Ei täyttä puolta vuotta myöhemmin kuin Lagus, pääsi hänen uskollinen ystävänsä H. Schwartzbergkin lepoon. Hän kuoli marraskuun 18 p:nä 1857. Niinkuin olemme nähneet, oli hänkin herännäisyysliikkeen hyväksi vilpittömässä hengessä paljon työtä tehnyt ei vain huomattuna saarnaajana, vaan väsymättömänä totuuden palvelijana yksityisen sielunhoidon alalla. Jaon hengen tuhotöitä ei hänkään voinut estää ja uudestaan elpyvälle liikkeelle pysyi hän vieraana, mutta pietista hän oli loppuun asti, ja hyvin moni Vilhelm Niskasen sanankuulijoistakin kaipasi häntä syvästi. Syrjäisessä Säräisniemen seurakunnassa, missä hän päätti päivänsä, eivät jaon myrskyt paljon tuntuneet. Siellä sai tämä Herran kiivas sotamies hiljaisuudessa valmistautua odottamaan Herransa tuloa. [Paimenmuisto; Kert. Charlotte Achrén.]
Suupohjassa muistetaan vielä tänään erästä rippipuhetta, jonka Niilo Kustaa Malmberg loppuijällään piti Nurmon kirkossa. Murtuneet olivat hänen ruumiinsa voimat, raskas hänen mielensä. Ei jaksanut hän puhua kuin hyvin lyhyesti, mutta syvästi koskivat varsinkin loppusanat monen sydämeen. Hän lausui: "Jos, ystäväni, elämäsi tie joskus nousee aivan pystöön, niin ettet ymmärrä, minne lähteä, mistä päästä eteenpäin; kun toinen neuvoo sinne, toinen tänne, etkä tiedä, kumpi on oikeassa, kumpi väärässä — muista, että löytyy yksi, joka sanoo: minä olen tie. Ja jos kaikenkaltaiset eksyttävät ajatukset pimittävät mieltäsi, etkä tiedä, mikä on totta, mikä valetta, vaan tuskastuneena kysyt: mikä on totuus? — kuuntele silloin sen Herran ääntä, joka todistaa: minä olen totuus. Ja kun kuoleman kauhut sinua ympäröivät ja sen jäätävä kylmyys tuntuu sydämessäsi, kun kaipaat elämää itsessäsi ja ympärilläsi, etkä mistään löydä kuin kuolemaa vain — kun päiväsi loppuu ja ilta joutuu, eikä näy muuta olevan edessäsi kuin pimeä, mykkä hauta — kuule, ystäväni, vielä silloinkin elää hän, joka sanoo: minä olen elämä." [Kert. useat v. 1896 vielä elävät Suupohjan vanhat heränneet.]
Kovien kiusausten repimästä ja raskasten huolten painamasta sydämestä olivat nämä sanat kotoisin. Malmberg tunsi, että hänen elämänsä taival likeni loppuaan. Usein puhui hän näinä aikoina siitä ystävilleen. Kesällä 1858 kehittyi hänen tautinsa nopeasti, tuottaen monesti hengenahdistusta ja kovia tuskia. Viimeiseen asti koetti hän kuitenkin hoitaa virkaansa. Niinpä hän vielä vähän toista viikkoa ennen kuolemaansa saarnasi Ylihärmän kirkossa. Tällä matkalla kävi hän monen vuoden perästä von Esseniä tervehtimässä. Tämä otti hänet ystävällisesti vastaan, lausuen jälestäpäin omaisilleen ilonsa tästä käynnistä. [Kert. Neiti Hilda Hellman, joka siihen aikaan oleskeli von Essenin pappilassa.] Seuraavana sunnuntaina oli Malmbergin määrä saarnata Alahärmässä. Jo matkalle lähtiessään tunsi hän itsensä kovin sairaaksi. Kooten viimeiset voimansa nousi hän kuitenkin kiesiinsä, tarttui ohjaksiin ja lähti. Mutta kuinka vähän hän olikin tottunut itseään säästämään, täytyi hänen matkalla luopua päätöksestään. Hengenahdistus ja kovat tuskat pakottivat hänet palajamaan kotia.
Kiihtymistään kiihtyi tästä alkaen tauti. Seuraavana päivänä ja vielä maanantainakin oli Malmberg kuitenkin jalkeilla huoneessaan. Hän valitti vaivaa vasemmassa kyljessään, lausuen talonsa väelle: "jos nämä tuskat nousevat sydämeen, tulee heti loppu." Maanantaina illalla oli hän niin sairas, että lupasi vaimolleen seuraavana päivänä lähettää hakemaan lääkäriä. Tätä ei kuitenkaan tarvittu. Yöllä herätti Malmberg äkkiä vaimonsa. Tämä, joka huomasi, että loppu oli likellä, kiirehti hakemaan palvelijaa avuksi. Huoneeseen ei jäänyt kuin sairas ja hänen pieni, ei vielä neljä vuotta täyttänyt poikansa. Lapsi heräsi ja sanoo muistavansa, että isänsä, vaimonsa poistuttua huoneesta, oli noussut polvilleen vuoteellaan, vaan melkein heti kuolleena vaipunut alas. Tämä tapahtui syyskuun 21 p:nä 1858 kello 4 aamulla [Kert. Kaisa Autio y.m.; Wilh. Malmivaara, "Puoli vuosisataa Heränneiden keskuudessa"; K. V. Litzellin kiitos Lapuan kirkossa Malmbergin kuoleman johdosta.].
