Professoreita oli Turussa alussa yksitoista, nimittäin jumaluusopissa kolme, lääketieteessä ja lakitieteessä yksi kummassakin, sekä filosofian tiedekunnassa kuusi. Viimemainituista opetti "kaunopuheisuuden" professori latinaa; toisella oli "pyhät kielet", s.o. heprea ja kreikka; kolmannella historia ja valtiotiede; neljännellä logiikka eli ajatustiede ja runousoppi — todella eriskummallinen kaksoispari! — viidennellä matematiikka; kuudennella fysiikka ja kasvitiede. Vähän ajan perästä eroitettiin runousoppi erinäisen professorin hoidettavaksi, ja ensimäinen siinä virassa oli ennen jo mainittu Brahen suosikki Eerikki Justander (eli oikeastaan Juusti), joka samalla suomenteli asetuksia. Hän se myös oli tuon komedian Tuhlaajapojasta suomentanut, ja muutenkin hän oli ohjaamallensa nuorisolle esimerkkinä suomenkielisen runouden harjoittamisessa.
Niinkuin jo professorien luettelostakin näkyy, suosittiin ja viljeltiin silloin eri tieteitä ihan toisessa suhteessa kuin tätä nykyä. Meidän aikanamme niin rehoittavaan kukoistukseen ja korkeaan arvoon päässeet luonnontieteet lähimpine sukulaisineen olivat silloin suuresti laiminlyödyt. Lääketieteen professoriksi ei, yliopistoa perustettaessa, saatukaan heti varsinaista tohtoria, vaan täytyi tyytyä vanhaan ylioppilaaseen, joka Upsalassa oli lääketiedettä opiskellut. Hänen taidostansa voi seuraava pieni juttu antaa käsityksen. Eräs rouva oli piispan rouvalle neuvonut pistosta muka ehkäiseviä lääkkeitä, jotka olivat valmistetut vanhasta oluesta, sahramista, muskottineilikoista sekä hevosensonnasta. Piispa, joka pelkäsi myrkyllisiksi näitä lääkkeitä, pyysi lääketieteen professori Achreliuksen lausuntoa, ja tämäpä päätti kun päättikin, että "succus fimi eqvini" (hevosen sonnan mehu) on vallan hyvä pistoksia vastaan. Tämmöisen opettajan johdolla ei tietystikään lääketiede voinut suuriin edistyä meidän maassamme. Kauan aikaa olikin vielä koko avara Suomenmaa oppinutta lääkäriä vailla. Turussa ja Viipurissa oli kuitenkin sairaitten apuna "partureita", joille kaupunki maksoi palkkaa. Ei ollut myöskään ainoatakaan apteekkaria, paitsi yksityistä, joka yhteen aikaan oli kenraalikuvernööri Flemingin palveluksessa. — Samoin oli luonnontieteidenkin laita; todellista tietoa oli kovin vähän, ja sekin suuresti sekoitettuna kaikellaisella taikauskolla. Tähtitiede kuului matematiikan professorin opetuspiiriin. Hän kävi öisin oppilaittensa kanssa "stellatim" (sen ajan ylioppilaitten puheenparren mukaan; "tähdystämässä", jos niin sopinee sanoa). Kokonaan kiikarien puutteessa tarkasteltiin taivaankappaleita paljain silmin, neuvottiin niiden nimiä ja annettiin salamielisiä selityksiä niiden aseman vaikutuksesta muka ihmisten kohtaloihin. Tähtiennustusoppi (astrologia) oli näet vielä täydessä voimassaan; ensimäinen matematiikan professori Kexlerus puolusti vielä 1647 julkisessa väittelyssä sen luotettavuutta. Sitä vastoin sama herra kiven kovaan väitti, että Copernicuksen oppi maailmanrakenteesta, joka on nykyisen tähtitieteen perustana, oli aivan perätöntä lorua. — Fysiikka, johon kuului myös samalla eläin- ja kasvitiede sekä mineralogia, liikkui silloin enimmiten kaikellaisissa hämärissä haaveksimisissa luontokappaleitten synnystä. Se nojautui yhä Aristoteleen jo melkein 2,000 vuoden vanhoihin arveluihin, varsin vähän välittäen luonnon ja sen lakien tutkimisesta, jonka avulla olisi voitu tehdä uusia keksintöjä. Luontokappaleitten todellisesta olosta ja elosta ei ole sen ajan kirjoissa paljon puhetta. Itse eläimistä tehtiin tosin jonkinlaisia luetteloita; mutta ne olivat