Lönnrot oli siis vihdoin joutunut itse nuorisolle opettamaan sitä ainetta, jolle hän elämänsä parhaat vuodet oli omistanut. Ylioppilaat ottivat hänet riemulla vastaan ja panivat toimeen erityisen juhlan uuden, kunnioitetun opettajansa tervetuliaisiksi. Kun vaatimaton juhlavieras astui saliin ja näki edessään häntä hurraahuudoilla tervehtivän ylioppilasjoukon, tahtoi hän ujosti pujahtaa sivukammariin. Silloin kymmeniä vankkoja käsivarsia kävi ukkoon käsiksi, ja korkealla laulavan sekä hurraavan joukon olkapäillä sai Lönnrot vastustelemisistaan huolimatta vaeltaa salin ympäri. — Kohta sen jälkeen talvella ylioppilaat kävivät laulutervehdyksellä Lönnrotin luona. Professori oli juuri hiihtämään lähdössä, kuunteli tarkkaavasti laulua, kiitti ylioppilaita muka ansaitsemattomasta kunnioituksesta, nousi suksilleen ja sanoi, että jos joku halusi nähdä hiihdettävän, niin nyt sen näki. Samassa hän alkoi suksineen liukua alas Vladimirinkadun mäkeä, jonka varrella hän asui.
Professorinvirkansa Lönnrot otti pääasiassa käytännölliseltä kannalta, ja siihen hänellä olikin täysi oikeus. Juuri käytännöllinen tarve se etupäässä olikin pakottanut hallituksen perustamaan yliopistoon opettajanpaikan kansan omassa kielessä, kun virkamiehet, vieläpä papitkin, perin vaillinaisesti osasivat suomea — tosinhan sitä siihen aikaan ei paljoa vaadittukaan. Ja kielemme kaipasikin kipeästi käytännöllistä muokkaajaa ja viljelijää. Suomen kirjakieli ennen Lönnrotia oli näet ollut perin köyhää, virheellistä ja ruotsinvoittoista; murteiden harrastajat taas 1800-luvun alkupuolella olivat jo silpomaisillaan sen moneksi eri kirjakieleksi. Silloin tuli Lönnrot oikealla hetkellä, yhdisti itseensä suomen kaikkien kielimurteiden tarkan tuntemisen ja toi esiin kansanrunoista ennen aavistamattomat runsaat kielelliset aarteet. Hän ryhtyi luomaan Suomelle uutta yleistä kirjakieltä, sulattaen siihen suomen eri murteiden parhaat ominaisuudet. Kansanrunojen kerääminen ja julkaiseminen ja varsinkin Kalevalan kokoonpano tosin ovat hänen elämänsä tärkeimmät työt, mutta melkein yhtä korkealle on arvattava hänen käytännöllinen työnsä suomen kirjakielen uudistajana ja viljelijänä. Hän valoi yhteen länsi- ja itäsuomen murteet, liittäen taitavin käsin vanhan kirjakielen jo kieliopillisesti vakaantuneesen ja säännölliseen länsisuomalaiseen asuun itäsuomen runsaita ja meheviä sanavaroja, taivutusmuotoja ja puheenparsia. Siten muodostui meille, eri murteista yhtyen, uusi yleinen kirjakieli, jolla monen muun kansan kirjakielen rinnalla on se verraton etu, että kaikki suomalaiset sitä yhtä helposti ja yleisesti ymmärtävät.
Tätä suurta kielellistä puhdistus- ja uudistustyötänsä hän, kuten olemme nähneet, oli ahkerasti harjoittanut jo Kajaanissa ollessaan. Hänen monet kirjalliset julkaisunsa ja suomenkieltä koskevat tutkielmansa ja kirjoituksensa osoittavat, kuinka hänen omakin kantansa vasta vähitellen vakaantui. Aluksi hänen kirjoitustapansa oli näet sangen hapuilevaa ja tavoitteli latinan sekä kreikan kielen lauserakennusta. Lukija on kyllä huomannut niistä Lönnrotin suomenkielisten kirjoitusten otteista, joita edellisessä on esiintynyt, kuinka kankealta ja vanhanaikuiselta hänen kirjoitustapansa tuntuu meikäläisistä. Mutta se ei ole ollenkaan ihmeellistä ajan oloihin katsoen. Hiljakseen Lönnrotin kirjoitustapa tuli luonnollisemmaksi ja suomalaisemmaksi ja vakaantui vihdoin siksi yksinkertaiseksi, joskin hieman kankeahkoksi proosaksi, jota hän lopummalla ikäänsä kirjoitti. Hänen muodostelemansa uusi kirjakieli kehittyi näet nopeasti mestarinsa ohitse, joka ei koskaan ollut mikään kielellinen tyylinero, yhtä vähän kuin hän oli omintakeisesti luova runoilija. Nuoremmat, notkeampikynäiset miehet veivät Lönnrotin rakentamaa kirjakieltä nopein askelin muodollista täydellisyyttä kohti, ja mestari itse vaatimattomana vanhoilla päivillään ei mielellään tahtonut kirjoittaakaan suomea, koska hän oli muka jäänyt kielen kehityksessä jälelle.
