, keskelle pärmää ja rupesi rummuttamaan, jolloin tietysti arpa hyppeli paikasta toiseen. Tätä tehdessään joikui (lauloi) hän kaikuvasti, ja kaikki läsnäolevat säestivät, naiset alemmalla, miehet kimakammalla äänellä. Sen mukaan mihin kohtaan arpa viimein seisahtui, antoi sitten noita ennustuksensa ja selityksensä. Monesti myös joutui hän haltioihin ja vaipui horroksiin, jolloin luultiin hänen sielunsa lentelevän asioita tiedustelemassa.
Enimmiten noita liitti selitykseensä sen neuvon, että pahan poistamiseksi tai toivon täyttämiseksi piti viedä anne eli uhri seidalle. Hän valmisti nyt itsensä siihen pyhään toimitukseen paastolla sekä kylpemisellä; hän puki ylleen parhaat vaatteensa; hän pujotti vaskirenkaan oikeaan käsivarteensa sekä pani valkoisen olkavyön vasemmalta olalta oikealle kupeelle. Päässä piti olla valkoinen palttinainen hytyrä. Muutamin seuduin koristi hän sekä itsensä että uhrieläimen lehti- ja kukkaskiehkuroilla. Talonväki, samoinkuin juhlaan kutsutut vieraat seurasivat häntä pyhävaatteissaan.
Heimokunnan seita seisoi aina korkealla vuorella, jota nimitettiin passevaareksi (pyhävuoreksi). Tämmöisen pyhän paikan läheisyydessä ei saanut olla ihmisasuntoa. Vaimoväki ja koirat eivät saaneet sitä ollenkaan lähestyä; muuten oli vaara tarjona. Noita, perille tultuansa, riisui kengät jalastaan; sillä olihan mahdollista, että niiden nahka olisi sattunut olemaan peittousastiassa samalla kertaa kuin naisen kenkänahkakin, ja silloin olisi pyhä paikka ollut saastutettu. Uhripaikassa ei vaaran uhalla saatu meluta, ei edes kovasti puhua.
Seidat olivat joko kivestä tai puusta. Edellisiksi valittiin joku muodoltaan eriskummallinen, jos mahdollista hiukankin ihmisennäköinen kallionlohkare. Puiset tehtiin tavallisesti koivunkannosta, jonka juuripuoli, ylöspäin käännettynä, oli päänä hiuksineen, ja tyvipuoleen hakattiin kirveellä muutamia uurteita, niin että siihen tuli jonkunlainen kömpelö rungon ja jalkojen kuva. Erittäin mainio oli Tornion Lapissa tämmöinen puunkanto, jota läheiset sekä kaukaiset lappalaiset, Vironakan nimellä, pitivät suuressa arvossa ja palvelivat. Seitojen alla piti aina olla talvella tuoreita havuja, kesällä lehtiä ja ruohoa; niinpian kuin ne kuivuivat, toimitettiin heti vereksiä. Epäjumalan kuvan ympäri oli tavallisesti laitettu uhrilava neljän pönkän nojaan, ja sen ympärille oli taas pystytetty kauniita nuoria koivuja ja kuusia.