vallan vaillinaisia, kaikkea järjellistä järjestystä vailla. Eräässä Turussa painetussa oppikirjassa esim. ovat nelijalkaiset eläimet jaetut "kotimaisiin" ja "ulkomaisiin". Kertomukset eläimien muodosta ja tavoista, jos niitä lainkaan oli, lainattiin enimmiten kreikkalaisten ja roomalaisten kirjailijain teoksista (jopa runoelmistakin!), eikä luonnosta. Kerrottiinpa vielä täytenä totena kaikellaisia vanhoja juttuja lohikäärmeistä sekä muista olemattomista pedoista. Joskus eivät sen ajan luonnontieteelliset kirjat sisältäneet hituistakaan oikeata luonnontiedettä, vaan ainoastaan kaikellaisia muita joutavia, hullunkurisia loruja. Niin esim. eräässä väitöksessä "Valaskaloista", joka v. 1683 pidettiin Turussa, käsiteltiin vain rikkiviisailla syillä ja vastasyillä kysymystä: oliko Jumala tuonut valaskalatkin Aatamin eteen nimitettäviksi? — kuinka Hän saattoi ne sinne kuljettaa? minkälaisen nimen Aatami mahtoi niille antaa? y.m.s. — Vähäiset varsinaiset tiedot luonnon ilmiöistä pidettiin silloin tarkasti salassa, ja ilmoitettiin oppilaille ainoastaan sen jälkeen, kun nämät valalla olivat luvanneet olla niitä levittämättä. Siitä oli, niinkuin pian saamme nähdä, seurauksena se, että fysiikan viljelijöitä luultiin "mustan taidon mestareiksi" eli noidiksi. — Kemia, jota muuten Turun yliopistossa ensi aikoina ei harjoitettukaan paljon ensinkään, oli silloin joka paikassa enimmäkseen vain alkemiaa, s.o. turhaa kullanteon harrastusta.
Poikkeuksena kaikkien noiden hullutusten keskellä loistaa vain yhden ainoan todellisen luonnontutkijan nimi meidän tieteittemme alkuhistoriassa. Se oli toinen lääketieteen professori, ruotsalainen Elias Tillandz (1670-93). Hän oli Hollannissa, varsinaisen tieteensä ohella, myös ahkerasti harjoittanut kasvitiedettä ja hänen mukanaan siirtyi tämä harrastus tännekin. Hän jätti kreikkalaiset ja roomalaiset kirjailijat tomuisille hyllyillensä, ja läksi oppilaittensa kanssa ulos tuoretta, elävää luonnon kirjaa lukemaan. Ruissalon tammistoista ja nurmikoilta poimittiin kukkia ja ruohoja, tarkasteltiin ja tutkittiin niitä ja puheltiin niiden ominaisuuksista, joten nuorison silmät aukenivat havaintojen tekoon. Kaalit yliopiston puutarhassa saivat nyt siirtyä kaikellaisten lääkkeiksi kelpaavien tai muuten merkillisten ulkomaan kasvien tieltä. Ja kun kesä loppui, jatkettiin elävän luonnon tutkimista opettajan omassa talossa, jossa yksi huone oli muodostettu ansariksi kuumaa ilmaa vaativia ulkomaan kasveja varten. Näistä hoidokkaistansa, niinkuin myös monesta sadasta Turun seudun metsäkasvista, painatti sitten Tillandz selittävän ja kuvillakin varustetun luettelon. Latinaisen nimen vieressä oli siinä hyvin usein suomalainenkin mainittu. Pikemmin on senaikuisen ajan syyksi luettava kuin itse nerollisen tutkijan, että tämäkin luettelo on vailla tieteellisempää järjestystä. — Kotonansa oli Tillandzilla myös pieni kemiallinen keittohuone eli laboratori, missä hän valmisteli lääkärin virassa tarpeellisia rohtoja. Vielä toista huonetta hän käytti ruumiinleikkaus- eli anatomiasalina. Vasta v. 1683 suotiin hänelle itse yliopistolla sijaa tätä varten, jolloin myös ensi kertaa Suomessa otettiin ihmisruumis leikattavaksi; siihen asti oli vain koirien sekä sikojen paloittamisella annettu lääkäreiksi aikoville nuorukaisille jonkunlaista tietoa ihmisen sisällisestä rakennuksesta. Lopuksi vielä, esimerkkinä siitä, miten ei nerokkain ja valistuneinkaan ihminen voi kokonaan vapautua aikakautensa yleisestä hengestä, mainittakoon, että Tillandz luuli voivansa ennustaa ihmisten tulevia kohtaloita.
