Dolet ne jouit pas longtemps de la liberté qu’il venait de reconquérir : dans les premiers jours de 1544, on saisit aux barrières de Paris deux ballots de livres à son adresse ; il s’y trouvait des ouvrages calvinistes imprimés à Genève ; Dolet eut beau protester que c’était le résultat de « la grand’ ruse et pratique de ses ennemis, » et qu’il n’attendait rien de semblable, il fut de rechef mis en prison ; il parvint presque aussitôt à s’évader, il se réfugia en Piémont, et il y écrivit son Second Enfer, ouvrage composé de neuf épîtres en vers adressées au roi, au duc d’Orléans, au cardinal de Lorraine, à la duchesse d’Etampes, à la reine de Navarre, au cardinal de Tournon, au parlement de Paris, aux « chefs de la justice de Lyon » et enfin aux « amis de l’auteur. »
Le Second Enfer indique qu’il a dû en exister un premier, mais il n’a point paru ; l’origine de cette expression énergique, destinée à retracer l’idée d’emprisonnement, vient de Marot qui décrivit sous le nom d’Enfer la captivité qu’il avait subie en 1525. On connaît trois éditions devenues fort rares de ce petit volume ; toutes sont datées de 1544, toutes contiennent les traductions de deux dialogues platoniciens, l’Axiochus et l’Hipparchus ; l’une, datée de Troyes, contient des poésies de Marot qui ne se rencontrent point dans les deux autres qui portent chacune sur le frontispice le nom de Lyon ; une d’elles est munie d’un privilége pour dix ans.
Se flattant du plein succès qu’il attendait de ses huit épîtres, Dolet eut l’imprudence de rentrer en France ; il revint secrètement à Lyon ; il voulait revoir sa famille, et retrouver ses livres chéris ; ses ennemis veillaient ; il fut promptement arrêté de nouveau et « amené en la Conciergerie du Palais à Paris. » Le 4 novembre 1544, la Faculté de théologie assemblée entendit une dénonciation portée contre la traduction faite par un certain Dolet (quidam Doletus) d’un dialogue de Platon, intitulé l’Acochius (on voulait dire l’Axiochus) où se trouve cette proposition : Après la mort, tu ne seras rien du tout. Elle fut jugée hérétique, et l’examen du livre fut renvoyé aux deputatis in materia fidei (style des tribunaux du temps).
Les députés déclarèrent le passage « mal traduit et contre l’intention de Platon, auquel n’y a, ni en grec ni en latin, ces mots rien du tout. »
Observons en passant d’abord, mais ceci ne fait rien à la question, que l’Axiochus est un de ses dialogues que la critique moderne regarde comme apocryphes, ensuite que la version latine littérale du passage grec est tu enim non eris. En écrivant : « Quand tu seras décédé tu ne seras plus rien du tout ; » Dolet n’altérait pas le sens du texte, il le développait en lui donnant l’extension qu’il comportait implicitement. D’ailleurs ce n’était point une pensée à lui personnelle qu’il énonçait ; il se bornait à reproduire l’opinion qu’un auteur ancien, mort depuis deux mille ans environ, avait placé dans la bouche de Socrate ; il ne fallait pas l’en rendre responsable.
Mais on n’y regardait pas de si près avec les gens qu’on voulait perdre, et le parlement de Paris, exécuteur farouche des volontés de l’intolérance, se hâta de rendre un arrêt qui condamnait Dolet « à estre conduict en ung tombereau en la place Maubert où sera planté une potence, à l’entour de laquelle sera faict un grand feu, auquel, après avoir esté soublevé en ladicte potence, son corps sera jecté et bruslé avec ses livres. Ordonne la Cour que auparavant l’exécution de mort du dict Dolet, il sera mis en torture et question extraordinaire pour enseigner ses compaignons. »
L’exécution eut lieu le 3 août 1546 ; personne n’avait osé intercéder pour Dolet, et le roi était resté muet ; la terrible accusation d’athéiste faisait reculer les plus dévoués.
Un retentum en clause particulière ajouté à l’arrêt du Parlement stipulait que « si le ledict Dolet fera aulcun scandale ou dira aulcun blasphême, la langue luy sera coupée et sera bruslé tout vif. »
Dolet jugea avec raison qu’il lui suffisait d’être pendu et de n’être brûlé qu’après sa mort. Des écrivains contemporains racontent qu’il récita en latin une courte prière, qu’il avertit les assistants de ne lire ses livres qu’avec beaucoup de circonspection car « ils contenoient bien des choses qu’il n’avoit jamais entendues. »
L’infortuné avait alors trente-sept ans, jour pour jour. La colère des divers partis n’épargna pas sa mémoire : des poëtes, fort oubliés d’ailleurs, l’injurièrent en mauvais vers latins, et l’atrabilaire Calvin le rangea, avec Agrippa et Servet, parmi les blasphémateurs qui « ont, relativement à la vie de l’âme, avancé qu’ils ne différaient en rien des chiens et des pourceaux. »