Efesoksesta purjehti Alkidas kiiruumman kautta ikäänkuin paeten. Hänet olivat huomanneet Salaminia ja Paralos laivat hänen ankkurissa ollessaan Klaroksen edustalla, kun ne sattuivat tulemaan Ateenasta. Peläten että häntä ajettaisiin takaa, purjehti hän aavalle merelle päättäen, ettei hän vapaaehtoisesti poikkeaisi mihinkään satamaan, ennenkuin Peloponneesoksessa. Pakeelle ja Ateenalaisille tuli sanoma tästä sekä Erytraiasta että muualtakin. Koska Joonia oli linnoituksia vailla, syntyi suuri pelko, että Peloponneesolaiset, jos kohtakaan eivät aikoisi viipyä siellä, purjehtiessansa hyökkäisivät hävittämään kaupunkeja. Paralos ja Salaminia ilmoittivat itse nähneensä laivat lähellä Klarosta. Pakees lähti heti ajamaan heitä takaa ja seurasi heitä Patmos-saarelle asti. Kun hän ei ollut saavuttanut vihollisia merellä, oli hän hyvillään, ettei ollut tarvinnut leiriytyä, vartioidaksensa ja saartaaksensa heitä.
Purjehtiessaan takaisin poikkesi hän Notion nimiseen Kolofoonilaiseen kaupunkiin, jossa Kolofoonilaiset silloin asuivat, sittenkun ylempänä sijaitsevan kaupungin olivat vallottaneet Itamanes ja barbarit, jotka yksityiset kansalaiset kapinan syttyessä olivat kutsuneet kaupunkiin. Tämä valloitus tapahtui melkein Peloponneesolaisten toisen kerran hyökätessä Attikaan. Pakolaiset, jotka olivat asettuneet Notioniin, joutuivat taasen keskenänsä riitaan. Osa näistä sai avuksensa Arkadialaisia ja barbareja, joilla he miehittivät linnan, ja niihin yhtyivät Kolofoonilaisten yläkaupungista tulleet Meedialais-ystävät, pitäen hallituksen käsissään. Toiset taas pakenivat salaa ja anoivat Pakeelta apua. Tämä pyysi linnassa olevien Arkadialaisten päällikön, Hippiaan, puheellensa luvaten viedä hänet elävänä ja vahingoittumattomana takaisin linnaan, jos hänen ehdotuksensa ei olisi Hippiaan mieleen. Linnan päällikkö menikin hänen luoksensa; mutta Pakees pidätti hänet, häntä kuitenkaan kahlehtimatta. Sitten hyökkäsi hän äkkiarvaamatta linnaa vastaan, valloitti sen ja surmautti kaikki siellä olevat Arkadialaiset ja barbarit. Hippiaan vietti hän lupauksensa mukaan linnaan, otatti hänet kiinni, hänen astuttuansa sisään, ja ammutti hänet nuolilla kuoliaaksi. Notionin jätti hän sitten niille Kolofoonilaisille, jotka eivät olleet Meedialais-ystäviä. Myöhemmin lähettivät Ateenalaiset Notioniin siirtolaisia ja antoivat sille oman heidän lakiensa mukaisen hallitusmuodon, kooten sinne kaikki muissa kaupungeissa asuvat Kolofoonilaiset.
Palattuansa Mytileeneeseen, valloitti Pakees Pyrran ja Eresoksen. Hän otti kiinni Lakedaimonilaisen Salaitoksen, joka piileili kaupungissa, ja lähetti Ateenaan hänet ja Tenedoksessa vankeudessa olevat Mytileeneeläiset niinkuin myöskin kaikki ne, jotka hänestä näyttivät olevan kapinaan syypäät. Hän lähetti pois suurimman osan sotaväkeänsä. Itse jäi hän, luonansa pieni osa sotaväkeä, Mytileeneeseen, järjestäen asiat siellä ja koko Lesboksessa, kuten hänestä näkyi soveliaalta.
