Sotamiehenoton suhteen hän niinikään esitti uuden ehdotuksen. Me muistamme, miten kansa rekryyttiherrojen tullessa aina miehissä pakeni saloille. Ainoaksi avuksi tätä vastaan arveli Brahe, että kunkin maakunnan asukkaitten kanssa tehtäisiin sovinto vakinaisesta sotamiesmäärästä, jonka sitten kansa itse saisi keskenään hankkia sille soveliaimmalla tavalla.
"Suomalaisten päävirheitten (nimittäin huolimattomuuden, laiskuuden ja juoppouden) poistamiseksi niin hyvin käskyläisistä kuin käskynalaisista, sekä jumalisemman, säädyllisemmän, paremman elämän aikaansaamiseksi ei ole, lähinnä Jumalan siunausta, muuta kuin yksi keino — se on akatemian perustus." Näillä sanoilla lopettaa Brahe viimein kertomuksen, vielä kerran uudistaen ennen jo pari kertaa siinä lausutun tärkeimmän ehdotuksensa.
Hänen neuvonsa olivat niin viisaat, hänen arvonsa ja voimansa Tukholmassa sitä paitsi niin suuri, että hallitus varsin pienillä muutoksilla suostui kaikkeen, mitä hän oli ehdottanut. Brahe sai nyt siis yllin kyllin työtä yllämainittujen sekä vielä perästäpäin lisäksi keksittyjen parannusten toimeenpanosta. Saimaan kanavan kaivattamiseen hän tosin, luultavasti rahanpuutteen tähden, ei voinut ryhtyä; mutta ainakin perattiin ensi aluksi Varkauden ja Konnuksen kosket veneillä kuljettaviksi. Kaupungeita laajennettiin tai muutettiin ehdotuksen mukaan; uusia kauppaloita perustettiin sisämaahan. Läänejä ja pitäjiä jaettiin. Veronkoonti järjestettiin paremmalle kannalle. Sotamiesotto ruoduittain saatiin toimeen ensialuksi Savossa; muistikirjassansa kehuu Brahe saaneensa "jäykät savolaiset" suostumaan siihen, että aina kuusi taloa varustaisi yhden soturin. Yliopisto sekä koko joukko kouluja perustettiin. Useat tarpeelliset uudet virastot ja laitokset saivat muutenkin tänä aikana alkunsa. Ensimäiset maamittarit olivat jo vähää ennen Brahen tuloa saapuneet maahan. Nyt määrättiin erinäinen vuorimestari Suomea varten. Myös perustettiin v. 1638 postilaitos, ensin kuitenkin ainoastaan rantamaitten tarpeeksi. Tukholmasta kulki posti Turkuun, sieltä kahta eri tietä Viipuriin, nimittäin ylistä Hämeenlinnan kautta taikka merenrantaa myöten. Viipurista se pitkitti matkaansa toiselta puolen Käkisalmeen, toiselta Narvaan; Helsingistä vietiin kirjeet jaalalla Rääveliin. Pohjoiseen päin Turusta ulottui sen tie Ouluun saakka. Postimaksu oli eri suuruinen matkan pituutta myöten, esim. Turusta Helsinkiin 22,50 penniä, Viipuriin 45 p., Käkisalmeen 66,50 p. Pian postin perustamisen jälkeen saatiin myös vihdoin nuo jo kauan aikaa hankkeissa olleet kestikievarit asetetuiksi, v. 1638 kaupunkeihin ja 1649 maalle, jolla tavoin vapaa kyyditseminen loppui. Näin tehtiin kaikilla aloilla ahkerasti työtä Suomen vaurastuttamiseksi, kylvettiin uuden toivorikkaan tulevaisuuden siemeniä.
Vuonna 1640 loppui Brahen virka-aika; sillä 1634 vuoden hallitussääntö ei sallinut ilman uutta määräystä läänien ja valtakunnanosien hallitusmiesten kauemmin pysyä virassansa. Hän palasi Tukholmaan, missä hän valtaneuvostolle teki tiliä toimistansa. Sen kuultuansa lausui silloin neuvoskunnan esimies Aksel Oxenstjerna nämät merkilliset sanat: "Me olemme aina kuulleet, että jos vain Suomea hyvin hallittaisiin ja kaikki saataisiin siellä hyvään kuntoon, niin että pää, kädet ja jalat soveltuisivat yhteen, niin se maa vetäisi voimassa, varallisuudessa sekä väen paljoudessa Ruotsille vertoja."
