Le doute en la souveraineté du Taïkoune fut plus sérieusement provoqué par l'inexécution des traités conclus et la manière d'agir, à cet égard, de l'administration même du Taïkoune. Il fallut bien se demander d'où naissaient les difficultés. La réponse fut donnée par les restrictions, les hésitations et les demi-confidences invoquées par le gouvernement du Taïkoune à titre d'excuses.
On s'aperçut alors que le Taïkoune n'était pas aussi empereur temporel qu'on l'avait cru dans le commencement, et que ce prince n'était pas indépendant dans son pouvoir. Du premier rang, il tomba au second; et l'on sait aujourd'hui que même ce second rang ne lui appartient pas.
En effet, le Japon ne forme pas un empire sous un gouvernement unique. C'est une confédération féodale ayant à sa tête le Tèneshi ou Mikado, autour duquel sont groupés les grands princes suzerains du pays.
Ces princes Daïmios possèdent l'entière suzeraineté de leurs États. Ils ont leur armée, leur marine, leurs finances, leur administration, leur justice. Le Taïkoune ne peut, sans déclaration de guerre, franchir leurs frontières qu'avec leur autorisation.
Quant au Taïkoune, il est mandataire du Mikado. Dans l'ordre administratif du Kouandshiokou, il occupe le quatrième rang; dans l'ordre honorifique des Ikaï, il ne vient qu'en cinquième. Il ne possède pas l'autonomie de son pouvoir, et n'en peut conserver la puissance qu'en agissant comme mandataire. C'est précisément pour avoir abandonné ce rôle en usurpant, à l'exclusion de tout autre pouvoir, l'initiative souveraine vis-à-vis des étrangers, qu'aujourd'hui sa faiblesse est grande.
Le lien de féodalité fut rompu. Les Daïmios ne considèrent plus le Taïkoune comme mandataire du Mikado. En signe de rupture, ils ne se portèrent à aucune violence, mais firent revenir dans leurs États respectifs les membres de leur famille en résidence à Yédo.
Il fallut les laisser faire; car, en dehors de la puissance supérieure des Daïmios, le Taïkoune ne peut compter sur sa grande administration composée de feudataires qui ont usurpé à son égard l'autonomie que lui-même a usurpée sur le Mikado.
Ce morcellement moral se complique du morcellement matériel des États soumis à son autorité, lesquels sont divisés en fractions séparées sur l'étendue du territoire japonais.
Enfin, toutes les circonstances qui déterminent la position spéciale du Taïkoune, suscitent autour de lui des influences de personnalité qui donnent à son ministère, le gorodjio, une instabilité exclusive de tout plan de conduite suivie.
Ces influences provoquent à leur tour un sentiment de défiance générale, d'où naquit depuis longtemps ce système d'espionnage sur lequel repose le gouvernement taïkounal.