Ferdinand III reconnut le danger qui le menaçait et ne négligea rien pour le détourner. Mais on avait inculqué à l'électeur de Bavière la fâcheuse opinion que les seuls Espagnols étaient opposés à la paix, que leur influence portait seule l'empereur à se déclarer contre la suspension d'armes; or, Maximilien haïssait les Espagnols et ne leur avait jamais pardonné de lui avoir été contraires lorsqu'il briguait l'électorat palatin. Et maintenant on voulait que, pour complaire à cette puissance ennemie, il vit son peuple sacrifié, ses provinces ravagées, qu'il se perdit lui-même, lorsqu'il pouvait par une suspension d'armes se délivrer de tous ses tourments, procurer à son peuple le repos qui lui était si nécessaire, et hâter peut-être en même temps par ce moyen la paix générale? Tous ses scrupules s'évanouirent, et, persuadé de la nécessité d'un armistice, il crut satisfaire à ses devoirs envers l'empereur en le faisant participer, lui aussi, au bienfait de cet accord.

Les députés des trois couronnes et de la Bavière se réunirent à Ulm, pour régler les conditions de l'armistice. Au reste, il parut bientôt par les instructions des envoyés autrichiens que l'empereur n'avait pas député au congrès pour avancer la conclusion de la suspension d'armes, mais plutôt pour la retarder. Il s'agissait d'y faire accéder les Suédois, qui avaient alors l'avantage et qui avaient plus à espérer qu'à craindre de la continuation de la guerre, et il fallait ne pas leur rendre l'armistice onéreux par de dures conditions. Après tout, ils étaient vainqueurs, et pourtant l'empereur prétendait leur dicter des lois. Aussi, peu s'en fallut que, dans le premier mouvement de colère, leurs envoyés ne quittassent le congrès, et, pour les retenir, il fallut que les Français en vinssent aux menaces.

La bonne volonté de l'électeur de Bavière, pour comprendre l'empereur dans la trêve, ayant ainsi échoué, il se crut dès lors autorisé à travailler pour lui-même. Si élevé que fût le prix auquel on lui faisait acheter l'armistice, il n'hésita pas longtemps à l'accepter. Il permit aux Suédois d'étendre leurs cantonnements en Souabe et en Franconie, et consentit à restreindre les siens à la Bavière et aux pays palatins. Cologne et Hesse-Cassel furent compris dans l'armistice. Ce qu'il avait conquis en Souabe, il lui fallut le céder aux alliés, qui, de leur côté, lui rendirent ce qu'ils occupaient en Bavière. Après la conclusion de ce traité, le 14 mars 1647, les Français et les Suédois évacuèrent la Bavière, et choisirent, pour ne pas se gêner les uns les autres, des quartiers différents: les Français dans le duché de Wurtemberg, les Suédois dans la haute Souabe, près du lac de Constance. A l'extrémité septentrionale de ce lac et à la pointe la plus méridionale de la Souabe, la ville autrichienne de Brégenz, avec son défilé étroit et escarpé, défiait toutes les attaques, et tous les habitants du voisinage avaient retiré dans cette forteresse naturelle leur avoir et leurs personnes. Le riche butin que faisait espérer cet amas de biens et l'avantage de posséder un passage menant dans le Tyrol, en Suisse et en Italie, excitèrent le général suédois à risquer une attaque sur ce défilé réputé inexpugnable et sur la ville elle-même. Sa double tentative lui réussit, malgré la résistance des paysans, qui, au nombre de six mille, s'efforcèrent de défendre le passage. Sur ces entrefaites, Turenne, conformément à la convention, s'était dirigé vers le Wurtemberg, d'où il contraignit par la force de ses armes le landgrave de Darmstadt et l'électeur de Mayence d'embrasser la neutralité, à l'exemple de la Bavière.