Kajaanissa alottamaansa kielellistä uudistusta Lönnrot professorina jatkoi. Hän koetti ylioppilaissa etusijassa virittää harrastusta suomenkieleen ja sen oppimiseen. Kieltämme alettiin tähän aikaan yhä enemmän viljellä varsinaisen sivistyselämän eri aloilla, ja ääretön joukko uusia sanoja tarvittiin eri sivistyskäsitteitä ilmaisemaan. Jo Kajaanissa Lönnrot oli ahkeroinut uusien sanojen sepitystä, karsinut kielestä pois rumia muukalaisuuksia ja esimerkillään innostanut muitakin samaan työhön. Lääke- ja kielitieteellisiä, lasku- ja runo-opillisia sekä historiallisia oppisanoja oli hänen pajastaan jo silloin lähtenyt ensimäinen joukko. Professorina ollessaan hän taivutteli nyt kieltä mitä monipuolisinten käsitteiden ilmaisijaksi, veti kansanrunoista esiin runsaasti somia ja sattuvia sanoja sekä sepitti joukoittain yhtä osuvia uusia sanoja noiden uusien käsitteiden tulkiksi. Suomen eri murteiden rikasten sanavarain täydellinen tunteminen ja taipuisa, luonnostaan herkkä kieli-aisti ohjasivat häntä tässä tärkeässä toimessa niin hyvin, että hänen sepittämänsä uudet sanat yleensä käytännössä vakaantuivat paljoa nopeammin ja paremmin kuin muiden samanaikuisten sanaseppäin tekeleet, jotka nekin puolestaan suuresti edistivät yhteistä tulosta. Me, jotka nykypäivinä niin helposti sujuttelemme suomea kaikilla sivistyselämän aloilla, käyttäen valmista ja vakaantunutta sanavarastoa, joka tosin päivä päivältä yhä karttuu ja tarkistuu, emme kyllin osaa ymmärtää niitä vastuksia, joita kirjakielen uudestiluominen luojillensa tuotti.
Tämän vaikean tehtävän Lönnrot toimitti yleensä luennoillaan. Koko virka-aikansa hän ylioppilaille esitti 2 tuntia viikossa Kalevalaa, käänsi tekstin ruotsiksi ja antoi niin laveita sana- ja asiaselityksiä, ettei ennättänyt lukea kuin 10 runoa lukuvuodessa. Toisena kahtena viikkotuntina hän esitti suomen kielioppia tai suomalaista mytologiaa. Ensi vuotenaan hän luennoilla suomensi muutamia epistoliakin alkukielestä. Mutta tärkein tehtävä noina kahtena tuntina oli juuri uusien oppi- ja sivistyssanojen sepittäminen tieteen eri aloilla. Niinpä hän syksyllä 1857 kirjoittaa lukeneensa kasvioppia ja syksyllä 1858 itse suomentaneensa erästä ruotsinkielistä luonnonopillista kirjaa, antaen ylioppilaiden kolmena tuntina suomentaa erästä toista luonnonopillista teosta ja kotityönä harjoittaa suomen kirjoittamista. Eräs luennoilla ollut (J. Krohn) kuvaa niitä näin: "Ihmeteltävää oli kuulla, kuinka selviksi ja sujuviksi vaikeimmatkin kohdat kääntyivät mestarin käsissä, ja varsinkin kuinka hän suomenkielen omista varoista keksi tuhansia sanoja, jotka useimpain muitten nykyisien sivistyskielten on täytynyt lainata." — Varsinkin oivallinen kasviopillinen sanastomme on Lönnrotin luoma. Luonnonihailijana hän koko ikänsä oli harrastellut kasvioppia, ja nyt professorina hän, kääntäessään luennoillaan suomeksi Hartmanin Floraa, sepitti sille täydellisen suomalaisen sanaston, joka Suomen kasvistossa v. 1860 tuli julkisuuteen. Ruotsinvoittoista lakikieltä hän notkeasti taivutti suomalaiseksi kääntämällä suomeksi 1734-vuoden laista Kauppakaaren ja Maakaaren (1857) ja suomentamalla J. Ph. Palménin Lainopillisen käsikirjan (1863). Kieliopillisia oppisanoja hän oli julaissut kirjoituksissaan jo Kajaanissa ollessaan, ja 1857-vuoden "Suomi" kirjassa hän antoi niitä uuden kokoelman. Tieteellisenä tutkimuksena hänen professoriajaltaan mainittakoon hänen saksankielinen esityksensä Inarin lapin murteesta (1854).