Samoinkuin luonnontieteissä oli filosofiassakin Aristoteles kaiken opin perusteena, kuitenkin siinä kristillisyyteen sovitetussa muodossa, jonka mainio uskonpuhdistaja Melanchton oli saattanut voimaan. Silloisten opettajien työnä oli pääasiallisesti vain tämän valmiin opin selittäminen; mutta heidän selittelemisensä muuttuivat suureksi osaksi joutaviksi hiuksenhalkaisemisiksi. Filosofian ajatustieteellisellä eli logiikan alalla tuli tähän aikaan erään suomalaisen miehen Antti Thuroniuksen (papin poika Hämeenkyröstä, professorina 1655-65) nimi sangen kuuluisaksi. Hänen kirjansa olivat koko sinä vuosisatana sekä Suomessa että myös Ruotsissa tämän tieteenhaaran yleisenä ohjeena. Hänen aikalaisensa kehuivat häntä "isänmaan tähdeksi" ja "Suomen loistavaksi kruunuksi", väittäen että Aristoteles sekä Plato, jos he silloin olisivat eläneet, olisivat oppilaina hänen jalkojensa juuressa istuneet. Ja nykyajan kirjailijatkin, jotka filosofian vaiheita meidän yliopistossamme ovat tutkineet, sanovat hänen olleen merkillisimpiä miehiä, joita Auran akatemiassa on nähty; tunnustaen hänen oppinsa puutteet, he kuitenkin arvelevat hänen, jos hänelle vain pitempi ikä olisi ollut suotu, luultavasti päässeen neronsa lentimillä ajatuksen silloisten ahtaitten rajojen yli. Valitettavasti hän kuoli jo 33-vuotisena, saatuaan professorinviran konsistorin yksimielisellä suostumuksella jo kahdenkymmenenkolmen vuoden ikäisenä. Ihmeellistä muuten, että ranskalainen Descartes, joka alottaa filosofiassa uuden aikakauden ja joka Kristiina kuningattaren kunniavieraana jonkun aikaa asui Tukholmassa, ei vielä paljon ollenkaan vaikuttanut Ruotsinvallan tiedemiehiin. — Käytännöllisessä filosofiassa, valtio- ja siveysopissa, oli taas yliopistomme ensi aikoina ruotsalainen Mikael Wexionius, josta pian enemmän, yhtä mainio ja vaikutusvaltainen kuin Thuronius. — Myöskin lakitieteen alalla oli meillä silloin (1640-47) kuuluisa opettaja, ruotsalainen Juhana Dalekarlus (sittemmin aateloitu Stjernhöökin nimellä), jota pidetään yhtenä Ruotsin etevimpänä lainoppineena kaikkina aikoina. — Historiaa silloin vielä varsin vähän viljeltiin meidän yliopistossamme. Ei yksikään Suomen mies tänä aikakautena saanut sillä alalla mitään mainiompaa aikaan. Se on sangen ihmeteltävä seikka juuri sinä vuosisatana, jolloin meidän miehet enemmän kuin koskaan muulloin ovat vaikuttavasti ottaneet osaa yleiseen historiaan. Erittäin Suomen historiaa koskevia teoksia ei silloin syntynyt enempää kuin kolme, niistä yksi suomenkielinenkin riimein tehty "Ajan-Tieto", Tammelan kirkkoherran Lauri Pietarinpojan kirjoittama (v. 1658). Kaikki silloiset historiat, jos ne vain koskettelivat vanhempia ajanjaksoja, olivat muuten täynnä aivan perättömiä, mielettömiä taruja.