Kun Salaitos ja toiset vangit olivat saapuneet Ateenaan, mestattiin Salaitos, vaikka kohta hän muun muassa lupasi poistaa Peloponneesolaiset Plataiasta, jota he yhä vielä piirittivät. Toisista vangeista pitivät he neuvottelua, jolloin he vihoissansa eivät ainoastaan päättäneet surmata vallassaan olevia vankeja, vaan myös tappaa kaikki täysi-ikäiset Mytileeneeläiset ja tehdä lapset ja vaimot orjiksi. Ateenalaiset julmistuivat sitä suuremmin heidän luopumisestansa, koska Mytileeneeläisiä ei milloinkaan oltu kohdeltu alamaisina, ja Peloponneesolaiset laivat kiihdyttivät heitä vielä enemmän, nämät kun olivat rohjenneet tulla Joonialaisille avuksi. Tästä päättivät he, että kapinaa jo kauan oli haudottu. Sentähden lähetettiin kolmisoutulaiva Pakeen luokse ilmoittamaan päätöksestä, että hän heti surmauttaisi Mytileeneeläiset. Mutta jo seuraavana päivänä katuivat he päätöstänsä, koska nyt pitivät raakana ja julmana hävittää koko kaupungin, jottei kukaan syyllinen pääsisi rangaistuksesta. Kun Mytileeneeläiset lähettiläät ja heille suosiolliset Ateenalaiset huomasivat tämän, saattoivat he vallanpitäjät panemaan asian uuden keskustelun alaiseksi. Nämät myöntyivät siihen sitä mieluisammin, koska näkivät suurimman osan kaupunkilaisista haluavan päästä uudelleen tästä asiasta äänestämään. Kokoontuneen kansan edessä lausuttiin eri mielipiteitä. Muitten muassa esiintyi Kleaineteksen poika Kleoon, joka juuri oli saanut aikaan edellisen päätöksen Mytileeneeläisten surmaamisesta. Hän oli mitä väkivaltaisin kansalainen ja siihen aikaan kansan enin suosima mies. Hän esiintyi nyt uudestaan ja puhui seuraavasti:
"Usein ennen olen jo huomannut, että kansanvalta ei ole pätevä hallitsemaan muita valtioita, ja nyt se minulle käy vielä selvemmäksi teidän katuessanne Mytileeneeläisistä tekemäänne päätöstä. Sillä koska te jokapäiväisessä elämässänne keskenänne elätte pelotta ja vilpittä, luulette te olevanne samalla kannalla myöskin liittolaisiinne nähden. Jos te heidän sanojensa hellyttäminä tahi sääliväisyydestä teette jonkun varomattomuuden, niin ette huomaa, että siinä on vaara itsellenne, jotavastoin liittolaiset teitä tuskin kiittävät heikkoudestanne. Te unhotatte, että teidän herruutenne on täydellinen tyrannius vehkeilevien ja vastahakoisesti tottelevien henkilöiden hillitsemiseksi. He eivät suinkaan tottele teitä sentähden, että omaksi vahingoksenne osotatte heille ystävällisyyttä, vaan koska teillä on suurempi valta: he eivät tottele ystävyydestä, vaan pakosta. Vaarallisinta on kuitenkin, jos emme milloinkaan pysy päätöksissämme, niinkuin myös jos emme ymmärrä, että kaupunki, jolla on muuttumattomat, vaikkapa huonommatkin lait, on paremmasti hoidettu, kuin se, jolla on hyvät lait, joita ei noudateta, ja että tietämättömyys maltillisuuden yhteydessä on hyödyllisempi kuin taitavuus kurittomuuden yhteydessä. Taitamattomat henkilöt hoitavat useimmiten kaupungin asioita paremmin kuin taitavammat. Sillä jälkimmäiset katsovat itsensä lakeja viisaammiksi ja tyrkyttävät esiin omia mielipiteitään. Sen kautta saattavat he usein kaupungit perikatoon. Taitamattomat sitävastoin pitävät itseänsä lakeja tietämättömämpinä. He kylläkään eivät ole vallan päteviä moittimaan muitten puheita, mutta vaatimattomuutensa takia toimivat he usein oikein, kun eivät puhu vain kilpailun tähden. Täten on meidänkin puhuessamme tehtävä, eikä turhamaisen kilpailun tähden annettava teille neuvoja, jotka ovat ristiriidassa omantuntonne kanssa."
"Minä pysyn mielipiteessäni ja kummaksun, että Mytileeneeläisten juttu on otettu uudestaan pohdittavaksi, ja että täten aikaa kulutetaan selvästi syyllisten eduksi. Sillä loukatun viha syyllistä vastaan tylsistyy täten. Mutta jos rangaistus välittömästi seuraa rikosta, niin ne ovat täydellisessä sopusoinnussa keskenään".
