Yhteiset kärsimykset liittävät ihmiset toisiinsa. Varsinkin jos nämä kärsimykset aiheutuvat taistelusta korkeimman totuuden puolesta, ovat ne omiaan synnyttämään luottamusta ja rakkautta kaikkiin, jotka ovat samaa kokemassa. Tämmöiset kärsimykset painoivat herännäisyydessäkin alas sen riveissä kytevää vikoilemisen ja riidan henkeä, viivyttäen jaon katkeria aikoja. Pohjanmaan papit vedettiin oikeuteen, ja Hedbergkin joutui ennen pitkää virkavallan vainoa kokemaan.

Huolestuneena oli rovasti Forssman seurannut apulaisensa tointa ja sen vaikutuksia Lohjalla. Vaikka hän persoonallisesti oli mieltynyt Hedbergiin ja tämän naimisen kautta tullut sukulaisuudenkin suhteeseen häneen, päätti hän koettaa saada tuon niin suurta levottomuutta aikaansaavan papin poistetuksi seurakunnastaan. "Ikävyyksien välttämiseksi" ehdotti hän tuomiokapitulille, että Hedberg siirrettäisiin muualle. Niin kävikin. Hedberg sai määräyksen hoitamaan Paimion avonaiseksi jäänyttä kirkkoherranvirkaa. Tavanmukaista kohteliaisuutta noudattaakseen oli tuomiokapituli sitä ennen virallisessa kirjelmässä tiedustellut Hedbergin ja muka Forssmaninkin mielipidettä asiasta.

Haikein sydämin lähti Hedberg Lohjalta. Sikäläiset ystävänsä, jotka kaipuulla jättivät hänelle hyvästi, kokosivat hänelle matkarahoja, ja Forssmankin antoi hänelle apua. Paimioon saapui hän 17 p:nä lokakuuta 1838.

Jo Hedbergin ensimmäinen uudessa seurakunnassaan pitämä saarna sai aikaan levottomuutta hänen sanankuulijoissaan. Puheensa oli voimallista ja henkevää. Sen vertaista ei siellä ennen oltu kuultu. Pari kuukautta myöhemmin kirjoittaa hän isälleen: "Yhä selvemmin huomaan Jumalan hyvyyden siinä, että hän kutsui minut tänne. Täällä on minulla parempi maaperä kuin Lohjalla. Sillä vaikka ulkonainen järjestys ja yleinen siveellisyys täällä ovat paljon huonommalla kannalla kuin Lohjalla, niin löytyy täällä kuitenkin paljon enemmän armoa etsiviä ja armoitettuja sieluja kuin siellä. Siellä eivät mitkään saarnat, eivät lain ankarat uhkaukset eivätkä evankeliumin rakkauden-huudot näyttäneet paljoakaan vaikuttaneen. Niin tuntui ainakin minusta, jonka tähden tein työtä surulla ja huoaten. Täällä olen saanut nähdä pienten vesojen nousevan Jumalan viinimäessä jo tämän lyhyen ajan kuluessa. Sillä muutamat ovat alkaneet etsiä ijankaikkista elämää, toiset ovat varttuneet ja vahvistuneet tässä elämässä. Sentähden teen täällä Herran työtä ilolla, kiittäen häntä, joka on minut tänne lähettänyt ja täällä ollessani minua vahvistanut." Väleen sai Hedberg vielä tuntuvampia todistuksia siihen, ettei hän ollut pettynyt toiveissaan Paimion seurakunnan suhteen. Helmikuussa 1839 kirjoitti hän Achrénille: "Herra on runsaasti siunannut täällä Paimiossa tekemääni vähäpätöistä työtä, siunannut yli kaiken toivoni. Sillä täälläoloni lyhyen ajan kuluessa on herännyt useampia kuin koko sillä ajalla, jolloin olin Lohjalla. Täällä kuluu tuskin ainoakaan viikko ilman että muutamia herää. Joka päivä käy luonani joukottain armoa etsiviä ihmisiä, joista toiset jo ovat alkaneet katsoa Jumalan karitsaa. Usein kehoittaa tämä minua väsymättömästi tekemään Herran työtä, niin kauan kuin päivää kestää."