Brahe tehtiin nyt valtadrotsetiksi eli oikeusministeriksi ja holhoushallituksen jäseneksi, joissa viroissa hänellä epäilemättä oli hyvin paljon työtä. Mutta sittenkin hän otti vielä pari, kolme vuotta edelleen sangen paljon osaa Suomen maan asioihin, melkein niinkuin hän yhä olisi ollut sen kenraalikuvernöörinä. Hän kirjoitteli tiheään käskykirjeitä kaikellaisille virkamiehille Suomessa, ja he puolestaan lähettivät hänelle kertomuksia toimistansa. Eikä aikaakaan, niin lähetettiinkin hän jälleen takaisin Suomen hallitsijaksi. Hän tuli Turkuun vähää ennen juhannusta 1648, jolloin läänin maaherra ja piispa, papisto ja yliopistokunta, pormestari ja koko raati sekä neljä lippukuntaa aseellisia porvareita oli häntä Auran rannalla juhlallisesti vastaanottamassa. Tällä kertaa oli Pohjanmaakin laskettu hänen hallituspiirinsä lisäksi; mutta sen sijaan oli Käkisalmen lääni siitä eroitettu ja yhdistetty Inkeriin. Brahe alkoi nyt taas tehdä pitkiä matkoja ympäri Suomea ja työskenteli väsymättömästi maamme hyväksi. Mutta tämä hänen virka-aikansa ei ole kuitenkaan jättänyt yhtä syviä jälkiä kuin ensimäinen. Jollemme ota lukuun muutamien uusien kaupunkien ja koulujen perustamista, oli hänen toimensa nyt pikemmin vain entisten laitosten menestymisen valvomista. Osaksi oli edellisellä kerralla jo laskettu pääperustus tärkeihin ja suuriin uudistuksiin, osaksi myös Kristiina kuningattaren tuhlaukset vaikuttivat vuosi vuodelta yhä pahemman puutteen kruunun varoissa. Surkeata on melkein jokaisesta kenraalikuvernöörin kirjeestä tältä ajalta lukea valituksia, miten vaikea on pitää voimassa kaikkia Suomen laitoksia, kun niiden kustantamiseksi aiotut talot ja pitäjät lahjoiteltiin aatelisherroille.
Tällä ajalla oli Brahe Turussa läsnä suuressa riemujuhlassa, jota tuomiokirkossa vietettiin suurilla menoilla kolmekymmenvuotisen sodan loppumisen johdosta. Olipa tosiaan syytäkin riemuita rauhasta, kun valtakunta nyt viimein satavuotisten melkein lakkaamattomien sotien jälkeen (vuodesta 1555) kerran sai huoahtaa. Mutta myös surullista juhlaa oli hänen pakko täällä viettää. Hänen rakas puolisonsa, joka noilla vaivalloisilla matkoillakin oli enimmiten seurannut hänen mukanaan, kuoli Turussa v. 1650. Hautajaiset tietysti olivat komeat; juhlavärssyjen parissa oli myös suomalaisia, jotka eräs kreivin suomalainen suosikki Eerikki Justander oli sepittänyt.
Samana vuonna tuli kruunun sotalaiva noutamaan Brahea Tukholmaan Kristiinan kruunaukseen, jossa hän yhdessä arkipiispan kanssa laski kruunun kuningattaren päähän. Sen jälkeen hän palasi Suomeen Pohjanlahden ympäri; mutta syksyllä 1651 hän läksi jälleen takaisin Ruotsiin, eikä enää sitten käynyt meidän maassamme. Osaksi tyhjyys vainajan jälkeen täällä pahemmin tuntui; osaksi Brahe ei joutanut olla poissa muista viroistansa. V. 1654 lakkautettiin sitä paitsi kruunun varojen rappiotilan tähden kenraalikuvernöörinvirka.
