Kesästä kesään jatkui risteilyä, kaappauksia, vartiopalvelusta. Mitään ratkaisevaa ei merellä tapahtunut. Näytti kuin Ruotsin ja Venäjän laivastot olisivat tahallaan sellaista välttäneet. Tanskakin oli uudelleen liittynyt Ruotsin vihollisiin ja sen laivaston kanssa sattui silloin tällöin huomattavia yhteenottoja, jotka tavallisimmin päättyivät Ruotsin laivaston tappioon. Miltei ainoana valokohtana Tanskaa vastaan käydyssä merisodassa oli eräs pienehkö meritaistelu Etelä-Ruotsin rannikolla, jossa Rajalin sai tilaisuuden osoittaa itsenäistä päällikönkuntoa.
Kapteeniksi tultuaan hän oli komentanut "Werden"-nimistä fregattia, jossa oli 52 kanuunaa ja 320 miestä. Ollessaan yksin risteilemässä Blekingen rannikolla, Karlskronan lähivesillä hänet yllätti Hanön-saaren luona tanskalainen laivasto-osasto, johon kuului kaksi linjalaivaa ja kolme fregattia. Mainittua saarta kiertäessään hän joutui miltei vihollisten syliin. Taistelu kävi välttämättömäksi. Mutta niin tyynenä Rajalin seisoi komentosillallaan ja niin varmoina kajahtelivat hänen käskynsä, että hämmingin valtaan joutunut miehistö sai uutta ryhtiä ja täytti yhtenä miehenä tehtävänsä. Nähtiin pian, mihin kuntoon entinen suomalainen maalaispoika oli laivansa saattanut. Se totteli komentajaansa kuin hyvin koulittu virma juoksija ohjaajaansa. Nopeilla liikkeillään ja äkkikäännöksillään "Werden" esti vihollisia yhtaikaa kimppuunsa käymästä, jota vastoin se itse vuoron perään iski milloin mihinkin viholliseensa. Se liikahti kuin notkea pantteri kömpelön susilauman keskellä. Kun se oli saanut ammutuksi laidallisen kahta fregattia kohti ja pitkin kantta, ne tulivat kykenemättömiksi jatkamaan taistelua ja lähtivät kiireesti pakoon. Jäljellä olevat eivät voineet estää "Werdeniä" perääntymästä Karlskronan turviin.
Tästä urotyöstään Rajalin sai ansaitun tunnustuksen ja hänet ylennettiin kommodoriksi, mikä vastasi everstin arvoa maaväessä. Hän sai nyt komennettavakseen linjalaiva "Ulrika Eleonoran", jossa oli kokonaista kahdeksankymmentäneljä kanuunaa.
— Enkös minä ole alunperin sanonut, että amiraalina hän vielä uransa päättää! virkkoi tyytyväisenä vanha Hallongren, joka vävynsä kunniaksi pani toimeen pidot ystäväpiirilleen.
Loppui vihdoin tuo pitkällinen sota, joka lopulta oli tuottanut vähän kunniaa ja vaivuttanut valtakunnan syvän nääntymyksen tilaan. Ennen niin uljaasta laivastostakaan ei ollut kuin rippeet jäljellä. Sitä enemmän tarjoutui nyt Rajalinin kaltaiselle miehelle toimintamahdollisuuksia kauppalaivaston ja yleensä merenkulun elvyttämisessä ja kohentamisessa. Seuraavat vuodet kuluivatkin yhtämittaisessa rauhallisessa työskentelyssä rakkaan meriammatin hyväksi. Opintojaan hän oli kaiken aikaa käytännöllisen työn ohella jatkanut ja niiden sekä suuren kokemuksensa pohjalla hän julkaisi kaksi tutkielmaa, toisen purjehdustaidosta ja toisen laivanrakentamisesta. Valtio palkitsi kummankin kirjoituksen ja hänestä tehtiin ekipaasimestari.