Tutkintovaatimuksissaan Lönnrot oli ehkäpä liiaksikin lempeä ja vähän vaativainen. Monta hauskaa muisteloa on säilynyt hänen helposta arvosanojen annostaan. Mutta on huomattava, etteivät silloiset suomenkielen opintojen apuneuvotkaan olleet suuria, eikä sen ajan vaatimuksia siis käy mittaaminen meidän aikamme mitalla. Asian harrastuskin oli silloin jo ansio.
Varsinaisen virkatoimensa ohella hän, kuten tavallista, ennätti harrastaa paljon muutakin hyvää. Jatkona kajaanilaisille raittiusharrastuksilleen hän v. 1853 perustetun Raittiuden Ystäväin Seuran toimituksissa julkaisi käännöksinä ja mukaelmina pari kansankirjasta: Kolme päivää Sairion kylässä (1854) ja Vilhelmi Linterin historia (1856). Näillä käännöksilläkin hän rikastutti kirjakieltä. Ja v. 1857, kun ankara kato kohtasi pohjois-Suomea, hallitus lähetti hänet varta vasten hädänalaisille seuduille kauas Sotkamoon saakka neuvomaan rahvaalle jäkäläleivän tekoa. Sellaiseksi lähettilääksi hän olikin aivan kuin luotu kansanomaisuutensa ja entisen laajan kokemuksensa vuoksi. Jäkäläleipien paistuessa uunissa Lönnrot istui uunin edessä ja valmisteli kasvistoaan; julkaisipa hän pienen kirjasenkin jäkäläin ruoaksi käyttämisestä. Vanha lääkärinharrastuskin hänessä yhä pysyi vireillä, ja sen tuloksena on mainittava hänen kirjoituksensa Minkätähden kuolee Suomessa niin paljon lapsia ensimäisellä ikävuodellansa (v. 1859). Siinä hän neuvoi lapsien terveydenhoitoa.
Professoriaikanansa virinneihin valtiollisiin pyrintöihin ja suomalaisuuden vaatimuksiin Lönnrot ei personallisesti puuttunut. Hän oli läpeensä rauhan mies, joka kammosi kaikkea valtiollista taistelua ja puoluepolitiikkaa. Hän työskenteli hiljaisuudessa omalla alallaan, mutta ei silti suinkaan ollut välinpitämätön valtiollisille ja kansallisille uudistusharrastuksille. Mielihyvällä hän näki uuden Suomen nousevan niilläkin aloilla, samoinkuin hän oli sitä valmistanut kirjallisuuden vainiolla. Valtiollinen ja julkinen toiminta ei kuulunut hänelle; olihan hänen harras ystävänsä Snellman ja joukko nuorempia voimia tarmokkaasti taistelemassa sillä alalla.
Kuitenkin Lönnrotin asema suomenkielen professorina ja Suomal. kirj. seuran esimiehenä, joksi hänet oli valittu v. 1854, velvoitti hänet joskus astumaan esille yhteiskunnallisissa asioissa ja kansallisuus- sekä kielikysymyksessä. Vireä kenraalikuvernööri kreivi Berg näkyy joskus tiedustelleen Lönnrotinkin mielipidettä suomenkielen käytäntöä koskevissa asioissa; hänet kutsuttiin v. 1861 jäseneksi kansakoululaitoksen suunnittelu-ehdotusta tarkastavaan komiteaan ja 1862-vuoden kieli-komiteaan. Kun Suomi v. 1860 sai oman rahan ja rahayksiköille tarvittiin sopivat suomalaiset nimitykset, sepitti Lönnrot nuo sattuvat nimitykset "markka" ja "penni".
