Päätoimikunnan ja Viron väliaikaisen hallituksen välillä joulukuun 23 p:nä 1918 tehdyn sopimuksen 2:sen kohdan mukaan suomalaiset joukot olivat velvolliset pysymään Virossa, »kunnes Viro on puhdistettu bolshevikeista». Kun siis Viron armeijan ylipäällikkö helmikuun 24 p:nä 1919 Viron itsenäisyyden vuosipäivän johdosta toimeenpantujen juhlallisuuksien aikana ilmoitti virallisesti, että Viron alue oli jo silloin kokonaan puhdistettu bolshevikeista, niin oli katsottava suomalaisten vapaajoukkojen omasta puolestaan täyttäneen sopimuksen ehdot.
Juhlallisuuksissa läsnä ollut Viron Avustamisen Päätoimikunnan puheenjohtaja, tohtori Louhivuori kääntyi siitä syystä vielä samana päivänä kenraali Laidonerin ja pääministeri Pätsin puoleen ilmoittaen, että jos virolaiset tahtoivat edelleen pitää suomalaisia joukkoja turvanaan Virossa, oli sekä Viron hallituksen ja Päätoimikunnan että Päätoimikunnan ja sen joukkoihin kuuluvien upseerien ja sotilaiden välillä tehtävä uudet sopimukset, koska suomalaisten puolelta kaikki aikaisemman sopimuksen ehdot oli jo täytetty. Molemmat puhutellut selittivät Viron yhä edelleen ehdottomasti tarvitsevan suomalaisia joukkoja avustamaan Viron armeijaa maan rajoille keskitettyjen venäläisten bolshevikijoukkojen hyökkäysten torjumiseksi ja lupasivat ottaa kysymyksen käsiteltäväksi hallituksen istunnossa.
Mutta kaikesta huolimatta Viron hallituksen kannasta ei tehty ilmoitusta Päätoimikunnalle. Osaksi lienee tähän vitkasteluun vaikuttanut se, että Viron perustavan kokouksen vaalit olivat edessä ja saattoivat aikaansaada suunnanmuutoksen maan politiikassa. Ainakin tätä on virolaiselta taholta väitetty varsinaiseksi syyksi. Tähän voidaan kuitenkin hyvällä syyllä huomauttaa, että vaikkapa perustavan kokouksen vaalien saatettiinkin otaksua kukistavan vanhan hallituksen, niin uudenkin hallituksen, mikäli se ei ollut oleva bolshevistinen. olisi täytynyt tunnustaa edeltäjänsä toimineen maan etuja silmällä pitäen pidättäessään suomalaiset joukot Virossa, jonka sotilaallinen ja sisäinen tilanne ei tällöin, helmikuun lopulla, vielä ollut suinkaan kehuttava.
Viron omassa sotaväessä oli maaliskuun 10 p:nä tosin jo yli kaksikymmentätuhatta miestä, joista n. 1.000 baltilaista ja 2.000 venäläistä. Asestuksena heillä oli m.m. 170 kevyttä konekivääriä, 240 konekivääriä ja 90 erisuuruista tykkiä. Samaan aikaan nousi suomalaisten vapaajoukkojen yhteinen lukumäärä vähän yli 2.000. Mutta siitä huolimatta suomalaisten merkitys ei suinkaan ollut niin pieni kuin vahvuusilmoituksia vertaamalla voisi päätellä. Sekä virolainen ja baltilainen siviiliväestö että rintamalla olevat joukot luottivat vielä tällöin enemmän harvalukuisiin suomalaisiin kuin omiin voimiinsa. Siitä on yllin kyllin esimerkkejä. Sitäpaitsi on huomattava, että bolshevikit tunsivat paljon suurempaa pelkoa pieniäkin suomalaisjoukkoja kuin virolaisia rykmenttejä kohtaan. Tieto suomalaisten läsnäolosta aikaansai bolshevikeissa haluttomuutta hyökkäykseen.
Varsin yleisesti oltiin Suomessa sitä mieltä, että Viron hallituspiirit sopimuksen uudistuskysymyksessä eivät menetelleet oikein niitä suomalaisia nuorukaisia ja miehiä kohtaan, jotka olivat saapuneet heidän vapauttaan ja maataan varjelemaan oman henkensä uhalla. Samalla virolaisten menettely saattoi heidän avustamisestaan huolehtivan suomalaisen toimikunnan ikävään asemaan, siihen näet kaikki moitteet vapaaehtoisten puolelta luonnollisesti kohdistuivat.
