Maansa suotuisan aseman vuoksi virolaiset saivat jo varhain ryhtyä taisteluun naapurikansoja vastaan sen omistamisesta. Viikinkiretkeilijäin jälkeen novgorodilaiet yrittivät saada maata valtaansa siinä kuitenkaan pysyväisemmin onnistumatta. Vakavampi vaara uhkasi virolaisia saksalaisten taholta, etenkin senjälkeen, kun heitä oli kauppiaina ja munkkeina asettunut Riianlahden rantamille ja ryhtynyt sieltä levittämään valtaansa pakottaen vähitellen, sitkeiden taistelujen kautta, liiviläiset alamaisuuteen ja vastaanottamaan kasteen. He olivat v. 1201 perustaneet Riian kaupungin Väinäjoen suuhun valtansa tueksi ja vuotta myöhemmin hengellisen ritarikunnan uuden uskon levittämiseksi Itämeren pakanamaihin.
Sittenkuin lättiläiset olivat melkein vastarinnatta taipuneet uusiin oloihin ja liiviläisetkin vihdoin v. 1208 lopullisesti kukistuneet, tuli virolaisten vuoro. Sotataitoisilla saksalaisilla ritareilla oli vielä apunaan suuret määrät liiviläisiä ja lättiläisiä, kun taas virolaiset eivät nytkään, vaaran hetkellä, yhtyneet voimakkaaksi kokonaisuudeksi, vaan taistelivat maakunnittain, yksi tai pari-kolme kerrallaan.
Turhaan he koettivat estää vihollista tunkeutumasta maahan. Askel askeleelta heidän oli vimmatusti taistellen peräydyttävä. Virolaisten kohtalo ratkaistiin Paalan kiivaassa taistelussa syyskuun 22 p:nä 1217, jolloin Sakalan maakuntalaisten urhea päällikkö Lembit kärsi suurine joukkoineen ratkaisevan tappion. Sotaa kesti kuitenkin vielä 7 vuotta, ennenkuin uljas kansa taipui vieraan ikeeseen.
Tanskalaisiakin joukkoja saapui sodan kestäessä Viroon saksalaisten taistelua johtavan Liivinmaan Albert-piispan kutsusta. He nousivat kuninkaansa Waldemar II Seierin johdolla maihin Räävelin rannikolla, valloittivat Lindanisan maalinnan ja rakensivat sen tilalle v. 1219 kivilinnan, jota kansa alkoi kutsua Tallinnaksi, s.o. Tanskan linnaksi. Tanskalaiset valloittivat vielä pohjoisosat Harju- ja Virumaasta. Ruotsalaisetkin yrittivät jo tähän aikaan saada jalansijaa maassa, Läänemaalla, mutta urheat saaristolaiset saapuivat silloin suurin joukoin hätään joutuneiden avuksi ja karkoittivat vihollisen.
Saavutettu menestys aikaansai kuvaamattoman innostuksen koko Viron kansassa. Kaikkialla noustiin vieraita sortajia vastaan. Tanskalaiset suljettiin Tallinnaan, ja saksalaiset, jotka riitelivät keskenään virolaisten maan jakamisesta, karkoitettiin linnasta toisensa jälkeen. Vihdoin kuitenkin Albert-piispan onnistui saada riitaisuudet lopetetuiksi ja saksalaisten yhteinen rintama virolaisia vastaan lujitetuksi. Virolaisten oli kaikkialla peräydyttävä. Elokuun 15 p:nä 1224 Albert-piispa saapui saksalaisine, liiviläisine ja lättiläisine joukkoineen Tarton luo, jonka täytyi urhoollisen puolustuksen jälkeen antautua. Se ryöstettiin ja poltettiin perustuksiaan myöten. Pian senjälkeen viimeiset vapaat virolaiset sortuivat Valjalan lujan linnan kukistuessa.