Varsinkin se, että sieluntilastaan murheelliset ihmiset usein kävivät Hedbergiä hänen kodissaan tapaamassa, teki hänet epäluulon alaiseksi viranomaisten ja virallisen kristillisyyden edustajain silmissä. Kun hän sitäpaitsi sekä kodissaan että seurakunnassaan alkoi pitää hartauskokouksia, joissa veisattiin Siionin virsiä ja harjoitettiin yhteistä rukousta, oli hänen kohtalonsa ratkaistu. Hänen täytyi joutua kirkon ja maallisen vallan vainon alaiseksi, miten nöyrä ja kaikelle uhmailulle vieras hän luonteeltaan olikin. Hän kyllä aavisti, että niin tulisi käymään, mutta totuuden rakkaus painoi alas kaikki epäilykset. Vanhemmilleen 4/12 38 kirjoittamassaan kirjeessä, jossa hän kertoo kodissaan toimeenpanemistaan seuroista sekä kiittää heitä siitä, etteivät olleet koettaneet häntä estää semmoisia pitämästä, hän kirjoittaa: "Lupaan ja vakuutan, etten paimenvirassani Jumalan armosta tee muuta, kuin Jumalan henki ja omatuntoni vaativat. En tahdo uhmaillen ärsyttää pahuutta ja sokeutta, sillä tiedän, ettei sillä tavoin mitään voiteta; mutta yhtä vähän tahdon, maailman panettelua, pilkkaa ja vainoja peläten, salata totuutta ja, lihaa ja verta totellen, vetäytyä syrjään. Sillä Jesuksen Kristuksen sotilaan tulee valmistautua kärsimään, hän ei saa väistää evankeliumin pilkkaa. Herra suokoon minulle siihen voimaa ja rakkauden henkeä sekä viisautta, jotta voisin rehellisesti tehdä hänen työtään, sekä kulkemaan hänen määräämillään teillä, enkä omia teitäni."

Paimioon muutettuaan, matkusti Hedberg Turkuun, käydäkseen kunniatervehdyksellä tuomiokapitulin jäsenten luona. Arkkipiispa kohteli häntä ystävällisesti, mutta t:ri Edman, joka oli v.t. konrahtirovastina Turun tuomiorovastikunnassa ja siis hänen lähin esimiehensä, äreästi. Puhuen "salaperäisistä juoruseurusteluista" ja "puoluejohtajista", lausui hän sen toivomuksen, ettei Hedberg tuommoisiin eksytyksiin joutuisi. Tammikuussa 1839 kävi Hedberg jälleen Edmanin puheilla. Kerrottuaan tälle Paimiossa pitämistään hartausseuroista ja muista paimentoimistaan sekä kysyttyään, miten hänen vastedes tulisi menetellä, sai hän, kumma kyllä, vastaukseksi sen tunnustuksen, että "Paimiolaiset aivan hyvin tarvitsivat kaiken tuon." Jo muutamia kuukausia myöhemmin sai Hedberg kokea, että korkeat viranomaiset ja Turun tuomiokapituli olivat toista mieltä. Eräänä päivänä — niin kertoo hän itse vanhemmilleen 11/11 39 kirjoittamassaan kirjeessä — astui Turun ja Porin läänin kuvernööri paraikaa istuvan tuomiokapitulin kokoushuoneeseen, jyrkästi vaatien, että Hedberg heti siirrettäisiin pois koko läänistä, "koska muussa tapauksessa täällä, Turun läheisyydessä, syntyisi samoja vaarallisia eksytyksiä ja haaveiluja kuin Pohjanmaalla". Tähän vaatimukseen tuomiokapituli kuitenkaan ei suostunut, mutta arkkipiispa kutsui Hedbergin luoksensa ja kielsi häntä hartauskokouksia pitämästä. Paimion kappalaiselle ja v.t. kirkkoherralle N. K. Sanmarkille ilmoitti arkkipiispa, että Hedbergin näihin asti kotona ja kyläkunnissa pitämät hartausseurat olivat siirrettävät kirkkoon, missä tämä sunnuntaisin i.p. saisi pitää sunnuntaikoulua "huonolukuisille lapsille sekä myöskin valistukseksi ja hartaudeksi vanhemmille ihmisille". Pitäjänapulainen K. Sevón sai tehtäväkseen auttaa Hedbergiä näissä tilaisuuksissa ja Sanmarkin tuli "jollei itse, niin jonkun kirjoitustaitoisen henkilön kautta, toimittaa arkkipiispalle tietoja sekä kysymyksessä olevista tilaisuuksista että siitä lahkolaisuudesta, jonka Hedbergin kyläkunnissa toimittamat hartausharjoitukset kuuluvat synnyttäneen". Ei tiedetä, ottiko Sanmark tai joku muu toimittaaksensa tätä Suomen arkkipiispan tarjoomaa ilmiantajatointa, mutta jo ehdotuksenakin riittää hanke kuvaamaan kirkon silloisten johtomiesten katsantotapaa.

Oudolta tuntuu, että Hedberg, jos kohta ainoastaan toistaiseksi, ehdottomasti noudatti Melartinin seurojen pitämistä koskevaa kieltoa. Kun esim. eräs paikkakunnan säätyhenkilöistä pyysi Hedbergiä joskus käymään häntä ja hänen perhettään tervehtimässä ja Jumalan sanalla kehottamassa, ei suostunut tämä pyyntöä noudattamaan, ennenkuin arkkipiispalta oli hankittu lupa. Vasta kun Melartin oli selittänyt, että "hän puolestaan ei pitänyt asiaa arveluttavana, koska tuo ei voisi antaa aihetta suurempien väkijoukkojen kokoontumiseen, ainoastaan ruotsia puhuvia kun tulisi ottamaan osaa näihin hartausharjoituksiin", oli Hedberg altis käymään kysymyksessä olevan perheen luona.