Mahdollisesti virolaiset laskivat — ja aivan oikein — voivansa vastausta mahdollisimman kauan viivyttämällä pidättää suomalaisia joukkoja Virossa vielä niin kauan, että heidän oma armeijansa ehdittäisiin saattaa kykeneväksi puolustamaan maan rajoja ja yhteiskuntajärjestystä ilman, että heidän tarvitsi myöntää Viron Avustamisen Päätoimikunnalle ja suomalaisille sotilaille uudesta sopimuksesta koituvia etuja. Pelättiin ehkä uusien sopimuksien teolla jouduttavan liian suureen riippuvaisuuteen Suomesta. Ainakin on varsin laajoissa piireissä saatu tämä vaikutelma Viron hallituspiirien menettelystä.
Suomalaiset joukot, joilla ei ollut tietoa Päätoimikunnan ja Viron hallituksen neuvotteluista, ymmärsivät silti omasta puolestaan jo täyttäneensä sopimuksen ehdot ja niiden edelleen Virossa pidättämisen olevan sopimuksen rikkomista. Tästä, kuten muistakin välikirjan lupauksien laiminlyönneistä, esim. palkkarahojen laadusta, vapaaehtoiset luonnollisesti syyttivät Päätoimikuntaa olematta selvillä siitä, että se puolestaan teki kaikkensa saadakseen Viron hallituksen tarkoin noudattamaan sopimuksen kaikkia kohtia.
Vapaaehtoisten palkat Viron hallitus oli luvannut maksaa Suomen rahassa. Mutta siitä huolimatta ne useimmiten suoritettiin Viron markoissa, jotka, vaikka pakkokurssin mukaan olivatkin samanarvoisia Suomen rahan kanssa, todellisuudessa olivat paljon huonompaa valuuttaa. Tämäkin kysymys, jota Viron valtio ei kireissä raha-asioissa ollen voinut tyydyttävästi järjestää huolimatta kaikista Päätoimikunnan vaatimuksista — Virossa palkat maksettiin Viron rahassa, jonka vasta Suomessa sai vaihtaa Suomen markoiksi, mikäli sitä palaavilla vapaaehtoisilla enää oli jäljellä — oli omiaan herättämään tyytymättömyyttä vapaajoukoissa. Näiden kahden sopimuksen rikkomisen aiheuttama tyytymättömyys yhdessä muiden seikkojen kanssa oli lähimpänä syynä suomalaisen apuretkikunnan hajautumiseen.
Ensimmäinen Suomalainen Vapaajoukko palasi Päätoimikunnan suostumuksella kotimaahan maaliskuun 22 p:nä. Tarkoitus oli laskea se vain lomalle, jonka jälkeen sen piti uudestaan muodostettuna lähteä jälleen Viroon. Siitä ei kuitenkaan loppujen lopuksi tullut mitään. Pohjan Pojat riensivät vielä kerran tuleen pelastaen maaliskuun loppupuolella käydyillä, pitkillä ja kiivailla taisteluilla uhkaavaksi käyneen aseman Petserin rintamalla, jossa he suorittivat kolmannen suuren voimannäytteensä. Mutta halu päästä palaamaan kotimaahan kasvoi kasvamistaan senkin keskuudessa.
Samaan aikaan Päätoimikunta turhaan koetti saada selvyyttä kysymykseen, halusivatko virolaiset edelleen pitää suomalaisia vapaaehtoisia Virossa vai eivät. Ennen Pohjan Poikain paluuta Päätoimikunta maaliskuun lopulla laati omasta puolestaan luonnoksen uudeksi sopimukseksi Päätoimikunnan ja Viron hallituksen välillä. Mutta tämän sopimusluonnoksenkaan johdosta Viron hallitus ei antanut vastaustaan. Päätoimikunta olisi asiain kehityttyä tälle kannalle mieluiten kutsunut kotiin suomalaiset joukot, jotka olivat jo täyttäneet tehtävänsä. Kun kuitenkaan Viron asema ei vielä ollut luja, ja kun Viron hallituksen vastausta odotettiin päivästä päivään, ryhdyttiin Päätoimikunnan ja sotilaiden välillä tehtävän välikirjan luonnosta valmistelemaan. Vakava ristiriita syntyi tässä kohden kuitenkin Päätoimikunnan ja eversti Kalmin välillä. Edellinen tahtoi pysyttäväksi aikaisemman toiminnan puitteissa, koska Suomen hallituspiireissä suhtauduttiin kielteisesti laajennettuun ulkopoliittiseen esiytymiseen. Tohtori Louhivuori kirjoitti tästä pääministeri Pätsille maaliskuun 24 p:nä m.m.: