Häät vietettiin viivyttelemättä, ja nuori pari asettui asumaan Suitiaan. Siihen aikaan kun Juhana prinssi piti hovia Turussa, kävi Klaus Fleming usein hänen luonaan nuoren vaimonsa keralla. Eerikin kukistuttua ja Juhanan tultua kuninkaaksi yleni hän tärkeästä asemasta toiseen; hänestä tehtiin valtaneuvos, Etelä-Suomen laamanni, Viikin vapaaherra (Suomessa), ja epäilemättä oli hän ainoa, johon Juhana III luotti. Ebba Stenbock kannusti hänen kunnianhimonsa äärimmilleen, ja tehtyään herralleen ja kuninkaalleen häikäilemättä mitä palveluksia tahansa, varsinkin rahvaan nöyrryttämiseksi, ja aloitettuaan rauhanneuvottelut Venäjän kanssa, nimitettiin hänet Viipurin linnan ja läänin ylipäälliköksi. 1582 tehtiin hänestä yliamiraali, 1588 valta-amiraali, 1591 valtamarski ja 1594 Suomen käskynhaltia. Kaikesta suuruudestaan oli hänen kiittäminen Juhana kuningasta ja Klaus Fleming näkikin hänessä kaikkensa, Jumalansa, ainoan, jota hän tahtoi palvella.
Vuonna 1592 hieroi hän kolmen ruotsalaisen asiamiehen kanssa rauhaa venäläisten kanssa. Kun heidän vaatimuksensa olivat aivan kohtuuttomat, lähti hän tiehensä ja kirjoitti neuvotteluihin jääneille sellaisen kirjeen kuin he olisivat hänen tallirenkejään, ja erästä heistä uhkasi hän pyövelinkirveelläkin.
Syynä Flemingin äkilliseen lähtöön oli ollut Juhana III:n kuolema. Nyt riensi hän katkaisemaan kaikki suhteensa Ruotsin kanssa, ottamaan valan sotaväeltä Sigismundin puolesta ja ilmoittamaan, että laivasto kuten maakin oli hänen hallussaan.
Mutta ei siinä kyllin; hän lähetti avoimen kirjeen Ruotsiin uhaten jokaista, joka ei pysyisi aloillaan ja olisi kuninkaalle uskollinen. Kirjeet olivat kirjoitetut murteellisella suomenkielellä ja herättivät suuttumuksen ohella naurua.
Koko sielustaan vihasi hän Kaarle herttuaa, molemmat olivat ylpeitä ja vallanhimoisia. Kustaa Vaasan nuorin poika ei tunnustanut Flemingiä vertaisekseen, ja tämä puolestaan katsoi olevansa sukujuuriltaan ylhäisempi kuin nuorin kuninkaan poika.
Niin Juhanan kuin Sigismundinkin mielessä lietsoi Klaus Fleming pelkoa ja ynseyttä herttuaa kohtaan. Fleming uskoi lujasti, että hän tavoitteli kruunua itselleen ja jälkeläisilleen, ja Kaarle oli sentähden hänen silmissään kuningashuoneen vaarallisin ja ainoa vihollinen.
Suuri osa Suomen kansaa, mutta varsinkin pohjalaiset, turvautui herttuaan, sentähden oli sitä kuritettava, jopa se tuhottavakin tulella ja miekalla, jollei muu auttanut.
Klaus Flemingille merkitsi vähät perin köyhdytetty, hävitetty maa ja nälistynyt kansa. Juhana kuninkaan antamasta lupauksesta, että pohjalaiset olivat vapaat linnaleiristä, hän välitti vähät, kun oli hankittava luja sotavoima Kaarle herttuaa vastaan. Sellainen voitiin pitää yllä ainoastaan majoituksella, ja oli mitä tärkeintä, ettei jotakuta maakuntaa vapautettu taakasta, jota toiset vastahakoisesti kantoivat.
Sentähden olivat hänelle mieleen sellaiset kätyrit kuin Eerik Olavinpoika. Mitä se häneen kuului, jos kansaa kohdeltiin julmasti ja häikäilemättömästi, kunhan se vain kiristettiin orjalliseen nöyryyteen ja äärimäisiin kieltäymyksiin. Niin kohteli hän itse alustalaisiaan, kantoi veroja ja hoiti kaikki asiat kuin olisi ollut Suomen ruhtinas.
Herttuan kirjeihin ja uhkauksiin ei hän vastannut; koko maassa vallitsi täydellinen anarkia, ja usein tapahtui väkivaltaisia yhteentörmäyksiä Flemingin sotaväen ja herttuaan turvautuvan rahvaan kesken.