Mutta lukiolaisena olo ei kestänyt kauan. Lönnrot näki eväidensä hupenevan päivä päivältä; hänen täytyi keksiä jokin muu eteenpäin pääsemisen keino. Tällä kertaa onni olikin suopeampi. Hämeenlinnan apteekkari L.J. Bjugg näet tarvitsi oppilasta apteekkiinsa ja tiedusteli kymnaasin rehtorilta, eikö lukiolaisten joukossa olisi halukasta tulijaa. Vähävarainen Lönnrot olikin heti valmis luopumaan lukion penkiltä, ja jo 9 p. huhtik. 1820 hän lähti kymnaasista uuteen toimeensa.
Hämeenlinnan apteekissa nuorella Lönnrotilla oli aluksi paljon työtä, sillä ala oli hänelle aivan outo, ja musikaalinen proviisori antoi enimmät tehtävät uuden oppilaan huostaan. Kuitenkin tämä kohta perehtyi uuteenkin ammattiinsa ja jatkoi sen ohella opinnoitansakin. Öisin ja lomahetkin hän opiskeli latinaa, kreikkaa, algebraa ja kasvioppia, lukipa koko Sjögrenin paksun latinalais-ruotsalaisen sanakirjankin ulkomuistiin. Tehden tuttavuutta Hämeenlinnan koulupoikien kanssa hän luki yhdessä heidän rinnallaan ja m.m. kirjoitti Dahlin kreikkalaiseen lukemistoon käännöksen, joka kauan aikaa pysyi koululaisten hyvänä apuneuvona. Pysyäkseen öisin valveilla hän kuuluu sitoneen nuoralla jalkansa siten, että jalkaa rupesi puristamaan, jos sen omistaja sattui nukahtamaan. Myös jalkaan kiinnitetyllä tiukukellolla hän lienee pitänyt itseään hereillä. Lönnrot ei lukenut ainoasti koulukirjoja, vaan myös aikansa niukkaa suomalaista kirjallisuutta, Reinhold v. Beckerin etevästi toimittamia "Turun Viikko-Sanomia" ja J. Juteinin herättäviä lauluja ja kirjoituksia, jotka jo tällöin virittivät hänessä harrastusta Suomen kansan muinaisuuden ja kielen tutkimiseen ja tuntemiseen.
Sanoma näin monipuolisesta rohtojen tekijästä ehti koulurehtori Henrik Långströmin kuuluville, joka itsekkin oli Karjalohjalta kotoisin. Hän huomasi Lönnrotin lahjat ja ryhtyi häntä opettamaan yksityisesti tunnin viikossa. Siten Lönnrotin opinnot saivat varman johdon, jota vailla ne, hajanaisina ja omavaraisina ollen, tuskin olisivat vieneet toivotuille perille. Näin kului Lönnrotin aika rohtojen teossa ja opinnoissa, kunnes sattuma tuli hänelle avuksi. Eräänä päivänä näet piirilääkäri Eerik Juhana Sabelli, apteekkarin lanko ja talon yläkerran asuja, piloillaan alkoi puhutella apteekin oppilaita latinaksi. Muiden oppilasten vastaukset olivat kehnoja, mutta Lönnrot puhui latinaa niin sulavasti, että ystävällisen piirilääkärin huomio heti kiintyi tähän kyvykkääsen nuorukaiseen. Yhdessä Långströmin kanssa hän ryhtyi pitämään huolta Lönnrotin opinnoista, jotka nyt vihdoin rohkenivat tähdätä yliopistoa kohti. Lönnrot oli sitoutunut olemaan Bjuggilla kuusi vuotta, mutta Sabelli ja Långström välittivät hänet vapaaksi apteekista, ja kesän v. 1822 Lönnrot vietti kotonaan lukemalla etupäässä Homerosta ja Virgiliusta ylioppilastutkintoon valmistuaksensa. Rehtori Långström antoi hänelle sitten syksyllä päästötodistuksen yliopistoon. Sabelli auttoi rahalainalla, ja eräs tuttava kauppapalvelija Juhana Vilhelm Lucander antoi hänelle matkarahoiksi 40 riksiä sanoen: "Ei sinun tarvitse pelätä että niinä karhuan, maksa milloin voit." Ja tietysti Lönnrot myöhemmin tunnollisesti suorittikin nämä lukuvelat. — Näin evästettynä Lönnrot vihdoin lähti toivojensa päämaalia yliopistoa kohti, suoritti Turussa ylioppilastutkinnon ja lokakuun 10 p. 1822 piirsi nimensä yliopiston nimikirjaan, mihin Runeberg oli kirjoittanut nimensä saman kuun 3:tena ja Snellman 5:tenä päivänä. — Kolme köyhää nuorukaista siinä yht'aikaa pyrki tieteen kotiin, ja nämä kolme ne sitten kohosivat kansansa henkisiksi pylväiksi. Kaitselmuksen ohjaus siinäkin oli näkyvissä.