Uudempia kieliä ruvettiin Turun akatemiassa hartaammin viljelemään vasta 17:nnen vuosisadan loppupuolella. Saksankielen taito oli kuitenkin kolmekymmenvuotisen sodan kautta sangen paljon levinnyt meidän maassamme; englanninkieltä niinikään osattiin merikaupungeissa. Hepreaa ja kreikkaa opiskeltiin ahkerasti raamatun tutkimisen tarpeeksi; mutta jälkimäisen maallista kirjallisuutta pahasti laiminlyötiin. Myöskin Rooman klassillista kirjallisuutta luettiin ensi aikoina verrattain vähän; latinan opetus tarkoitti enimmiten vain ulkonaista käytäntöä. Tämä kieli tulikin siihen aikaan, jokapäiväisen viljelyksen kautta kaikissa korkeammissa aineissa, sivistyneitten ikäänkuin toiseksi äidinkieleksi. Useimmat heistä osasivat paljon selvemmin kirjoittaa ja paljon kauniimmin puhua latinaa kuin oman maan kieltä. Tätä viimeksimainittua, jos sitä juhlallisemmissa aineissa käytettiin, sekoitettiin aina latinaisilla mahtisanoilla, jopa höystettiin kokonaisilla lauseillakin.
Seitsemännentoista vuosisadan tieteelliset harjoitukset, niinkuin ylläkerrotusta käy ilmi, olivat ylimalkaan vielä jokseenkin lapsuuden kannalla. Ne eivät uskaltaneet askeleenkaan vertaa erota vanhasta imettäjästään ja kasvattajastaan, muinaisajan kirjallisuudesta. Kaikissa tieteissä pidettiin tärkeämpänä tukea esiintuotavaa oppia itse ainetta koskevasta kirjallisuudesta tai muista vanhoista kirjoista saaduilla lauseella, kuin itse asian omassa luonteessa olevilla todistavilla syillä. Piti muka aina olla tuommoinen vanha, vakava takuumies selkäturvana, ennenkuin tohdittiin astua esille. Jos joku poikkesi uusille, ennen käymättömille poluille, niin nousi siitä kohta kauhea melu ja huuto: "Hän on harhateillä! Hän on harhateillä!" V. 1642 Turussa tehdyn yliopiston konsistorin päätöksen mukaan piti jokaisen professorin varoa: "ettei hän toisi esille mitään uutta, ikäänkuin muka näyttääkseen osaavansa enemmän kuin muut; sillä siitä johtuisi vain pahennusta ja eripuraisuutta". V. 1678 taas keskusteltiin samassa konsistorissa, sallittaisiinko maisteri Achreliuksen jatkaa Contemplationes Mundi (Mietteitä maailmasta) nimisen teoksensa painatusta. Siinä kirjassa, niin lausui melkein koko filosofinen tiedekunta, "näyttää yksi osa sotivan saniorum philosophorum dogmatibus (viisaampien oppineitten oppia) vastaan sekä tuovan esiin nova principia (uusia periaatteita) ynnä muuta semmoista, jota olisi parannettava". Tillandz sai kuitenkin jumaluusoppineitten avulla uhkaavan kiellon estetyksi; jälkimäiset eivät katsoneet noita uusia periaatteita kovinkaan vaarallisiksi, "koska ne eivät kuitenkaan sotineet raamattua vastaan".
Tässä onkin nyt samalla tullut mainituksi toinen lapsenhoitaja, joka siihen aikaan piteli tiedettä talutusnuorassa, nimittäin jumaluusoppi. Myöskin semmoisissa asioissa, jotka eivät vähääkään koskeneet autuudenoppiin, pidettiin raamattua epäämättömänä oppikirjana. Siihen totuuteen oli tosin jo täytynyt alistua, että maa liikkui ja aurinko seisoi suhteellisesti paikoillaan; vaan muuten luonnontieteissäkin piti aina ottaa lukuun, sopiko se ja se todennäköinen arvelu myös raamatun sanojen kanssa yhteen.
