Olisipa luullut Lönnrotin hieman levähtävän saatuaan samponsa valmiiksi. Siltä ainakin näytti, sillä samaan aikaan hän oli ajatellut omaakin tilaansa.
Alussa vuotta 1835 hän näet oli pois muuttavalta postimestari Montgomerylta ostanut itselleen kaupunkitalon 1,000 ruplalla ja hankkinut samalla neljänneksen matkan päässä kaupungista itään pienen maatilan, Polvilan, myytyänsä entisen liian etäällä kaupungista olleen maatalonsa. Lönnrot näet mieluummin halusi asua maalla kuin puolimädäntyneessä likaisessa kaupungissa. Hän kutsui köyhät vanhempansa Sammatista Polvilaan ja asetti oman talouden. Kuvaavaa epäkäytännölliselle Lönnrotille ovat hänen muuttohommansa. "Jumala varjelkoon ketään ihmistä muuttamasta, paljo siitä on huolta, erittäin tällaisessa kaupungissa", hän kirjoittaa Keckmanille. Polvilaan hän hankki Sammatista palvelijat, kutsui luokseen sukulaisiansa ja koetti asettua oikein mukavasti. Polvila on kauniilla paikalla vesien varrella, ja Lönnrot vietti osan päiväänsä lääkärintehtävissä kaupungissa, osan Polvilassa. Ensimäinen lisärakennus, jonka hän laittoi rappeutuneesen Polvilaan, oli sauna, Lönnrot kun oli innokas kylpijä ja ankara löylyn ottaja.
Mutta nämä kaikki olivat vain arkihuolia. Uusille runoretkille paloi uutteran kerääjän mieli. Kaikki kansan henkiset aarteet oli tarkoin koottava talteen pahojen päivien varaksi. Suuri kansallinen tehtävä yhä enemmän selvisi Lönnrotille. Lähettäessään Kalevalan käsikirjoituksen Helsinkiin hänellä jo oli mielessä monta uutta työtä: Paavo Korhosen runojen painoon toimittaminen, kansan ballaadien, lyyrillisten laulujen, sananlaskujen ja loitsurunojen järjestäminen, suomalaisen lääkärikirjan ja suomen kieliopin tekeminen. Samalla hän suunnitteli suurta kieli- ja kansatieteellistä tutkimusretkeä, joka käsittäisi koko suomenkielen alueen. Maaliskuun alussa hän kysyi asiassa Keckmanin mielipidettä, arvellen että yliopisto saattaisi kyllä hänellekin antaa pienen matkarahan suomenkielen tutkimisen hyväksi, olihan "se ennen kaikenlaisiinkin rahoja työnnellyt, kun e.m. Taurian matkallenki niillen, jotka sieltä 15 eli 10 tuhat Ruplan verolta heiniä ja kärpäsiä keräsivät". Pian Lönnrot luopui koko matkarahahommasta, kun pelkäsi joutuvansa liian suureen edesvastuusen. Suotuaan itselleen nelisen viikkoa lepoa, kun alipuoli ruumista pelkästä istumisesta oli kipeytynyt, hän omin varoin huhtikuun alussa 1835 lähti uudelle runonmatkalle Venäjän Karjalaan. Viisi viikkoa hän nyt yhtä painoa huonossa kevätkelissä kierteli Repolan, Rukajärven, Jyskyjärven, Uhtuen ja Vuokkiniemen läpi, tehden noin 80 peninkulmaa pitkän vaelluksen ja saaden runoja "kokonaisen paperikirjan täyteen". Paras laulaja tällä matkalla oli Uhtuessa eräs Jamala-niminen mies, joka 5 ruplasta lauloi Lönnrotille 20 pitkää ja muutamia lyhyitä runoja. — Juhannuksen tienoissa hän Tornion ja Aavasaksan kautta teki pienen virkistysmatkan Lapin rajoille ja elokuussa virkamatkallaan vielä pistäysi runojen tähden Vuokkiniemen Lapukassa. Saamiaan runoja hän ei enää tahtonut sijoittaa painovalmiisen Kalevalaan, vaan katsoi parhaaksi vasta vuosien päästä sovittaa samalla kertaa paikoilleen kaikki lisäksi tulleet runot.
Yht'aikaa kansanrunojen keräämisen ja järjestämisen kanssa Lönnrot suoranaisestikin uurasti suomenkielisen rahvaan henkistä kohottamista. Jo v. 1834 hän kesken kiireitään toimitti suomeksi rahvasta varten vastaisten katovuosien varalle Gustava Schartaun Hyväntahtoisia neuvoja katovuosina, ja saatuaan Kalevalan valmiiksi hän päätti ruveta toimittamaan kansalle helppotajuista, herättävää kuukauslehteä. Suomeksi oli siihen aikaan olemassa, vain pari kituvaa sanomalehteä, "Oulun Viikko-sanomat" ja "Sanansaattaja Viipurista", mutta Lönnrot ei arkaillut edeltäjien huonoa kohtaloa. Huolimatta paljoista töistään — lääkärikirja hänellä oli paruillaan tekeillä — Lönnrot rohkeasti ryhtyi Oulussa vuoden alusta julkaisemaan Mehiläinen nimistä kuukaus-lehteä, ollen siten uranaukaisija suomalaisen aikakaus-kirjallisuudenkin alalla. Paljon tarvittiin uhrautuvaisuutta tässäkin työssä, kun toimittaja asui Kajaanissa ja posti vain kerran viikossa kulki Oulun ja Kajaanin väliä. Mutta työ ei Lönnrotia pelottanut. Hän koki tehdä lehtensä niin helppotajuiseksi ja monipuoliseksi kuin suinkin, käsitellen siinä etusijassa Suomen kansanrunoutta, kansatiedettä ja kieltä koskevia kysymyksiä. Rahvas oli Mehiläisen avulla herätettävä tuntemaan itsensä ja maansa. Ja niin vilkkaasti on Mehiläinen toimitettu, että sitä vieläkin huvikseen lukee. Lönnrotin hellää huolenpitoa lehdestään todistaa sekin seikka, että hän jo Oulussa leikkautti auki Mehiläisen arkit, koska muka talonpojilla oli tylsät sakset ja veitset. Lehti ilmestyi kuukausittain 2-arkkisena, ja toinen arkki sisälsi pelkästään historiallista lukemista, joksi Lönnrot suomensi ensi osan K.F. Beckerin saksalaista yleishistoriaa, antaen siten ensimäisen yleishistorian esityksen suomenkielellä. Mehiläisessään Lönnrot samalla alkoi laskea perustusta uudelle yhteiselle kirjakielelle, käyttäen eri murteista oppimaansa rikasta kielivarastoaan kirjoitustensa apuna. Tämän uuden kirjoitustavan Lönnrot tiesi kyllä aluksi nostavan riitoja, mutta arveli rohkeana, että "riidastahan se sopukin syntyy".
Kauan hän ei joutanut Mehiläistään toimittamaan, sillä mieli hehkui yhä uusille, entisiä laajemmille retkille. Kirjallisuuden seura, joka Lönnrotilta oli saanut Kalevalan, päätti antaa ahkeralle työmiehelleen 1,000 seteli-ruplaa matkarahoiksi, ja Lönnrot, joka aluksi ei tahtonut kuluttaa seuran vähiä varoja, vihdoin suostui ottamaan tarjouksen vastaan. Lääkintähallituksen ystävällisellä välityksellä hän sai kokonaisen vuoden virkavapautta, alkaen 1 p:stä syyskuuta 1836. Näin hän oli vapaa mies uusille vaelluksille. Matkansa hän suunnitteli kahteen osaan, pohjoiseen ja eteläiseen.
Jätettyään lähimmän huolenpidon Mehiläisestä toisiin käsiin Lönnrot syyskuun keskivaiheilla 1836 Kajaanista lähti pohjoiselle retkellensä. Matka kävi tuttuja latuja Suomussalmen ja Vuokkiniemen kautta Uhtueen, jossa Lönnrot matkatoverinsa, ylioppilas J.F. Cajanin kanssa viipyi lähes kolme viikkoa kooten runoja, sananlaskuja, arvoituksia ja satuja. Cajan, jonka asiana oli koota sanaselityksiä Kalevalaan, kääntyi Uhtuesta kotia, mutta Lönnrot jatkoi marraskuun lopulla matkaansa pohjoista kohti Pistojärven, Tuoppajärven ja Pääjärven seuduille. Hän oli luullut saavansa runoja sitä runsaammin kuta pohjoisemmaksi kulkisi, mutta nuo pohjoiset seudut olivatkin sangen runoköyhiä. Jouluksi Lönnrot palasi Kuusamon kirkolle ja lähti joulujen jälkeen uudelleen rajan taakse, kulkien jälleen Pääjärvelle ja sieltä Vienanmeren rannalla olevain Kieretin ja Kannanlahden kauppalain kautta ylös Kuolaan Jäämeren rannalle. Täytyy todella ihmetellä Lönnrotin tarmoa vaeltaa noissa melkein tiettömissä ja asujamettomissa erämaissa jalkaisin, suksilla, hevosilla ja poroilla. Keli oli kurja, asutus harva, köyhyys suuri, runoja vähän, vaarojakin tarjona, mutta retkeilijän mieli ei lannistunut. Kuolassa Lönnrot viipyi kolmatta viikkoa ja oli omien sanojensa mukaan milt'ei puolikuollut pelkästä ikävästä. Kaupungissa ei ollut suomalaisia, sillä suomalainen asutus loppui paljoa alempana kuin Lönnrot oli luullut, jo Pääjärven pohjoispuolella. Hänen täytyi solkata siellä venättä, saksaa ja latinaa. — Kuolasta Lönnrot maaliskuun alussa pyörsi paluumatkalle pitkin Jäämeren rannikkoa lappalaiskylien kautta ja saapui erään suomalaisen nimismiehen Ekdahlin kanssa tämän virkataloon Suomen Lappiin. Nimismiehen luona hän vietti viikon verran. Talossa oli maa lattiana, laatikko kirjoitus- ja ruokapöytänä ja köyhyys sellainen, että pari päivää täytyi olla suolatta. "Mutta — kirjoittaa Lönnrot — monesta paremmin varustetusta talosta olen vähemmällä kaipauksella eronnut kuin tästä. Heidän tyytyväisyytensä oli todella kadehdittava, ja jonkunlaisen tarttumisen kautta siirtyi sama tyytyväisyys minuunkin." Vasta toukokuussa Lönnrot palasi Sodankylän, Kuolajärven ja Kuusamon kautta kotiinsa Kajaaniin, oltuaan retkillänsä 8 kuukautta ja kierrettyään satoja peninkulmia harvaan asutuissa seuduissa. Yksin poromatkaa oli ollut 130 peninkulmaa.
Mutta pitkää lepoa tämä väsymätön vaeltaja ei suonut itselleen. Jo kesäkuun alussa 1837 hän lähti eteläiselle matkalleen, suunnaten kulkunsa Vuokkiniemen ja Repolan kautta Pielisjärvelle ja sieltä Joensuun lähipitäjäin kautta Sortavalaan, jonne saapui elokuun lopulla. Parikkalan kautta, jossa viipyi tunnetun näytelmäinkyhääjän ja suomalaisuuden harrastajan, majuri J. Fr. Lagervallin luona viikon päivät ja teetti itselleen uudet saappaat, hän sitten samosi Saimaan eteläisiin rantapitäjiin ja kääntyi vihdoin Lappeenrannan seuduilta Savonlinnan ja Nurmeksen kautta kotimatkalle, saapuen Kajaaniin lähes 6 kuukautta kestäneeltä retkeltään marraskuun loppupuolella. Toista vuotta hän siten oli samoillut läpi Suomen ja Vienan Karjalat, Kuolat ja Lapit, osan Savoakin, ja runoja oli karttunut runsaasti, varsinkin lyyrillisiä. Lisäksi oli kertynyt tuhansittain sananlaskuja, toista tuhatta arvoitusta, noin 80 satua, lauluja, sanavaroja y.m. Runorikkaat itäinen ja eteläinen Suomen Karjala jäivät häneltä tällöinkin käymättä ja kokematta, kun ei aavistanut siellä olevan runoja ja aikakin lienee tehnyt tiukkaa.