Drotsetina oli kuitenkin Brahella yhä edelleen Suomenkin oikeusasiain ylimäinen hoito. Vielä lähemmin kiinnitti häntä meidän maahan hänelle jo v. 1646 uskottu Turun yliopiston kanslerin virka. Tässä hän elämänsä loppuun saakka osoitti hellintä huolta ja tarkinta valppautta, auttaen Auran akatemiaa mahtavalla puoltosanallaan, jos sen hyväksi oli kruununvaroja tarpeen, nuhdellen keskenään riitaisia professoreita ja käskien heitä yhteisen yliopistonsa kunnian tähden sovintoon, suojellen niitä opettajia tai oppilaita, jotka turhien syitten tähden joutuivat vainonalaisiksi, sekä kehoitellen kaikellaisten tieteellisten teosten valmistamista ja painattamista. Vaan kaikkia noita ulkonaisia siteitä vahvempi oli ja sinä pysyi kuitenkin Brahen harras rakkaus meidän maahamme ja meidän kansaamme. Ne olivat hänellä aina mielessä, aina kielellä. Usein kuultiin hänen niin hyvin Ruotsin herroille kuin myös ulkomaalaisille ylistäen puhuvan niistä. V. 1654 esim. hän Whitelockelle, joka Englannin protektorin, Cromwellin, lähettiläänä kävi Tukholmassa, kehui Suomenmaan suuruutta, jonka hän sanoi vetävän vertoja Ranskalle, ja sen viljan sekä kaikellaisten muiden kauppatavaroiden rikkautta. Kansaa siinä tosin ei ollut niin paljon kuin Ranskassa, mutta kuitenkin runsaasti.
Sopisipa melkein sanoa, että hän täällä oli ikäänkuin suomalaistunut, tullut "suomikiihkoiseksi". Hän ei huolehtinut näet vain suomalaisten ulkonaisesta vaurastumisesta ja sivistymisestä yleensä, vaan hän harrasti myös erityisesti meidän kansallisuutemme luonnollista varttumista ja meidän kielemme edistymistä. Jo ensi kirjeessään valtionholhoojille, jossa hän otti yliopiston sekä koulujen perustamisen puheeksi, esitti hän pääsyynä sen, että ainoastaan tällä keinolla "voidaan itse tästä kansasta nostattaa hengellisiin sekä muihin virkoihin kelvollisia miehiä". Käytännössäkin hän sitten, milloin vain oli mahdollista, koki saada virkoihin maan omia lapsia tai ainakin maahan jo tutustuneita. Miten hän siinä kohdin menetteli yliopistovirkojen suhteen, saamme toisessa luvussa nähdä; mainittakoon tässä nyt pari esimerkkiä toiselta alalta. V. 1642 hän moitti sitä, että ruotsalainen mies oli tullut lainlukijaksi Käkisalmen lääniin, ja käski vaihtaa hänet sellaiseen, joka osaisi kieltä ja tuntisi tavat. Samana vuonna hän myös muistutti Viipurin läänin kuvernööriä lääninsihteerin vaalissa pitämään silmällä sitä, että viransaaja osaisi molempia kieliä. Suuresti hän niinikään harrasti suomenkielen viljelystä, tutkimista sekä käyttämistä kaikilla aloilla. Tarpeellisten varojen hankkimisessa raamatun suomennosta varten hänellä oli paljon ansiota. Rothovius, kiittäessään häntä siitä, kirjoitti: "Me näemme tästä taas suureksi iloksemme, miten te, kreivillinen armo, aina pidätte huolta tämän kansan edusta." Mainittu jo on, että sota-artikkelien suomentaja Speitz sai Brahelta kehoituksen julkaista teostansa. Myöhemmin asetusten suomentajaksi määrätty Justander oli kreivin erinomaisessa suosiossa, jonka johdosta voi olettaa, että koko virka oli Brahen hankkima. Eskeli Petraeus suomalaisen kielioppinsa esipuheessa niinikään sanoo sepittäneensä sen kirjan hänen kehoituksestaan; "sillä te, kreivillinen armo", lisää hän, "pidätte aina huolta siitä, että yhteinen etu edistyisi, alamaiset tulisivat onnellisiksi ja tämän maan kieli mainioksi". — Samaa mieltä osoitti Brahe vielä v. 1666. Piispa Gezelius oli kirjoittanut hänelle ja arvellut tarpeelliseksi saada Turun yliopistoon jonkun saksalaisen professoriksi, joka varsinaisen tieteensä ohella voisi kieltänsä opettaa. Sillä nuoret aateliset ylioppilaat olisivat olleet hyvin halukkaita saksaa oppimaan, ja niille papeille, jotka suomalaisten rykmenttien kanssa majailivat Viron- ja Liivinmaalla, oli se vallan välttämätöntä. Brahe suostui siihen, mutta kuitenkin muistutti, ettei virkojen antamisella ulkomaalaisille olisi ylimalkaan hyvä masentaa maan omien lasten mieltä, jotka siinä tapauksessa saattaisivat kokonaan luopua tieteellisistä harjoituksista, koska heillä ei kuitenkaan ollut niistä toivoa. Eikä hän myöskään sanonut pitävänsä saksankielen perinpohjaista taitoa Suomessa niin tuiki tarpeellisena; päinvastoin olisi paljoa parempi, jos piispa voisi saada Suomessa asuvat saksalaiset ja ruotsalaiset suomea oppimaan, "jolla on sangen miellyttävä elegantia dictionum (puheenparsien sievyys)", ja muukalaisten taivuttaminen siihen olisi "meidän maakunnillemme kunniaksi". — Paria vuotta myöhemmin, v. 1669, hän samaten valtaneuvoskunnassa lausui sen mielipiteen, "ettei olisi hyödytöntä, vaikka meidän nuori kuninkaamme myös saisi oppia suomenkieltä".