Sopisi odottaa, että tämmöinen varovaisuus ja niin tarkka kuuliaisuus esimiesten antamille määräyksille olisivat riittäneet turvaamaan Hedbergiä herännäisyyttä vastaan tähdätyiltä vainoilta. Niin ei kuitenkaan ollut laita. Miten epämiellyttävän vaikutuksen hänen näinä aikoina osoittamansa liiallinen arkuus tekeekin, on se toiselta puolen tärkeä todistuskappale sitä heränneistä papeista tehtyä syytöstä vastaan, että he ylimielisellä esiintymisellään muka pakottamalla pakottivat viranomaisia epäluuloihin ja ankariin toimenpiteisiin. Syy on syvemmällä. Sen nimi on viha elävää kristillisyyttä vastaan.

Melartinin varokeinot Hedbergin kautta syntyneen herännäisyysliikkeen ehkäisemiseksi eivät vaikuttaneet, mitä hän oli tarkoittanut. Nuo kirkkoon siirretyt hartausseurat vetivät puoleensa paljon kansaa, ja moni heräsi näissä tilaisuuksissa. Tätä jatkui syksyyn asti, jolloin pimeä aika pakoitti Hedbergiä koettamaan järjestää näitä hartaushetkiä muulla tavoin. Hän esitti kirkonkokouksen harkittavaksi seikkaperäisen suunnitelman seurakuntalaisten lukutaidon ja hengellisen elämän elvyttämiseksi. Samalla kuin tämä suunnitelma alusta loppuun osoittaa, miten vapaa Hedberg oli kaikesta lahkolaisuudesta ja miten huolellisesti hän tahtoi välttää kirkollisen järjestyksen ja kirkon johtomiesten loukkaamista, löytyy siinä niin paljon huomattavia, herännäisyyden uudistavasta voimasta lähteneitä ja liikkeen pyrintöjä kuvaavia ajatuksia, että se ansaitsee tulla yleisemmin tunnetuksi. Hedbergin kysymyksessä oleva, Melartinille 25/9 39 kirjoittama kirje kuuluu:

"Herra tohtorin ja arkkipiispan viimekuluneen toukokuun 28 p:nä minulle kirjallisesti antaman luvan mukaan 'saada sunnuntaisin i.p. pitää sunnuntaikoulua Paimion kirkossa huonolukuisten lasten opettamiseksi sekä myöskin vanhempien ihmisten valistukseksi ja hartaudeksi' olen kesä-, heinä-, elo- ja syyskuun aikana sunnuntaisin k:lo 3-6 i.p. pitänyt semmoisia opetus- ja hartausharjoituksia siten että: puoli aikaa on käytetty oppimattomimpien lasten (saapuvilla on ollut tavallisesti 30-40) luettamiseksi sisäluvussa psalttarista sekä ulkoa katkismuksesta niissä opinkappaleissa, jotka heillä kulloinkin viikon aikana on ollut kotona luettavana; tämän jälkeen on jälellä olevan ajan kuluessa vanhojen ja nuorten yhteiseksi hartaudeksi veisattu muutamia virsiä, jotapaitsi opettaja on lukenut, yksinkertaisesti selittänyt sekä soveltanut sen raamatunluvun, josta päivän epistolateksti on ollut lainattu; lopuksi on lyhyen rukouksen jälkeen veisattu päätösvirsi, jonka jälkeen seurakunta määrättynä hetkenä on hajaantunut. — Järjestys, hiljaisuus ja harras tarkkaavaisuus ovat vallinneet näissä hartausharjoituksissa ja opettajaa on ollut kehottamassa se, että näihin tilaisuuksiin on useimmiten saapunut suuri joukko pyhää sanaa halajavia kuulijoita, ei ainoastaan työkansaa, vaan useita säätyhenkilöitäkin. — Siinä suloisessa toivossa, että sanan herra näissäkin tilaisuuksissa on vuodattanut pyhän henkensä kuulijain herätykseksi, valistukseksi ja armonsa vahvistamiseksi, on opettaja ilolla ja mielihyvällä, vaikka omaa heikkouttaan tuntien, näitä harjoituksia toimittanut. Jos vastoin vakaumustani ei mitään muuta tämän kautta ole saavutettu, niin on näistä harjoituksista ainakin ollut se kieltämätön seuraus, että monet tavalliset sapatin rikkomiset niiden kautta ovat tulleet seurakunnassa estetyiksi. Saan sentähden syvimmässä nöyryydessä rakkaitten sanankuulijaini kera korkea-arvoisalle tohtorille ja arkkipiispalle julkilausua iloisen ja vilpittömän kiitoksemme näiden harjoitusten toimittamiseen suosiollisesti myönnetystä luvasta. — Mutta kun vuoden pimeä aika, jolloin pyhäkoulua ei enää voida pitää kirkossa, pian joutuu, niin rohkenen korkea-arvoisan h:ra t:rin ja arkkipiispan valistuneen ja isällisen harkinnan ratkaistavaksi ehdottaa seuraavaa: