Runojen päiväyksistäkin voi lukea, että ankaran iskun synnyttämä masennus vähitellen katosi ja Krohn taas miehekkäästi tarttui työhön. "Pää pystyyn!" on sydämen syvyydestä noussut huuto, ilman teennäisyyttä ja tavoiteltua asennetta. Kesällä vuonna 1876 saadun kylpylaitoshoidon jälkeen oli työkyky taas niin hyvä kuin suinkin saattoi toivoa. Syyskuun 10 päivänä samana vuonna Krohn meni naimisiin Maria Vilhelmina Lindroosin kanssa, joka oli hänen työtoverinsa suomalaisessa tyttökoulussa.
Jo marraskuun 12 p. 1875 oli Krohn nimitetty Gottlundin jälkeen suomenkielen lehtoriksi yliopistoon. Tuloja ei tämä nimitys vakinaiseen virkaan sanottavasti lisännyt, mutta uusi toimi antoi enemmän tilaisuutta kirjalliseen työhön. Saadakseen keskittää entistä enemmän huomiotaan suomalaisen kirjallisuuden historian tutkimiseen Krohn jätti pois sivutoimia ja korvasi täten johtuneen tulojen pienennyksen supistamalla sopivasti menojaan.
Vieläkään ei Krohn kuitenkaan saanut kokonaan antautua siihen tutkimustyöhön, joka aina oli ollut hänen elämänsä pääharrastuksena. Virsikirjakomitean jäsenenä ja puheenjohtajana v. 1876-1880 hän sai suorittaa vaikean ja voimia kysyvän työn. Päiväjärjestystään kesällä 1878 Kangasalan Vääksyssä, virsikirjakomitean ollessa ensi kertaa koolla, Krohn kuvaa seuraavasti: "Päivätyön aloitan kello 7 aamulla ja työskentelen kello 12:een tahi 1:een; iltapäivällä kello 4-7, joskus 8:aan. Voidakseni sen ohessa tehdä omiakin töitäni, joista en voinut täysin vapautua, täytyy minun nousta 1/2 6 ja toisinaan työskennellä illallisen jälkeenkin. Päivällä teemme lyhyemmän, illalla noin kello 7 tahi 8 pitemmän kävelymatkan notkistaaksemme paljosta istumisesta kangistuneita jäseniämme. Pieni päivällisuni on välttämätön. Kaikki käy kuin kellokoneisto. — — — Tästä paljosta työstä huolimatta olen terve ja iloinen, ja tulen olemaan sitä vielä enemmän, kun, kuten joku päivä sitten, voin työskennellä ulkona."[67]
Suurin rasitus ei kuitenkaan johtunut työpäivien pituudelta, vaan siitä, että Krohn oli komitean ainoa runoilija. Hänen osakseen siis tuli vaivaloinen ja aikaa vievä runomuodon antaminen virsille. Hän itse sanoo: "Ahkeruudestamme huolimatta edistyy työmme vain hitaasti. Siihen vaikuttaa suuresti se, että meistä viidestä vain yhdellä paitsi minua on runollisia taipumuksia ja hänkin on valitettavasti jo 75-vuotias. Kolme muuta ovat aivan välttämättömiä vanhan virsikirjan ja tehtyjen muutosten arvostelemisessa sekä vahtimassa ett'ei sisältöön epähuomiossa tule vääriä tahi helposti väärinkäsitettäviä lauseita; mutta he eivät kykene kirjoittamaan ainoatakaan säettä."[67] Puhuessaan Krohnin osuudesta virsikirjan valmistuksessa lausui Yrjö-Koskinen: "Yritys olisi ollut mahdoton, ell'ei Krohnilla itsellään olisi ollut niin syvä uskonnollinen mieli ja sen ohessa se sielun nöyryys, joka ei milloinkaan loukkautunut muiden muistutuksista."[68] Työn raskautta lisäsi vielä sekin, että se oli joutuva koko kansan arvostelujen alaiseksi eikä ruti vanhoillisilta piireiltä ollut odotettavissa mitään suopeutta. Krohn itse lausui työn lähestyessä loppuaan. "Tuntien sen sokean konservatismin, joka vallitsee monissa määräävissä piireissä, en kovin ihmettelisi, jos ainakin aluksi kaikki tulisi hylätyksi."[69]
lopputulokseksi tuli, että se virsikirjakomitea, jossa Krohn oli niin tärkeänä tekijänä, lopultakin antoi Suomen Seurakunnille kauan kaivatun uuden virsikirjan. Suomen toinen yleinen kirkolliskokous v. 1886 hyväksyi pienin muutoksin komitean virsikirjaehdotuksen. Tehdyistä muutoksista lausui Krohn: "Ihmeellistä (kuriös) on, että nuo muutokset, jotka enimmäkseen eivät ole kovinkaan suuria, ovat voineet yhdellä kertaa tehdä yleisesti hylätystä teoksesta kelvollisen."[70]
Virsikirjatyön yhteydessä valmisti Krohn Kansanvalistusseuran julkaisuihin noin sadan sivun laajuisen teoksen "Suomalaisen virsikirjan historia", joka ilmestyi v. 1880. Tämä alkujaan pikku sivutyöksi suunniteltu tehtävä vei Krohnilta paljon aikaa, sillä tapansa mukaan hän tutki aineensa perusteellisesti. Tulos olikin sen mukainen.[71]
Vasta virsikirjatyön päätyttyä, jolloin myös monen vuoden aikana kirjoitetut ja itsenäisiksi tutkimuksiksi muuttuneet kertomukset Suomen historiasta oli saatu loppuun saatetuiksi, saattoi Krohn keskittää koko huomionsa varsinaiseen tutkimusalaansa. Tällä hän nyt saavuttikin suurimman tieteellisen voittonsa sovittamalla kansanrunouden tutkimukseen keksimänsä tutkimustavan, joka vieläkin on käytännössä suomalaisen metodin nimellä. Ilman vastaväitteitä hän ei saanut tuloksiaan tunnustetuiksi ja suuren Kalevala teoksensa valmistuttua v. 1885 hän tiesikin, että oli odotettavissa polemiikki, joka saattoi käydä ikäväksikin. Mutta hän oli varma asiastaan. Kun hänen äitinsä oli huolestunut nähtyään sanomalehdistä, että Ahlqvist tulisi teoksessaan "Kalevalan karjalaisuus" todistamaan vääräksi Krohnin teorian Kalevalan alkuperästä, kirjoitti Krohn vanhemmilleen: "Ei se niin muitta mutkitta käy; siihen tarvitaan enemmän kuin vain kehuskeleva ennakkoilmoitus. Se seikka vain tekee minut kokonaan Tuomaaksi, että hän ei ollenkaan tunne toisintoja, joita ilman ei mikään tieteellinen Kalevalatutkimus ole mahdollinen. Joka tapauksessa olen hyvin iloinen tuosta teoksesta, sillä sen kautta kiintyy huomio kysymykseen ja totuus tulee varmasti selvemmin ilmi, olkoonpa se missä tahansa." [72]
Hyvin ansaittu tunnustus Krohnin työstä oli, että hänet v. 1885 nimitettiin Suomen kielen ja kirjallisuuden ylimääräiseksi professoriksi. Jo vuonna 1881 oli Suomalaisen Kirjallisuuden Seura palkinnut hänen Kalevala-tutkimuksensa alkuosan, kaunotieteellisen katsauksen Kalevalaan. Tämän teoksensa osan arvostelua odotti Krohn hieman jännittyneenä, sillä hän ei aikaisemmin ollut liikkunut estetiikan alalla. Sitä suurempi oli hänen ilonsa, kun niin pätevä palkintolautakunnan jäsen kuin professori J.F. Perander hänelle lausui, ett'ei teos antanut aihetta mihinkään mainittavampiin muistutuksiin. Vain todella ansaittu palkinto saattoi ilahduttaa Krohnia.
Suurempien tieteellisten töitten lomassa syntynyt teos on Krohnin "Suomen suku", joka ilmestyi v. 1887. Tästä aineesta oli Krohn edellisenä keväänä Helsingin työväenyhdistyksen toimesta pitänyt kansantajuisia luentoja.
Luennoitsijana Krohn oli suosittu. Yksinkertaisemmatkin kuulijat seurasivat mielellään hänen selvää ja asiallista, mutta samalla vilkasta ja usein leikillistä esitystään. Yliopistossa hänellä tavallisesti oli runsaasti kuulijoita. Samoin oli hänen opetuksensa kouluissa mielenkiintoista ja mukaansatempaavaa. Näinollen on luonnollista, että häntä myös usein pyydettiin juhlapuhujaksi. Hänen puheissaan oli välitöntä innostusta ja hän puhui mieluimmin vapaasti, ilman papereita. "Jos kirjoittaa puheensa, silloin on asia tavallisesti myös piloilla", sanoi hän.[73]