Nopeasti levisi tieto Malmbergin kuolemasta talosta taloon, pitäjästä toiseen. Se herätti raskasta surua hänen lukuisissa ystävissään, hämmästystä ja monenkaltaisia ajatuksia hänen vastustajissaan ja vikoilijoissaan. Välinpitämättömyydellä tämä kuolemansanoma tuskin missään otettiin vastaan.
Maailmakin tiesi, että oli kaatunut mies, jonka vertaista ei joka aika synnytä. Kuolemanilmoituksen kirkossa teki Lapuan kappalainen K. V. Litzell, joka ei kuulunut heränneihin. Hän m.m. lausui: "Me kiitämme sinua, kaikkivaltias Jumala, siitä pelastuksesta, jonka annoit hänelle kuoleman vaivoista ja kivusta, ja siitä armosta, jolla sinä häntä vahvistit ja hänen sieluansa ilahutit tuskissa; me kiitämme, Herra, sinua kaikesta hyvästä, jota sinä hänen kauttansa olet meidän seassamme vaikuttanut. Tällä Siionin vuorella on hän julistanut evankeliumin kallista oppia koko sydämensä halulla hyödyttääksensä niitä sieluja, joita hän oli kutsuttu kaitsemaan. Hän osoitti tien monelle eksyneelle ja auttoi ylös monen langenneen".
Tavattoman paljon kansaa kokoontui saattamaan rakastettua opettajaa hänen viimeiseen leposijaansa. Sen luku laskettiin 5,000:ksi. Surusaaton saapuessa Saaren kylään, seisoi joukko miehiä, jotka eivät kuuluneet heränneisiin, rivissä kummallakin puolen tietä. Paarien tullessa heidän kohdalleen paljastivat he päänsä ja kumarsivat ruumiille. Hauta oli kaivettu niin, että kantajat saattoivat kirstun haudan pohjaan asti. "Saatetaan niin kauas kuin voidaan", sanoivat ystävät. Ruumissaarnan kirkossa piti K. K. von Essen, joka saarnastuolista ilmoitti sanasta sanaan suomeksi käännettynä lukevansa sen saarnan, minkä Malmberg oli pitänyt L. J. Achrénin hautajaisissa [Biografinen Nimikirja; Wilh. Malmivaara, "Puoli vuosisataa Heränneitten keskuudessa"; Vanhojen heränneitten sekä A. O. Törnuddin kertomukset.].
Tuskin on kukaan Suomen papeista eläessään saanut osakseen niin paljon kiitosta ja moitetta kuin Niilo Kustaa Malmberg. Eivätkä vaienneet nämä kiitokset ja moitteet hänen kuolemansakaan jälkeen. Niitä jatkui päinvastoin kauan vielä ja yhtä kiihkeästi kuin ennen. Tuhansissa kiitollisissa sydämissä kuului hänen voimallisen saarnansa jälkikaiku, ja siunaten hänen muistoaan kertoivat nämä ihmiset lapsillensa hänen suuresta työstään herännäisyyden taistelussa maailmaa ja nimikristillisyyttä vastaan, kieltäen hänen vikansa ja jyrkästi puolustaen häntä syytöksiä vastaan; ja, jos mahdollista, vielä kiihkeämmin levittivät hänen vastustajansa kaikenkaltaisia kertomuksia hänen lankeemuksestaan ja vioistaan. Vaikeaa, vieläpä mahdotonta on sanoa, mikä näissä puheissa on totta, mikä liioiteltua, juoruihin perustuvaa ja valetta. Se vain on varma, että moni Malmbergin tavattomien lahjojen ja suuren työn lumoamana usein on unohtanut, että kaikki kiitos siitä, minkä hän Jumalan valtakunnan hyväksi teki, tulee yksin sille Herralle, joka hänelle nämä lahjat antoi ja joka ei anna kunniaansa epäjumalille. Ja yhtä varma on, että ne, jotka häntä ankarimmin moittivat ja hänestä kovimmat tuomiot lausuivat, unohtivat, että sielunvihollinen tähtää tulisimmat nuolensa niihin, jotka voimallisimmin Herran sotaa käyvät, ja että on vaarallista tuomita sillä tuomiolla, jonka Jumala on pidättänyt itsellensä. Tunnettu on, että tämänhenkisiä arvosteluja Malmbergista paljon lausuttiin hänen kuolemansa jälkeen, milloin sääliväisyyden lieventäminä, milloin ylimielisesti alastomina, ja tässä maaperässä versoivat nopeasti lukuisat, ilmeisesti erehdyttävätkin kertomukset hänen