Kun jalka hieman parani, siirsi Varelius helmikuun puolivälissä Lönnrotin luokseen Loimaan pappilaan, jossa hän sai maata vielä kolmatta kuukautta virsiä korjaillen. Tytär Maria tuli Loimaalle isäänsä vaalimaan yhdessä pappilan herttaisen väen kanssa. Jalasta tulikin sitten niin terve, että Lönnrot piloillaan väitti sen taittumisesta tulleen entistä ehommaksi. Granlundille hän kirjoitti sairasvuoteeltaan: "Minä tähän jalkani taittumisen tapaukseen olen hyvin tyytyväinen ja katson sitä niin kuin muunaki Jumalan hyvänä työnä kohtaani; käyköön kuinka tahansa, niin on aina parasta tyytyä siihen ja kiittää Häntä." Syystäpä sanoikin Varelius: "Suomen kansa ei ollut turhaan käynyt Lönnrotin sairasvuoteella häntä katsomassa ja oppimassa, miten vastoinkäymisessä kärsitään ja tehdään työtä kuten miehelle sopii."
Lönnrotin varsinainen päätyö, jota varten hän juuri oli siirtynyt Sammattiin, oli monesti mainitun sanakirjan valmistaminen. Osan päivästä hän aina varasi tähän tarkoitukseen. Monet apulaiset edistivät työtä poimimalla sanoja ja lähettämällä sanakokoelmia. Mutta Lönnrot itse suoritti lopullisen järjestämisen ja kokoonpanon. Lönnrotin suuri Suomalais-Ruotsalainen Sanakirja alkoi ilmestyä vihottani Suomal. kirj. seuran kustannuksella v. 1866. Sen ensimäinen osa, kirjaimet A-M, valmistui painosta v. 1874, jolloin käsikirjoitus oli valmis jo T:hen saakka, "niin että tulevana syksynä toivon selviäväni siitä pitkällisestä työstä", kuten Lönnrot kirjeessään Granlundille arveli. Mutta vielä kului kuusi vuotta, ennenkuin toinen osa, kirjaimet N-Ö, oli täysin valmis. Vaan silloin, v. 1880, olikin tehty oikea jättiläistyö. Lönnrotin sanakirja on näet suurimpia lajissaan, sisältäen 2,203 kaksipalstaista, tiheään painettua sivua suurta kokoa ja noin 160,000 sanaa. Ainesten kriitillisen käsittelyn kannalta sanakirja ei siedä arvostelua, mutta Lönnrotin tarkoitus olikin etusijassa antaa täydellinen kokoelma suomenkielen sanavaroista. Itse hän lausuu ensi osan esipuheessa: "Minulla oli edessäni kaksi ehtoa: joko panna suurempaa huolta kritiikkiin, mutta samalla luopua toivosta nähdä työn päättyvän jälellä olevan, jospa pitemmänkin elämäni ja työkykyni aikana, tai myös järjestää käsillä olevat kokoelmat sillä tavoin kuin nyt on tapahtunut, jolloin ehkä voin elää työn valmistumiseen saakka. Minä valitsin jälkimäisen keinon pääasiallisesti pelosta, että nuo kallisarvoiset kokoelmat, ollessaan kauemman aikaa työn alla, voisivat joutua kaikenlaisten onnettomuuksien vaaraan." Ja tavallisella vaatimattomuudellaan hän lisää: "Suurin syy (puutteihin) on minussa itsessäni tai minun kyvyttömyydessäni saada aikaan mitään parempaa." Hän muka olisi mielellään nähnyt, että kyvykkäämmät olisivat tehneet tämänkin suurtyön, mutta kun näillä ei ollut aikaa, jota hänellä sensijaan oli runsaasti, niin oli hän työhön ryhtynyt. Ja teoksen loppulauseessa hän sanoo jättävänsä sanakirjansa, ei kriitillisesti toimitettuna suomenkielen sanakirjana, vaan aakkosellisesti järjestettynä sanakokoelmana nuorempien ja tieteellisempien kykyjen seulottavaksi. "Sekavalla mielihyvällä — hän kirjoittaa — näen nyt tämän pitkällisen työn päättyneen. Toiselta puolen en voi muuta kuin kaikesta sielusta ja sydämestä kiittää Jumalaa, joka minulle työssäni on suonut ikää ja terveyttä, mitä 17 vuotta sitten työtä alkaessani jo silloin pitkän ikäni tähden tuskin saatoin toivoakaan. Vähemmän tyytyväinen olen sitävastoin työn suoritukseen, jonka moninaiset puutteet ja vaillinaisuudet minä liioin hyvin tunnen ja tunnustan."