Voittajat ryhtyivät järjestämään maan oloja mielensä mukaan. Entisten maalinnojen tilalle rakennettiin luostareita ja kirkkoja tai lujia kivilinnoja, joiden ympärille Saksasta tulleet kauppiaat ja käsityöläiset rakensivat myöhemmin korkealla kivimuurilla ympäröityjä kaupunkeja. Tarton viereiselle pyhälle Taaranmäelle Tarton ensimmäinen katolinen piispa rakennutti v. 1241 komean tuomiokirkon, jonka jylhät rauniot keskellä kaunista Tuomiovuoren puistoa ovat vieläkin kaupungin huomattavin nähtävyys.
Kun maan valloituksen jälkeen feodaalijärjestelmä pian levisi yli koko Liivinmaan, muodostui sinne kalparitarien, pappien ja porvarien lisäksi neljäskin saksalainen sääty, suurtilallisten vasallit He saivat myöhemmin läänityksensä eri tavoin perinnölliseksi omaisuudekseen, jolloin heistä muodostui herraskartanoiden l. moisioiden omistajaluokka.
Viroa, Liiviä ja Kuurinmaata kutsuttiin yhteisellä nimellä Liivin maaksi. Se laskettiin tästä lähtien nimellisesti kuuluvaksi Saksan keisarikuntaan, mutta sen, kuten muidenkin liittovaltion osien tähän aikaan, asema oli alusta alkaen hyvin itsenäinen. Kilpailu ylimmästä vallasta uudessa valtiossa alkoi melkein heti Riian piispan ja kalparitarien johtajan, n.s. ritarikunnan mestarin, välillä. Taistelu oli ajoittain hyvinkin kiivas. Lopuksi, monien vaiheiden jälkeen, se päättyi viimemainitun voittoon. Aikojen kuluessa Liivinmaan ritarivaltio sai sitten varmemmat muodot ja tuli näyttelemään huomattavaa osaa Itämeren maiden historiassa.
Voitettujen virolaisten asema oli alusta alkaen vaikea. He olivat menettäneet kaiken poliittisen vapautensa. Heidän oli sitäpaitsi suoritettava kalparitareille ja kirkolle kymmenyksiä ja tehtävä päivätöitä kaupunkeja, linnoja, luostareita ja kirkkoja rakennettaessa. Näistä satunnaisista työpäivistä muodostui sittemmin pysyväinen työvelvollisuus.
Sittenkuin herraskartanot tulivat vasallien omaisuudeksi ja he asettuivat vakinaisesti asumaan kansan keskuuteen rakennuttaen talonpojilla lukuisia, komeita herraskartanolta, huononi kansan asema suuresti entisestään. Talonpoikain tiluksia liitettiin väkivaltaisesti kartanon maihin, niiden omistajat ajettiin maantielle tai joutuivat moision alustalaisiksi. He köyhtyivät köyhtymistään verojen ja työpäivien vuosi vuodelta lisäytyessä. Pysyäkseen jotenkuten hengissä onneton rahvas oli pakotettu lainaamaan viljaa ja työjuhtia herraskartanoista. Se joutui sen kautta moision velalliseksi, menettipä liikkumisvapautensakin. 14:nneltä vuosisadalta alkaen luettiin talonpojat jo pysyväisesti sen kartanon maihin kuuluviksi, jonka alueella he asuivat. Vain lyhyt askel tästä oli luonnollisesti siihen, että talonpoikia alettiin myydä ja lahjoitella erilläänkin maasta, ja että he menettivät oikeuden omistaa varallisuutta ja tehdä valituksia heidän osakseen tulleesta kohtelusta, joka vuosi vuodelta kävi yhä epäinhimillisemmäksi. Vallanpitäjät, joiden mielivallasta he olivat kokonaan riippuvaisia, eivät enää katsoneet heidän kuuluvan edes ihmisten joukkoon ja kohtelivat heitä sen mukaisesti.