* * * * *
Elias Lönnrot oli siis vihdoin, terästettyään tarmoansa puutteen, kokemuksen ja ahkeran työn kovassa koulussa, päässyt tiedon lähteille, jonne hänen janoova henkensä oli jo lapsesta saakka hartaasti halannut. Hän oli nyt ylioppilas, mitä hän joku vuosi sitten tuskin oli uskaltanut unelmoidakaan. Tieteen avara maailma oli hänelle avoinna. Mutta yhäti sattui esteitä hänen tielleen. Kun Lönnrot hyvänä uusmaalaisena pyrki jäseneksi uusmaalaiseen ylioppilasosakuntaan — siihen osakuntaan, joka nykyään viettää vuosijuhlansa hänen syntymäpäivänään ja Agricolan kuolinpäivänä — niin eräs vanhempi pikkusieluinen uusmaalainen, päälle päätteeksi teologi, vastusteli Lönnrotin jäseneksi ottamista, koska muka "kansakunnalle" — kuten osakuntia siihen aikaan kutsuttiin — olisi alentavaa ottaa jäseneksi henkilöä, joka aikoinaan oli ollut toisen kansakunnan juoksupoikana. Silloin osakunnan arvoisa inspehtori, professori Törngren, huomautti osakunnalle, kuinka halpoja nekin toimet olivat olleet, joita pyhät apostolit aikoinaan olivat harjoittaneet. Vastustelija sai pitkän nenän, ja Lönnrot otettiin muitta mutkitta osakunnan yhteyteen.
Mutta pahempiakin vastuksia oli nuorella ylioppilaalla edessä. Varattomana hänen täytyi kohta ajatella jotakin toimeentulon keinoa, joka samalla sallisi opintojen jatkamisen. Tavallisin keino siihen aikaan oli kotiopettajan työläs toimi, ja siihen Lönnrotkin pyrki turvautumaan. Sama oli Runebergin ja Snellmaninkin laita. Osakunnan inspehtori oli tällaisessa asiassa paras välittäjä, ja niinpä Lönnrot, huolehtien toimeentulostansa, kääntyi vasta mainitun professori Törngrenin puoleen. Juhana Agapetus Törngren oli etevä kirurgi, lääketieteen professori, hienosti sivistynyt ja suuressa arvossa pidetty mies. Hän aluksi joutui hieman ymmälle nuoren ylioppilaan pyynnöstä, sillä Lönnrotin ylioppilastutkinnossa saavuttamat arvosanat eivät olleet juuri loistavia, mikä tietysti oli ollut luonnollinen seuraus usein keskeytyneistä ja hajanaisista luvuista. Siihen aikaan näet pantiin korkeihin arvolauseihin suuri arvo, eikä inspehtori itsekkään ollut aivan etuluuloton siinä suhteessa. Sentähden Lönnrotin pyyntö saada inspehtorin välityksellä kotiopettajan paikka aluksi tuntui Törngrenistä vaikealta täyttää. Mutta nuoren ylioppilaan suora ja avonainen olemus sekä rehellinen pyrkimys kohta voitti inspehtorin epäilykset; hän toimitti Lönnrotin kesällä 1823 kotiopettajaksi Euraan ja myöhemmin samana vuonna otti hänet omaan kotiinsa samanlaiseen toimeen.
Se oli nuorelle ylioppilaalle vihdoin onnen päivä-paistetta pitkällisten kieltäymysten jälkeen. Hän joutui nyt koko ylioppilasajaksensa varakkaan, sivistyneen ja kunnioitetun perheen yhteyteen, mikä seikka tietysti oli erittäin suuriarvoinen hänen vastaiselle kehitykselleen. Siihen saakka häntä kohtaan oikullinen onnetar hymyili vihdoin suloisesti kovia kokeneelle nuorukaisparalle. Ainakin leipähuolet olivat vihdoin lopussa.
Professori Törngren oli v. 1817 ostanut kuuluisan Kurki-suvun vanhan sukukartanon, Vesilahden Laukon, ja perhe vietti kesälomat, ehkäpä joulutkin rauhallisessa Laukossa. Törngrenin rouva Eeva Agata, Laitilan kirkkoherran Helsingbergin tytär, oli toimelias ja kelpo nainen, joka piti taloudessaan hyvää komentoa. Sivistynyt ja kaikkea hyvää harrastava hän oli kuten miehensäkin, joskin toisinaan kuuluu olleen hieman kiivas ja oikullinen, mihin alituisesta päänkivusta johtunut hermostuminen lienee ollut syynä. Perheen muut jäsenet olivat 11-vuotias poika Juhana, 9-vuotias tytär Eeva ja holhokki, rouvan sukulainen orpopoika Kaarle Vilhelm.
Se oli juuri tämä 6-vuotias orpo Kaarle Vilhelm, joka tuli Törngrenin perheessä nuoren Lönnrotin ainoaksi oppilaaksi. Myöhemmin hän Kaarle Vilhelm Törnegrenin nimellä tuli tunnetuksi kyvykkäänä yliopiston opettajana ja kirjallisesti sivistyneenä miehenä.
Hänen kasvatuksensa oli kokonaan laiminlyöty, niin ettei hän vielä edes osannut selvästi lukea sisältä — seikka, joka siihen aikaan oli jotenkin tavatonta herrassäädyn lapsiin nähden. Professori Törngreniä rupesi pojan kasvatus huolettamaan, ja niinpä hän otti Lönnrotin pienen Kaarle Vilhelmin opettajaksi.