Puutteistaan huolimatta Lönnrotin suuri sanakirja on alati tyhjentymätön aarreaitta ja sanalähde suomenkielen tutkijoille ja käyttäjöille. Se on tavallaan kielemme mahtavin ulkonainen muistomerkki.
Sanakirjatyön ohella Lönnrot vihdoin ryhtyi järjestämään Kajaanissa kesken jääneitä loitsurunoja ja saikin ne valmiiksi v. 1880 yht'aikaa sanakirjan kanssa. Suomen Kansan muinaisia Loitsurunoja on paksu, Kalevalan kokoinen kirja, johon on koottu ne synkät ja mahtavat tenhosanat, ne lujat luottehet, joilla esivanhempamme koettivat vallita luontoa ja varasivat itsensä tauteja, onnettomuuksia y.m. vastaan tai rukoilivat haltioilta menestystä toimillensa. Loitsurunojenkin järjestämisessä Lönnrot noudatti Kalevalassa seuraamaansa menettelyä, sovitellen pitkiä loitsulukuja yhteen monista eri toisinnoista. Mutta siten nuo painetut loitsurunot, joilla ei sellaisinaan ole kirjallista arvoa, vaan jotka ovat oikeastaan puhtaasti tieteellistä tavaraa, menettivät kokonaan tieteellisen merkityksensä.
Viime vuosinaan hän myös toimitteli uutta lavennettua Kantelettaren laitosta, josta ennätti suorittaa valmiiksi vain kolmannen kirjan eli "virsilaulut". Nekin hän lisäili ja sovitteli uusilla aineksilla entistä pitemmiksi, huolimatta ollenkaan siitä, että runoihin siten joutui vallan vieraita aineksia. Yhteen kutominen oli tullut hänelle aivan toiseksi luonnoksi.
Lönnrotin työtarmo vielä vanhoilla päivillä on sitä ihmeteltävämpää, kun hänelle sattui useita katkeria perhesuruja. Hänen hurskas vaimonsa kuoli, kuten mainittiin, jo v. 1868, sairastettuaan kauan aikaa vilustumisesta saatua kurkkutautia, ja kolme tytärtä seurasi äitiään nuorina hautaan: Maria 1874, Elina 1876 ja Thekla 1879. Rinta- ja kurkkutauti heidät riisti pois surevalta isältä. Ainoastaan lähinnä vanhin tytär Ida jäi vanhuksen viime päivien tueksi ja sulostuttajaksi. Lönnrot kantoi kohtalonsa miehekkäällä tyyneydellä ja alistuvaisuudella ja sanoi olevan turvallista tietää, että he olivat menneet pois ennen häntä. Eräälle ystävälleen, joka yht'aikaa oli kadottanut kaksi poikaansa, hän v. 1869 kirjoitti: "Olen kokenut itseki sitä surua, kun vanhin lapseni, ainoa poikani, kuoli, mutta ei auttaneet ei omat eikä syrjäisten lohdutukset. Mutta mitä ne ei voineet, sen teki aika, ja nyt taidan jo Jumalaa kiittää siitä, että hän korjasi lapsen luoksensa ja pelasti minun kaikesta siitä surusta, kun minulle hänestä ehkä olisi tullut. Parasta kyllä olisi semmoisissa tapauksissa, kohta voida tyytyä Jumalan kaikkiviisaasen hallintoon, mutta koskapa me sen kylliksi opimme?" — Työ oli Lönnrotin paras lohdutus.
Vainajain muisto tuli runsaasti Sammatin hyväksi. Vaimonsa kuoltua Lönnrot näet lahjoitti rahasumman kansakoulun perustamiseksi Sammattiin, Marian muistoksi hän antoi varoja kansakoulurakennuksen laajentamiseksi, Elinan kuoltua rahalahjalla muisti kunnan vaivaisia ja kirkkoa, ja Theklan muistoksi hän lahjoitti Sammatin kirkkoon prof. v. Beckerin maalaaman alttaritaulun. Hänen hyvänteoistaan mainittakoon vielä, että hän kustansi monta Sammatin neitoa seminaariin, oli kuntalaistensa auliina neuvonantajana, sovitti riitoja, puuhasi lainakirjastoa ja lukutupaa valistusta levittämään, neuvoi katovuosina 1867-68 Sammatin emännille jäkäläleivän tekoa, paranteli sairaita, auttoi tarvitsevia j.n.e. Hän oli tavallaan koko Sammatin isä ja patriarkka, jonka puoleen kuka tahansa rohkeni luottamuksella kääntyä.