Kieli- ja kansallisuuskysymyksessä käy Lönnrotin kanta paraiten ilmi niistä jonkinlaisista ohjelmapuheista, joita hän Suomal. kirj. seuran esimiehenä piti seuran vuosikokouksissa vv. 1855-62. Ennen Lönnrotin esimiehyyttä oli seuran virallinen kieli ollut ruotsi, jäsenet kun vielä huonosti taisivat suomea, mutta Lönnrot alkoi seurassa esittää asiat suomeksi, joskin keskustelu edelleen useimmiten kävi ruotsiksi, ja ruotsi pysyi seuran pöytäkirjakielenä vuoteen 1861 saakka. Pari ensimäistä vuosikokouspuhettansa Lönnrotkin piti ruotsiksi, saipa siitä "Suomettarelta" moitelauseenkin, varsinkin kun hämäläisiä talonpoikia kerran oli ollut kokouksessa läsnä. Mutta v:sta 1857 alkaen hän puhui yksinomaan suomeksi. Hänen ensimäinen kielellinen vaatimuksensa oli koulujen opetuskielen suomalaistuttaminen, koska opetuskieli tavallisesti määräsi yksilön koko kirjallisen ja puhekielen. Itse hän ruotsinkielisiä kouluja käyneenä sen muka kipeästi tunsi. Kun v. 1858 avattu Jyväskylän alkeisopisto vastoin toivoa aluksi muodostuikin pääosalta ruotsinkieliseksi, niin Lönnrot, joka ei suinkaan tahtonut ryhtyä "morkkimaan" isällisen esivallan toimia, vuosipuheessaan v. 1859 lausui jo julki ajatuksen yksityisen suomenkielisen opiston perustamisesta — ajatuksen, joka vasta 1870-luvulla toteutui. Lönnrot ei luullut siihen suuria tarvittavan: "Pääasiana olisi perustajan taito, halu ja hartaus tahtoaksensa jotain Suomen kansan, kielen, kirjallisuuden ja sivistyksen eteen voimainsa mukaan tehdä ja toimittaa. Hän kyllä semmoisessa yrityksessä ei tulisi ansiovuosia kokoamaan, mutta epäilemättä olisi hänelle siitä sen enemmin ansioa karttuva." Samassa puheessa Lönnrot iloitsi siitä, että hallitus oli kuntien pöytäkirjakieleksi suomenkielisissä kunnissa vihdoin määrännyt suomen, ja että yliopistossakin vast'edes saatiin suomeksi suorittaa opinnäytteitä. Siten suomenkieli voitti sijaa tieteen piirissä ja oikeuslaitoksenkin alalla, mihin viittasi sekin seikka, että esivalta jo huolellisesti suomennutti kaikki käskynsä ja asetuksensa. — Seuraavana vuonna Lönnrot torjuu suomenmielisten päältä syytöksen maan ruotsalaisten sortamisesta ja suomalaistuttamishankkeista ja vakavasti kehoittaa "urheaan työhön" eikä "äänenpitoon" kansan suomenkielisen enemmistön kohottamiseksi oikeudenmukaiseen asemaan. Seuraavassa puheessaan v. 1861 Lönnrot teroitti mieliin, että suomenkielen tuli Suomessa kaikilla yhteiskunta- ja sivistyselämän aloilla vähitellen päästä käytäntöön ruotsin rinnalla siinä suhteessa, joka oli kummankin kielen puhujain lukumäärän välillä. Lönnrot tässä tähtää nähtävästi jotakin kunnallisen pääkielen periaatetta. Viimeisessä vuosipuheessaan v. 1869 Lönnrot lausui kantansa kielikysymyksessä yhä varmemmin ja selvemmin, vaatien suomea välttämättä koulujen ja virkakuntain kieleksi. Kuitenkin Lönnrot aina pysyi kohtuuden ja maltin rajoissa, tahtomatta väkivaltaisia ja katkeruutta synnyttäviä toimenpiteitä. Luonnollinen ja asiallinen sovinnollisuus tässäkin kysymyksessä johtaisi parhaiten perille. Tuomioistuinten pöytäkirjat oli välttämättä saatava suomeksi, koska "tuomari oli yhteisen kansan eikä yhteinen kansa tuomarin tähden."