"Mehiläinen" oli sillä välin hyvin hoitanut itseänsä, mutta lehden tulevaisuus näytti synkältä. Lönnrotilla oli suuret runojen järjestämistyöt edessä, jotka pariksi vuodeksi tarkoin veisivät hänen aikansa. Pitkin vuotta hän oli tiedustellut lehdelleen toimittajaa, löytämättä ketään halukasta. Tilaajia oli jo alusta alkaen ollut niukalti, mutta Lönnrot olikin jo alkaessaan päättänyt panna 200 ruplaa omistaan painokustannuksiin, vaikkapa hänellä itsellään vielä oli velkoja noin 3,500 ruplaa, jotka laskettuaan hän sanoo viettäneensä sangen unettoman yön. V. 1837 oli tilaajia noin 150, tuloja tilausmaksuista 450 ruplaa, menoja, toimittajan vaivoista puhumattakaan, 800 ruplaa. Lönnrot päätti sittenkin tappiostaan masentumatta omin voimin jatkaa lehteä ja pyysi helsinkiläisiä tuttaviaan hankkimaan tilaajia. Kirjallisuuden seura lupasi ottaa 100 kappaletta Mehiläistä. Mutta silloin Mehiläisen siivet paloivat. Oulun maaherra torui lehden painajaa Barckia siitä, ettei vapaakappaleita ollut lähetetty korkeille viranomaisille, ja tuskaantunut Barck kieltäytyi enää painamasta mitään lehteä. Hyväntahtoinen Lönnrotkin harmistui ja lopetti koko Mehiläisen, niin että Suomeen vuodeksi 1838 jäi vain yksi suomenkielinen lehti, sekin hengellinen. Mutta jo vuoden päästä Lönnrot herätti Mehiläisen henkiin, painattaen sitä nyt Helsingissä vv. 1839-40. Historiallisena lukemisena seurasi tällöin yllämainitun J.F. Kajaanin (Cajan) kirjoittama Suomen historia ja Lönnrotin yhdessä Vesilahden kappalaisen Kustaa Ticklénin kanssa toimittama Venäjän historia. Kannatuksen puutteessa — 1840 mainitaan lehdellä olleen 119 tilaajaa — Mehiläinen nytkin pysyi hengissä vain puolitoista vuotta, mutta sen herättävä vaikutus ei jäänyt hedelmittä.
Rauhallisessa Polvilassaan Lönnrot alussa vuotta 1838 ryhtyi järjestämään Suomen kansan lyyrillisiä runoja. Hän istui työssä aamusta iltaan, minkä suinkin lääkärintehtäviltä jouti, ja harjoitti samalla ruumiinsa terveydeksi mieliurheilujaan. Runoissa hänellä oli paljon työtä, niitä kun oli niin runsaasti. Keväällä 1838 hän kirjoittaa puuhastaan: "Puolen vuotta olen nyt melkein joka päivä järjestänyt ja muovaillut niitä, koettanut usein kyllä monesta toisinnosta valita paraan päärunoksi, uudestaan kirjoittanut puhtaaksi, mitä jo kolme, neljä kertaa ennen on puhtaaksikirjoitettu. Vielä kulunee pari kuukautta samaan työhön eli niin pitkä aika, että vihdoin väsyn siihen, mitä ei vielä ole tapahtunut, kun joka päivä olen luullut keksiväni niissä uusia kauneuksia ja siitä iloinnut." — Mutta työhön kului vielä pari vuottakin, ja sen kestäessä hän v. 1839 painatti jo alussa vuotta 1836 valmistuneen Suomalaisen talonpojan koti-lääkärin, joka sitten saavutti rahvaan kesken niin suuren suosion, että siitä myöhemmin tuli ulos uusia painoksia. Lääketieteellisten oppisanojen sepittämisessä oli Lönnrotilla ollut "tuskin arvattava työ", eikä ihmekkään, sillä ensi kertaa siinä suomea käytettiin lääketieteen alalla. Samalla Mehiläisen uudistettu toimitus y.m. huolet viivyttivät laulurunojen järjestämistä. Lääkärintoimi vei myös aikaa, sillä lääkäriä oli ruvettu kysymään yhä enemmän, varsinkin kun herrasperheiden luku oli vuosikymmenen kuluessa paljon kasvanut. Lönnrot puolestaan vastahakoisesti uhrasi aikansa lääkärintoimeen, johon hänellä ei ollut sisällistä kutsumusta, ja toivoi usein olevansa siitä vapaa. Perhesurutkin samensivat hänen