Vuoden 1874 vaiheilla Lönnrot möi Nikun kansakoulujen ylitarkastajalle Uno Cygnaeukselle, koska läheiset talolliset metsiensä hävityksellä olivat pilanneet näköalan. Hän vetäytyi nyt vielä syvemmälle sydänmaahan ostamaansa yksinäiseen Lammin taloon, kolmisen kilometrin päähän Nikusta. Lammi on mäellä jylhien vaarojen ja metsien keskellä, järviä siellä täällä ympäristössä. Lähin järvi ei oikein näkynyt kartanoon, ennenkuin Lönnrot viime vuosinaan hakkautti metsän läpi näköaukon. Talonsa hän korjautti kuntoon, perusti siihen pienen puutarhan ja asettui oikein mukavasti. Nikun yksinkertainen patriarkaalinen elämä ja talouskomento siirtyi nyt Lammille. Punaiseksi maalatussa päärakennuksessa Lönnrot asui itse perheineen ja palvelijoineen, ja pihalla oli toinen pienempi rakennus vieraita varten. — Päärakennuksen eteisestä oikealle oli suuri tupa, jossa palvelijat häärivät askareissaan. Sinne Lönnrot usein itsekkin tuli juttelemaan väkensä kanssa kuin isäntämies konsanaan. Sunnuntaisin hän luki tuvassa väelle saarnan ja soitteli kanteleella virsiä. Palvelijoille tilattiin oma sanomalehti ja kansantajuisia kirjoja. Tuvan suuren seinäkellon tuli käydä puolituntia edellä, sillä "illan virkku, aamun torkku, se tapa talon hävittää" arveli Lönnrot. — Vasemmalle eteisestä oli perheen ruokasali ja sen takana avara ja valoisa sali, jota kasvit, maalaukset, rintakuvat, piano, kirjahyllyt, sohvat ja tuolit kaunistivat. Uunin reunuksella istui tavallisesti Lönnrotin suuri, valkea ja arvonsa tunteva lemmikkikissa. Salin taakse rakennettiin myöhemmin lisäksi pari pientä kammaria. Eteisestä suoraan olivat Lönnrotin omat huoneet, joissa vallitsi yksinkertaisuus ja hyvä järjestys. Seiniä koristivat suuret kirjahyllyt ja kartat; Runebergin kuva, Porthanin kuvapatsaan jäljennös ja Kajaanista tuotu kantele olivat arvokkaita kaunistuksia. Makuuhuone oli yksinkertainen, sillä Lönnrot makasi tavallisesti sohvalla ja vasta viime vuosinaan hankki itselleen rautasängyn. Usein hän itse sekä teki että korjasi vuoteensa, parsi sukkansa ja pesi nenäliinansa. Kirjoituspulpettinsa hän laittoi mahdollisimman mukavaksi, sillä hän etsi aina itselleen mukavinta työasentoa. Niinpä hän keksi erityisen kirjoituslaudankin, jonka avulla voi kirjoittaa pitkällään. Usein hän kirjoitti seisoalta, kun ei sietänyt istua. Pöydällä oli aina valmiiksi teroitettuna kymmenittäin lyijykyniä. Toisen soman laitoksen avulla hän voi yöllä tulta ottamatta käsin tunnustella, paljonko seinäkello oli. Ankarana tupakkamiehenä hän lisäksi laati erityisen kojeen, joka kannatti kirjoittaessa hänen piippuansa, ja toisen kojeen, jonka avulla sai mukavasti tupakkamassin vastakkaiselta seinältä kulkemaan luokseen sänkyyn, tarvitsematta siitä nousta. Sukunsa kätevyys oli hänessä käynyt perintönä. Lompakkonsa hän valmisti itse paksusta paperista, sitoi kirjoja, joskus suutaroikin j.n.e., puhumattakaan vanhasta räätälintaidosta.
