Kohta ensimäisellä retkellään huomasi Brahe "paljon epäjärjestystä kaikissa asioissa". Sitä hän rupesi nyt kaikin tavoin parantelemaan. Osaksi hän teki sen oman valtansa nojalla, osaksi, jos parannukset vaativat suurempia hankkeita ja perinpohjaisempia muutoksia, täytyi hänen pyytää niihin valtionholhoojain apua. Siksi hän lähetti v. 1638 hallitukselle lavean, merkillisen kertomuksen Suomen tilasta, joka näyttää, kuinka tarkka hän oli ollut huomaamaan maamme edut sekä puutteet ja keksimään apuneuvoja edellisten edistämiseksi, jälkimäisten poistamiseksi.
"Tämä maa", kirjoitti hän, "on niin suuri ja monin paikoin niin rikas, varsinkin on runsaasti kaloja sekä merenrannalla että myös sisämaan avarissa järvissä, että se siinä suhteessa voittaa melkein kaikki tunnetut maat. Hyödyllisiä metsiä on yltäkyllin, lintuja ja metsäneläimiä runsaasti, metallivuoria on myös alkanut tulla ilmi; jos Jumala sallisi sen vaurastua sellaiseen tilaan, mihin se ihmisjärjen arvion mukaan voisi nousta, niin se minun mielestäni olisi (sen suuresta, avarasta alasta puhumattakaan) moneen melkoiseen kuningaskuntaan Euroopassa verrattava."
"Kauppaliikkeelle", lisää hän edempänä, "on koko tämä Suomen suuriruhtinaanmaa jokiensa, salmiensa sekä järviensä puolesta niin sovelias kuin suinkin joku maa voi olla, vähällä vaivalla[23] voi päästä veneellä Porista Päijänteeseen, Päijänteestä Lapveteen (Saimaaseen), sieltä Lapinmaalle Kajaaninjärveen (Oulunjärveen) ja taas sivullepäin Käkisalmen lääniin. Näin voisi kuljettaa tavaroita sekä yhdelle että toiselle haaralle, ja tavaraa liikenisikin täältä paljon yli sen, mitä on tarvis tuottaa ulkomaalta. Jos vaan Jumala antaisi siunauksensa, että kaikki saataisiin säntilleen, niin ei mikään estäisi kaupunkien hyvää vaurastusta."
Yhtä tyytyväinen ei hän kuitenkaan ollut maan asukkaihin. Suuresti valittaa hän voutien sekä lainlukijain huolimattomuutta ja kelvottomuutta, niin ettei maaherroilla ole monta, jos yhtään, johon he voisivat luottaa.[24] "Ahkerasti haetaan parempia", lisää hän, "mutta harvoja löydetään. Jos tänne yliopisto saataisiin, niin kansa luultavasti edistyisi, ja varsinkin saataisiin soveliaampia lainlukijanaineksia." Papeista hän arvelee, että enin osa on sanankuulijoilleen vain pahentavana esimerkkinä, sillä elämässään he harjoittavat jos joitakin pahoja tapoja. Jumalanpalvelusta ja saarnaa pidetään kuitenkin ylimalkaan puhtaasti, paitsi Käkisalmen läänissä. Kansa riippuu sittenkin vielä paljon kiinni vanhoissa epäluuloissa ja taikauskossa.[25]
Tämän kuvauksen johdosta tekee Brahe suuren joukon tärkeitä parannusehdoituksia.
Luonnollisten kulkuneuvojen lisäksi hän tahtoi nyt vielä saattaa valmiiksi Eerikki Tuurenpoika Bjelken keskenjääneen työn, Saimaan kanavan. "Olen myös", sanoo hän, "katsellut tuota alotettua kaivantoa Lappeenrannassa, ja arvelen luultavaksi, että sen vähällä kustannuksella sekä vedentulvan vaaratta voisi saada laivoilla kuljettavaan kuntoon Viipuriin saakka. Vuoksikin", lisää hän, "näyttää minusta ikäänkuin se ei olisi luonnon luoma, vaan kaivettu, niin niskasta kuin myös alempana, missä koski käy."
Turkua Brahe ehdoitti laajennettavaksi, Viipuri piti uuden kaavan mukaan järjestettämän, Helsinki muutettaman Vantaanjoen suusta soveliaampaan paikkaan, ja useampia uusia kaupunkeja sekä kauppaloita perustettaman sisämaahan kaupan helpoitukseksi.
Hämeenlinnan ja Viipurin läänit (joista edelliseen myös kuului Uusimaa, jälkimäiseen Savo) olivat hänen mielestänsä liian avarat. Kansan oli syrjäisemmiltä kulmilta vaikea esittää valituksiansa maaherralle, ja tämän puolestaan oli mahdoton niin usein kiertää ympäri piirikuntaansa, että oikeus ja järjestys tulisi tyystin valvotuksi. Heidän piti siis kumpaisenkin saada apulaisensa. Samoin olivat useimmat sisämaan pitäjistäkin ylen suuret, ja sietäisivät siis jakamista.
Vouteja oli liian monta, eri miehiä samoilla seuduilla eri veronlajeja varten, niin että kun toinen juuri talosta läksi, toisen jo nähtiin tulevan, eikä kukaan heistä vähääkään sovittanut ajoaikaansa niin, että se talonpojalle olisi tuntunut helpoimmalta. Brahe ehdoitti senvuoksi, että kaikki saman seudun verot annettaisiin yhden voudin haltuun. Tälle sitten voitaisiin myöntää suurempi palkka, joten saataisiin kelvollisempia miehiä. Myöskin lainlukijain palkkaehdoista piti Brahe huolta lahjainoton estämiseksi; hänestä oli lähtenyt määräys heidän vakinaisesta palkastaankin, josta ennen on ollut puhe.
Samalla kun hän tahtoi vähentää voutien lukumäärää, hän ehdoitti toisen tarpeellisen parannuksen veronmaksutapaan nähden. Talonpoikien täytyi näet, paitsi maansa päätuotteita, vielä tuoda kaikellaista pientä tavaraakin, niinkuin turkiksia, lankaa, sukkia, kintaita y.m. kruunulle veroksi. Siitä johtui, että talonpojan pää meni ihan pyörälle eikä hän koskaan tiennyt, milloin kaikki oli suoritettu; vouti siis helposti sai tilaisuutta harjoittaa petosta. Sen estämiseksi veresti nyt Brahe ehdoituksen, jonka jo Bjelke oli tuonut esiin, että nimittäin verot vasta maksettaisiin ainoastaan rahassa, viljassa, voissa, kaloissa sekä tervassa.