Ylin arvossa, enimmin viljelty kaikista tieteistä oli silloin jumaluusoppi — eikä se ollutkaan ihmeellistä tänä aikakautena, jolloin parasta aikaa vuodatettiin niin paljon verta, hävitettiin niin paljon maita erilaisten katkismusten tähden. Mainittu jo on, että neljäs osa professoreista oli välittömästi sen palveluksessa. Näillä professoreilla oli, paitsi kruunulta tulevaa palkkaansa, kullakin vielä lisäksi kirkkoherran saatavat yhdestä pitäjästä. Siitä johtui, että melkein kaikki muutkin professorit (lakitieteen viljelijää lukuunottamatta, jolla oli hovioikeuden assessorina hyvä lisävirka) ahkerasti harjoittivat jumaluusoppia ja heti, jos vain siihen tiedekuntaan ilmaantui avonainen paikka, kilvan koettivat päästä teologeiksi. Moni jumaluusopin professoreista Turussa oli siten ensin opiskellut mikä kieliä tai logiikkaa, mikä matematiikkaa tai fysiikkaa.
Sen ajan jumaluusoppi oli valitettavasti kuitenkin kaikkea elävää henkeä vailla, kuolleinta, kuivinta, ahdasmielisintä sanojen saivartelemista. Samoin kuin Saksassa oli meilläkin protestanttisuus ihan kivettynyt kaavoihinsa. Ken niistä vain sanasenkin poikkesi, sitä ruvettiin heti ahdistamaan katkerimmalla, leppymättömimmällä, epäkristillisimmällä vihalla. Meidänkin yliopistossamme on kyllin esimerkkejä tämmöisistä myrkyllisistä uskonnollisista riidoista. Yksi sen ensimäisistä ja etevimmistä opettajista, jumaluusopin professori Johannes Terserus (Ruotsista kotoisin) oli Turun piispaksi tultuansa painattanut katkismuksen selityksen. Tästä kirjasta professori Svenonius, oikeauskoisuuden valppain vartija Turussa, keksi muutamia mitättömiä lauseita, jotka osoittivat hiukan taipumusta Lutherin ja Calvinin oppien yhdistämiseen. Tästäkö nyt heti aika hätä nousi! Riitaveljekset vaativat viimein toinen toisensa julkiseen sanasotaan, jota pidettiin eräässä akatemian luentosalissa koko ylioppilasjoukon sekä lukemattomien muitten ihmisten läsnäollessa. Terserus, joka oli jo vastustajansa edellisistä myrkyllisistä soimauksista kiihtynyt, ei osannut myöskään tässä tilaisuudessa hillitä mieltänsä, vaan soimasi Svenoniusta "nuorison viettelijäksi", "riivatuksi ihmiseksi" y.m. ja lopulla, piispan arvonsa nojalla, käski hänen vaikenemaan. Kostonhimoa palava Svenonius pani nyt koko maailman liikkeelle ja saikin viimein aikaan sen, että Terserus vääräuskoisena menetti hiippansa. Samoin ahdisti Svenonius myöhemmin toistakin ansiollista Turun piispaa, Gezeliusta, muutamien vähemmän onnistuneitten sanojen vuoksi Gezeliuksen toimittamassa katkismuksessa. — Niinikään oli v. 1666 kiivas kahakka uuden jumaluusopinprofessorin Bångin ja latinankielenprofessorin Miltopaeuksen välillä, johon Svenoniuskin otti osaa edellisen apulaisena.[30]
Tällainen oli tieteellisen hengen laita Turun yliopiston ensi aikoina; sen pyrinnöt olivat, kuten näemme, monin suhtein puutteelliset, monin suhtein kovin yksipuoliset. Vaan semmoisinaankin ne tuottivat kuitenkin Suomelle sanomattoman suurta hyötyä. Suomalaiset kohosivat kuitenkin niiden johdosta vähitellen siitä törkeästä raakuudesta, siitä perinpohjaisesta henkisten harrastusten puutteesta, siitä ilkeästä omanvoitonpyynnöstä, jossa he siihen asti olivat rypeneet. Loppupuolella 17:ttä vuosisataa esiintyy jo ylimalkaan virkamieskunta rehellisempänä, papisto sivistyneempänä, elämässään siivompana — ja sen parannuksen aikaansaamisessa oli Turun yliopistolla, tuomittakoon muuten sen puutteita ja virheitä miten ankarasti tahansa, suurin ansio.