"Olisipa hauskaa nähdä, ken minua vastaan voisi väittää, että Mytileeneeläisten väärinkäytökset olisivat meille hyödyllisiä, mutta että meidän menestyksemme tuottaisi haittaa liittolaisille. Nähtävästi koetetaan nyt viisastelemisella näyttää toteen, että päätöstä tässä asiassa ei ensinkään ole tehty, vaikka onkin tehty; tahi koetetaan voitonhimosta koristelemalla ja taitehikkaalla puheella pettää kuulijoita. Mutta valitettavasti suopi kaupunki muille palkinnot, saaden ainoastaan vaarat osakseen".
"Tähän te itse olette syypäät, te kun olette ottaneet tavaksenne katsella puheita, mutta kuunnella tekoja: te kun katselette tulevien tapahtumien mahdollisuutta puhujan silmillä, ja tapahtuneista päättäessänne luotatte enemmän kuuloonne kuin silmiinne, arvostellen niitä kauniitten puheitten mukaan. Helpoimmin petettyinä soman puheen kautta, mutta vastahakoisimpina noudattamaan tavallisen kokemuksen neuvoa, olette te ainiaan tavattomuuden orjia, mutta tavallisuuden halveksijoita, ja jokainen teistä on mielestänsä oiva puhuja, ja ainakin koettaa hän esiintyä vastaväittäjänä sille, joka on samaa mieltä, jottei hän näkyisi myöhemmin keksineen tuota aatetta. Olette kyllä valmiit jo edeltäkäsin ymmärtämään ja kiittämään puoleksi sanottua, mutta hitaat miettimään tämän seurauksia. Te niin sanoakseni hankitte toista maailmaa kuin sitä, missä elämme, mutta ette pätevästi päätä olevista oloista. Sanalla sanoen, te olette kuulon sulouden viehättäminä ja ikäänkuin sofistien narripelien katsojia ennemmin, kuin kaupungin eduista neuvottelevia miehiä".
"Koettaakseni vieroittaa teitä näistä tuumista, olen minä osottava, ettei mikään kaupunki ole teitä loukannut enemmän, kuin Mytileenee. Minä puolestani tahtoisin milten antaa anteeksi niille, jotka nousevat kapinaan joko tyytymättöminä teidän herruuteenne, tahi vihollisten pakottamina. Mutta Mytileeneeläiset asuvat saarella, joka on linnoitettu ja ainoastaan meren puolelta alttiina vihollisten hyökkäykselle, jolloin he kumminkin varsin helposti voivat puolustautua hyvästi varustetuilla laivoillansa. He elävät itsenäisinä omien lakiensa suojassa sekä teidän ylenmäärin kunnioittamina. Kun he kuitenkin näin ovat menetelleet, niin he ennemmin ovat hyökänneet, kuin kapinoineet meitä vastaan; sillä kapinaan nousevat ainoastaan ne, jotka ovat kärsineet kovaa kohtelua. Meidän katkerimpien vihollistemme avulla koettavat he saattaa meidät häviöön".
"Heidän menettelynsä on rikollisempi, kuin jos he omin voimin olisivat nousseet meitä vastaan. He eivät ole ottaneet oppia toisten onnettomuudesta, joita me jo olemme rangaisseet heidän kapinastansa, eikä heidän nykyinen asemansa ole heitä estänyt heittäytymästä vaaraan. Luottaen tulevaisuuteen ja asettaen toiveensa korkeammalle voimiansa, mutta alemmas vaatimuksiansa, ovat he antauneet sotaan, antaen voimalle suurempaa arvoa, kuin oikeudelle. Vaikka me emme ole heitä loukanneet, ovat he nousseet meitä vastaan, heti kun ovat luulleet olevansa meitä voimakkaampia. On tavallista, että kaupungit, jotka äkkiä ovat nousseet mahtavuuteen, joutuvat ylimielisiksi. Ylipäätään on odotettavissa oleva onni ihmisille vaarattomampi, kuin odottamaton. Helpompi on välttää onnettomuutta, kuin niin sanoakseni pysyä onnessaan".