Hän oli jäänyt leskeksi rakkaasta Botillastaan, vuosien taakka alkoi painaa hartioita ja tukka hopeoitui. Mutta lepoon ei hänen sallittu vielä siirtyä. Ilmassa alkoi tuntua jälleen sodankäryä. Häikäilemätön hattupuolue lietsoi uutta sotaa Venäjää vastaan. Laivaston piti olla valmiina ja lähteä merelle jo ennen sodan julistusta. Mutta kuka laivaston komentajaksi? Ansiokkain, kunnollisin ja kokenein mies laivastossa oli Tuomas Rajalin ja häneen kiintyivät kaikkien katseet. Mutta kävikö laatuun asettaa miestä, joka oli aivan tuntematonta alkuperää, käskijäksi upseereille, joiden useimpien nimet päättyivät kenen -hjelmiin, kenen -stjernaan, kenen taas johonkin muuhun komealta kuulostavaan sanaan? Mutta ansiot, ansiot, niitähän ei kukaan voinut kieltää Rajalinilta. Ja oliko niitä muistettu ja palkittu? No, nyt se tehtiin, ja kun amiraaliksi ylennetystä Rajalinista samalla tuli von Rajalin, ei aatelisten meriupseerien tarvinnut nähdä aatelitonta miestä ylikomentajanaan.
Vanhan "Ulrika Eleonoran" hän valitsi amiraalinlaivakseen. Sen suurmastoon kohosi toukokuun 11. päivänä 1741 merkkilippu ja samoin kuin neljä vuosikymmentä sitten oli nytkin Karlskronan satama tulvillaan kaupunkilaisia, jotka hurrasivat ja huiskuttivat liinojaan poistuvalle laivastolle. Se oli vanhan merisankarin viimeinen retki. Murheita ja vastoinkäymisiä se oli tulvillaan, kuten koko onneton hattujen sota. Rajalin aavisti sen jo lähtiessään, sillä kaikki varustelut olivat tuiki puutteelliset ja hänelle annetut toimintaohjeet ahtaat ja typerät. Niiden mukaan tuli laivaston pysyä ankkurissa Perkel-saaren luona Haminan edustalla, odottaa siinä sodan julistusta ja pitää silmällä Venäjän laivaston toimia. Ankkuripaikka oli mitä sopimattomin, kun muun muassa juomavesi oli haettava monien peninkulmien päästä. Tukholman neuvosherrat eivät kuitenkaan suostuneet paikan muutokseen. Kaikki toimenpiteet olivat takaperoisia kuten aina, milloin monta päätä on hallitusta hoitamassa. Muonalähetykset laivastolle viivästyivät ja miehistö sai kärsiä puutetta. Laivoissa alkoivat riehua tuhoisat taudit. Kun Rajalin omalla vastuullaan teki purjehdusretken merelle virkistääkseen laivaston mielialaa, hän sai muistutuksen Tukholmasta. Taudit levisivät ja lopulta oli puolet laivaston miehistä sairaana. Joukkohautauksia toimitettiin joka päivä. Näin ollen ei laivasto kyennyt lähtemään liikkeelle, kun siihen sodan julistuksen jälkeen lopultakin tuli käsky.
Rajalin oli tehnyt rakkaan laivastonsa hyväksi kaiken mahdollisen. Ikä ja vastoinkäymiset murtivat hänen vahvat, meren karaisemat voimansa. Kun laivastoon saapui tieto onnettomasti päättyneestä Lappeenrannan taistelusta, se koski häneen niin, että hänen oli laskeuduttava sairasvuoteelle "Ulrika Eleonoran" kajuutassa. Pian sen jälkeen amiraalinlaivan puolitankoon vedetty lippu ilmoitti, että vanhan amiraalin elämänjuoksu oli päättynyt.
Kaksi poikaa oli Botilla lahjoittanut miehelleen ja nämä palvelivat jo molemmat luutnantteina laivastossa. He saattoivat nyt isänsä ruumiin takaisin Karlskronaan, jossa se suurin juhlallisuuksin haudattiin.
Molemmat nämä pojat kohosivat aikoinaan nopeasti arvoasteissa. Nuoremmasta, josta myöskin tuli amiraali, tehtiin lisäksi vapaaherra. Hänenkin poikansa kohosi amiraaliksi ja saavutti Ranskan merisodassa suurta mainetta.