Asiain näin ollen ei ole ihme, että Brahe Suomessa oli rakastettu. Täydellä syyllä saattoi hän muistikirjassaan kehua: "Minä olin Suomeen ja Suomi minuun mieltynyt." Kansa nimitti häntä yleisesti Maan Isäksi. Ja onpa muisto tästä rakkaudesta säilynyt aina meidän aikoihimme asti tuossa tavanmukaisessa ruotsalaisessa sananparressa: "han har kommit i grefvens tid (hän on tullut kreivin aikaan)", jolla tarkoitetaan, että on tullut otolliseen aikaan. Samoin ei ollut suinkaan laita muitten ruotsalaisten herrojen, jotka sen vuosisadan alkupuoliskolla saivat Suomessa korkeita virkoja. Muistakaamme, miten Bjelke ja Rothovius valittivat olevansa vihatut. Samoin teki myöskin Bjelken edellinen kenraalikuvernööri Kaarle Oxenstjerna jokaisessa kirjeessään Aksel Oxenstjernalle; samoin Brahen aikana Turun maaherra Falkenberg, joka, kun hän viimein muutettiin Ruotsiin takaisin, kiitti kreiviä siitä ikäänkuin suuresta armosta. Syynä epäilemättä oli se, että he aina pysyivät vieraina meidän kansallemme. He olivat kaikki kunnon miehiä, he tarkoittivat maan etua, mutta tyrkyttivät parannuksiansa väkisin, lausuen julki ylenkatseensa suomalaisia kohtaan. Bjelken ja Rothoviuksen lauseet ovat meille jo ennestään tutut. Falkenberg kirjoitti kerran: "Jumala tiesi, miten tämän paksunahkaisen kansan saisi kuuliaiseksi; he eivät tottele toruja eikä vankeutta". Bjelken jälkeinen kenraalikuvernööri Gabriel Oxenstjerna taas puhui halveksimalla "näiden barbarien (suomalaisten) mielipiteistä". Brahe menetteli ihan toisin. Hän ei suinkaan ollut näkemättä Suomen kansan silloisia monia ja pahoja vikoja; hän ei myöskään salannut niitä, vaan puhui niistä suoraan. Mutta hän teki sen isällisellä hellyydellä. Hän oli käsittänyt suomalaisten luonteen, joka ylpeää jyrkkyyttä vastaan on itsepäinen, jörömäinen, jäykkä, mutta lempeydelle heti on altis. Mikä sitten sen ihmeen oli vaikuttanut, että Brahe paremmin kuin muut käsitti meidän mielemme? Olisiko syy ollut yksistään hänen omassa jalossa, ylevässä sydämessään? Kukaties voisi osittain toinenkin selitys olla mahdollinen. Hän oli, niinkuin tiedämme, useat vuodet sotinut Kustaa Aadolfin rinnalla. Hänellä oli siellä ollut tilaisuutta kuulla urhoollisuuden ja uskollisuuden teräksen kalsketta Suomen miesten sydämestä töykeän, ruosteisen ulkokuoren alta. Eiköhän vain Brahen parempi käsitys, hänen kunnioituksensa, hänen rakkautensa liene voittosaalis, jonka hakkapeliitat olivat isänmaallensa voittaneet Puolan ja Saksan verisillä kentillä?