Nikulla ja Lammilla valmistuivat verkalleen Sanakirja ja Loitsurunot ahkeran työn tuloksena. Kuitenkaan Lönnrot ei viettänyt kaikkea aikaansa Sammatissa, vaan asui talvet 1870-luvulla tavallisesti Helsingissä, missä nuorimmat tyttäret kävivät suomalaista tyttökoulua. Vanhemmat tyttäret kävivät Jyväskylän seminaaria. Helsingissäkin ukko istui kuin kontio pesässään käymättä huvituksissa ja puuttumatta ajan kiivaihin puolueriitoihin. Hän rakasti kaikessa malttia ja sävyisyyttä. Kun Ahlqvist "Kielettäressään" ylen ankarasti ja jyrkästi arvosteli suomalaisia kirjailijoita, kehoitti Lönnrot v. 1871 häntä olemaan hellävaraisempi vast'alkavia kynäniekkoja kohtaan, koska "lisäksi on rikkaki rokassa ja hämähäkki taikinassa". Ja juurikuin kaukaisena maininkina kuuluivat ukon työkammioon puolueriitojeu laineet. Esim. Granlundille hän kirjoittaa joulukuussa 1874 Helsingistä: "Täällä ollaan ja eletään tavallisessa melussa, ruotsin- ja suomikiihkoset harkkailevat toisiansa, eikä kaikki suomikiihkosetkaan vedä yhtä köyttä, sittenkun Ahlqvist on erottanut ne kahteen eri leiriin: altfennomanien ja jungfennomanien." Missä sovittajaa ja välittäjää tarvittiin, siellä Lönnrot rauhan miehenä oli valmis astumaan väliin. Suomalaisuuden edistys kuitenkin oli hänelle aina kallis, ja vielä v. 1880 hän kirjoituksillaan pakoitti metsähallituksen käyttämään suomea suomalaisia asianosaisia koskevissa virkatalo-asioissa. Ja v. 1882 hän kirjeessään lehtori Borgille lausuu ilmi ilonsa siitä, että suomalainen puolue yliopiston konsistorissa oli vahvasti kasvamassa.
Vaikka hän itse omasta puolestaan ei koskaan astunut julkisuuteen, täytyi hänen tuon tuostakin tulla esille piilostaan. Niinpä hän yhdessä Snellmanin kanssa oli juhlavieras, kun ylioppilaat syksyllä 1872 panivat toimeen ylioppilasjuhlan muistoksi siitä, että kolme suurmiestämme 50 vuotta aikaisemmin oli tullut ylioppilaiksi. Juhla oli innostuttava, mutta Lönnrot lienee arvellut, että koko kunnia kuului Snellmanille, joka oli saanut niin paljon vainoa kärsiä, kun hän itse sitä vastoin aina oli saanut tehdä työtä rauhassa. Mainittakoon ohimennen, että Lönnrot sepitti suomenkielisen juhlarunon ylioppilastalon vihkiäisiin syksyllä 1870. Vuoden 1876 kirkolliskokouksessa Lönnrot oli maallikkojäsenenä. — Harvinainen juhlallisuus oli hänelle, kun hänet 1877-vuoden promotsionissa vihittiin maisteriksi ja riemumaisteriksi samalla kertaa, saatuaan jo 1860 kunniatohtorin arvon, mikä häneltä 1840-luvulla oli pidätetty. Hauskuutena mainittakoon, että vanhus niin vähän huoli koko maisterinvihkiäisistä, että hänen täytyi Vareliukselta lainata valkoinen kaulaliina, ja lehtori Borg sai pukea hänen ylleen ritari- y.m. arvomerkit. Kunnon Lönnrot vähän välitti ulkonaisista arvomerkeistä. Niitä hänellä oli paljon — olipa m.m. preussilaisen "Pour-le-merite" ritarikunnan korkea ritariarvo, jonka vain harvat saavat. Koko ritarimerkkiensä komeutta hän kuuluu säilyttäneen sohvan alla tyhjässä sikarilaatikossa. Kun Borg 1882-vuoden juhlaa varten lähetti hänelle valkoisen kaulaliinan, näytteli Lönnrot sitä tuttavilleen ja sanoi: "Sellaiseksi narriksi Borg tahtoi minut saada." Ja saamastaan komeasta hopeaseppeleestä hän silloin arveli: "Mitähän ihmettä minä nyt tälläkään teen." Yleensä hän varsin vastahakoisesti antoi valokuvata tai maalata itseään ja sanoi rintakuvaansa epäjumalaksi. Helsingin kemut eivät ollenkaan häntä miellyttäneet. Hupaisena muistelona sellaisista jutellaan, kuinka Lönnrot kerran, yrittäessään ruokapöydän ääreen, joutui pöytää piirittävien naisten laahusten keskeen uskaltamatta edes tai taas. Vihdoin hän tuskastuneena arveli ääneensä, että jopa hän johonkin oli joutunut, yritit minneppäin hyvänsä, niin joka taholla oli vaarassa astua naisten pitkille laahuksille. Arvaa sen että ukko heti sai tilaa.