viimeisistä ajoistaan. Tarpeetonta olisi tässä luetella semmoisia kertomuksia, niille kun ei kuitenkaan voi historiallista arvoa antaa. Mutta jos täytyykin myöntää, että löytyy todistuksia Malmbergin lankeemuksista, joiden todenperäisyyttä ei kukaan pysty kieltämään, on vaikeaa, rohkenemmepa väittää mahdotonta, selittää kuinka hänen sanansa olisivat voineet koota herännäisyyden hajonneet rivit uuteen elinvoimaiseen uskonnolliseen elämään, jos, niinkuin on väitetty, hänen saarnansa veti Jumalan armon synnin peitteeksi ja hän itse oli synnin paaduttama ihminen. On kyllä totta, että esim. Jaakko Vegelius, joka, jos kukaan, oli totuuden mies eikä suinkaan altis tuomitsemaan, on Malmbergin viime ajoista lausunut sanoja, jotka näyttävät tukevan sitä käsitystä, että tämä kuoli synnin orjana; mutta tämä todistus perustuu kuulopuheisiin, ja ainakin sen loppuosa on ilmeisesti erehdyttävä. Koska usein on vedottu Vegeliuksen kysymyksessä oleviin sanoihin, lainaamme ne tähän. Muutamassa, maaliskuussa 1859 päivätyssä kirjeessä hän kirjoittaa: "Malmbergin viimeiset päivät lienevät olleet samanlaiset kuin hänen viimevuotiset päivänsä yleensä. Matkalla kappeliseurakuntaan, missä hänen oli määrä saarnata, tunsi hän itsensä niin kipeäksi, että hänen täytyi palata kotia. Sunnuntaina ja etenkin maanantaina oli hän seurustellut suruttomien herrojen kanssa, oli illalla tuntenut itsensä huonommaksi ja luvannut vaimolleen lähettää hakemaan lääkäriä seuraavana päivänä, mutta kuoli yöllä — tämä on kaikki, minkä olen kuullut" [Jaakko Vegeliuksen kirje Reinhold ja Vendla Pettersonille 29/8 59.].
Joka tarkemmin on tutkinut kirjallisia todistuksia Malmbergin loppuelämästä ja häntä lähellä olleiden henkilöiden suullisia kertomuksia, hänen täytyy tulla siihen käsitykseen, että niissä on paljon hämärää, jota tuskin mikään tutkimus voi saada poistetuksi. Ei siinä kyllin, että eri henkilöiden lausunnot monesti ovat jyrkästi toisiaan vastaan — samat henkilötkin ovat antaneet keskenään ristiriitaisia todistuksia. Ja tässä tarkoitamme yksinomaan semmoisia henkilöitä, sekä puolustavalla että vastustavalla kannalla olleita, joista täytyy otaksua, että he ovat tahtoneet puhua totta. [Lueteltakoon tässä muutamia niitä henkilöitä, joilta olen saanut suullisia tietoja Malmbergista: Maria Keltamäki (Seinäjoki), Juha Jaskari (Nurmo), Sven Toppari (Kauhava), Hedvig Paavola (Isokyrö), Maria Hanhikoski, Esaias Untamala, Kaisa Autio (Ylistaro), A. O. Törnudd, Otto Hjelt, V. L. Helander, Sofia Helander, Karolina Bergroth, N. G. Arppe, Liina ja J. V. Nybergh, Jos. Grönberg, A. V. Ingman, maisteri F. E. Jernberg, Vendla Petterson, Charlotte Achrén.] Tuntuu kuin olisi Malmbergin valtaava persoonallisuus vielä hänen kuolemansakin jälkeen vaatinut monta heistä epäilemään, epäröiden korjaamaan, vieläpä peruuttamaankin mitä aikuisemmin olivat hänestä sanoneet. Merkillinen on tässäkin suhteessa tämän merkillisen miehen muisto!
Mutta jos moni kohta Malmbergin elämässä kätkeytyykin epätiedon hämärään, ei ole salassa hänen työnsä Suomen Siionin viljavainioilla. Se näkyi selvänä jo hänen eläessään ja näkyy vielä selvemmin hänen kuoltuaan. Todistus siitä on säilynyt ja on säilyvä sukupolvesta toiseen. Kun kaikki hänen oman aikansa ja nykyajan mieskohtaiset, liialliseen ihailuun ja liialliseen vikoilemiseen yksipuolisesti perustuvat todistukset vaikenevat, on tuo todistus kuuluva yhä selvempänä, ja sen mukana on Niilo Kustaa Malmbergin nimi herännäisyyden suurmiehen nimenä säilyvä historian lehdillä.