mieltänsä. Vanhemmat näet eivät hyvin sopineet yhteen, isä kun oli riitaisa luonteeltaan, ja pari Lönnrotin veljeä, joita hän koetti pitää taloudessaan Polvilassa, elivät epäsäännöllisesti. Pahin suru kohtasi häntä helluntaina v. 1839. Hänen palatessaan veljenpoikansa Kallen, ylioppilas Krankin ja parin palvelijansa kanssa Kajaanista kirkosta Polvilaan, kallistui Sipisen virtaa noustessa Lönnrotin ohjaama vene, sai vettä sisälle ja meni kumoon, niin että väki joutui veteen. Veljenpoika ja palvelustyttö hukkuivat virran pyörteihin, ja ainoasti oivallisen uimataitonsa avulla Lönnrot itse pelastui samoinkuin mainittu ylioppilas ja renki, jotka olivat pysytelleet veneen varassa. Kerrotaan Lönnrotin uidessaan nakanneen suuhun unehtuneen piippunsa virtaan sanoen: "Mene sinäkin sinne, meni sinne paljon kalliimpaakin." Onneksi Kantelettaren runot, joita Lönnrot tavallisesti kuljetti mukanaan kaupungissa, niitä sielläkin virkatyön lomassa järjestellen, olivat jääneet kotiin ja siten pelastuneet. — Hukkunut veljenpoika oli tuon usein mainitun auttajaveljen Henrik Juhanan toivorikas vanhin poika, jota Lönnrot oli kouluttanut, ja joka oli juuri ylioppilaaksi pääsemässä. Tapaus koski Lönnrotiin kovasti; jopa hän eräänä epätoivon hetkenä lausui pelkäävänsä, että itse paholainen se viekoitteli häntä tutkimaan suomea voidakseen iloita huonosta virkamiehestä. Jollei hänellä olisi ollut vanhempansa hoidettavinaan, hän muka jo monasti olisi eronnut virastaan tyytyen pieneen eläkkeesen, saadaksensa paholaiselta rauhassa harjoittaa mielitöitään. Hukkuneen sijaan hän otti kouluttaakseen veljensä nuoremman pojan ja kustansikin tämän papiksi saakka. Muistakin läheisistä sukulaisistaan hän koki pitää hyvää huolta, toimittaen heille oppi- ja työpaikkoja.
Nämä moninaiset puuhat ja huolet viivyttivät laulu-runokokoelman valmistumista, mutta hiljakseen se kuitenkin järjestyi. Sitä varten Lönnrot teki syksyillä 1838 ja 1839 pari lyhyttä matkaakin Suomen Karjalaan, kooten runoja Ilomantsin ja Pielisjärven seuduilta. Työnsä lopettamista varten hän saapui Laukkoon jouluksi 1839 ja vietti kevättalven 1840 Helsingissä. Seuraavana kesänä yliopisto vietti 200-vuotisen olemassaolonsa suurta muistojuhlaa, ja sen kunniaksi ilmestyi vihdoin painosta Suomal. kirj. seuran kustannuksella "Kanteletar, elikkä Suomen Kansan Vanhoja Lauluja ja Virsiä", tuo Suomen kansan vanhain lyyrillisten laulujen, ballaadien ja legendain suuriarvoinen ja runsassisällyksinen kokoelma. Muistojuhlaan valmistui painosta vain Kantelettaren ensimäinen kirja, mutta toinen ja kolmas seurasivat kohta perästä. Kansalliskirjallisuutemme oli Lönnrotin kädestä saanut toisen mahtavan kulmakiven, aarteen, jossa Suomen kansan rikas ja syvällinen henkinen elämä, sen ilot ja surut, sen toiveet ja pettymykset, kuvastuivat niin yksinkertaisen kauneissa ja tunteellisissa lauluissa. — Kanteletar sisältää puoliseitsemättä sataa eri runoa, joista suurin osa on lyyrillisiä kansanlauluja ja loput (60) "virsilauluja", s.o. historiallisia runoja, ballaadeja ja legendoja. Esipuheesen hän on sen lisäksi näytteinä sovittanut yli parikymmentä uudemman ajan kansanlaulua. Vieläpä hän on liittänyt kokoelmaan viidettäkymmentä laulujen ja runojen sävelmää l. "laulantoa", joita hän runoja kerätessään huilunsa avulla oli mitenkuten pannut muistoon. Syystäpä hän antoikin kokoelmalle Kantelettaren, kanteleen impyen nimen.