Alors enfin parut être atteint le grand but de la politique française, de livrer sans défense aux armes unies des deux couronnes l'empereur dépouillé de tout secours de la Ligue et de ses alliés protestants, et de lui dicter la paix l'épée à la main. Une armée de douze mille hommes, au plus, était tout ce qui lui restait de sa formidable puissance, et, la guerre lui ayant enlevé tous ses bons généraux, il fallut qu'il mît à la tête de cette armée un calviniste, transfuge hessois, Mélander. Mais, comme cette guerre présenta fréquemment les plus surprenantes vicissitudes, et déjoua souvent, par des incidents imprévus, tous les calculs de la politique, cette fois encore l'attente fut trompée par l'événement, et la puissance de l'Autriche, qui était tombée si bas, se releva de nouveau, après une courte crise, jusqu'à prendre une menaçante supériorité. La jalousie de la France envers les Suédois ne lui permettait pas de détruire l'empereur et d'élever ainsi la Suède, en Allemagne, à un degré de puissance qui pouvait à la fin devenir fatal à la France elle-même. La situation désespérée de l'Autriche ne fut donc pas mise à profit par le ministre français; l'armée de Turenne fut séparée de Wrangel et appelée aux frontières des Pays-Bas. A la vérité, Wrangel, après avoir marché de Souabe en Franconie, pris Schweinfurt, et incorporé dans son armée la garnison impériale de cette place, essaya de pénétrer à lui seul en Bohême et assiégea Égra, la clef de ce royaume. Pour délivrer cette place forte, l'empereur fit marcher sa dernière armée, dans laquelle il parut en personne. Mais un grand détour que cette armée fut forcée de faire pour ne pas traverser les domaines du président du conseil de guerre Schlick retarda sa marche, et, avant qu'elle fût arrivée, Égra était perdu. Les deux armées s'approchèrent alors l'une de l'autre, et plus d'une fois on s'attendit à une bataille décisive, parce que la disette était pressante des deux côtés, que les Impériaux avaient la supériorité du nombre et que les deux camps et les fronts de bataille ne furent souvent séparés que par les ouvrages élevés entre eux. Mais les Impériaux se contentèrent de côtoyer l'ennemi, et s'efforcèrent de le fatiguer par de petites attaques, par la faim et par de pénibles marches, jusqu'au moment où les négociations ouvertes avec la Bavière auraient atteint le but souhaité.

La neutralité de la Bavière était une blessure dont la cour impériale ne pouvait prendre son parti, et, après avoir inutilement essayé d'y mettre obstacle, elle avait résolu d'en tirer le seul avantage possible. Beaucoup d'officiers de l'armée bavaroise étaient indignés de cette conduite de leur maître, par laquelle ils étaient tout à coup réduits à l'inaction et qui imposait une chaîne importune à leur goût pour l'indépendance. Le brave Jean de Werth lui-même était à la tête des mécontents, et, encouragé par Ferdinand, il forma le complot de détacher de l'électeur toute l'armée bavaroise et de la conduire à l'empereur. Ferdinand ne rougit pas de favoriser secrètement cette trahison contre le plus fidèle allié de son père. Il fit adresser aux troupes électorales des lettres formelles de rappel, où il les faisait souvenir qu'elles étaient des troupes de l'Empire que l'électeur n'avait commandées qu'au nom de l'empereur. Heureusement, Maximilien découvrit assez tôt cette trame criminelle pour en prévenir l'exécution par de promptes et sages mesures.

L'indigne conduite de l'empereur l'avait autorisé à des représailles; mais Maximilien était un trop vieux politique pour écouter la passion quand la prudence seule devait parler. Il n'avait pas retiré de l'armistice les avantages qu'il s'en était promis. Bien loin de contribuer à l'accélération de la paix générale, cet armistice particulier avait plutôt donné aux négociations de Münster et d'Osnabrück une fâcheuse tournure et rendu les alliés plus hardis dans leurs prétentions. Les Français et les Suédois avaient été éloignés de la Bavière; mais, par la perte de ses cantonnements dans le cercle de Souabe, Maximilien se voyait maintenant réduit lui-même à épuiser avec ses troupes son propre pays, s'il ne voulait se résoudre à les licencier tout à fait, et à déposer imprudemment glaive et bouclier dans un temps où régnait seul le droit du plus fort. Plutôt que de choisir un de ces deux maux certains, il prit le parti d'en affronter un troisième, qui du moins était encore douteux: c'était de dénoncer l'armistice et de reprendre les armes.

Sa résolution et les prompts secours qu'il envoya en Bohême à l'empereur menaçaient les Suédois des conséquences les plus funestes, et Wrangel fut forcé de se retirer précipitamment de Bohême. Il se porta par la Thuringe vers la Westphalie et le Lunebourg, pour se joindre à l'armée française, commandée par Turenne, et l'armée impériale et bavaroise, qui avait pour chefs Mélander et Gronsfeld, le suivit jusqu'au Wéser. Sa perte était inévitable, si l'ennemi l'atteignait avant sa jonction avec Turenne; mais ce qui avait sauvé auparavant l'empereur préserva maintenant les Suédois. Au milieu de la fureur de la lutte, une froide prudence dirigeait le cours de la guerre, et la vigilance des cours augmentait à mesure que la paix approchait davantage. L'électeur de Bavière ne devait pas permettre que la prépondérance des forces penchât d'une manière si décisive du côté de l'empereur, et que, par cette révolution soudaine, la paix fût retardée. Si près de la conclusion des traités, tout changement partiel de fortune était d'une extrême importance, et la rupture de l'équilibre entre les couronnes contractantes pouvait détruire tout d'un coup l'ouvrage de plusieurs années, le fruit précieux des plus difficiles négociations, et ajourner le repos de toute l'Europe. La France tenait dans des chaînes salutaires ses alliés les Suédois, et leur mesurait ses secours dans la proportion de leurs avantages et de leurs pertes: l'électeur de Bavière entreprit en silence de suivre la même conduite avec l'empereur son allié, et, en lui mesurant sagement son appui, il chercha à rester maître de la grandeur de l'Autriche. Maintenant la puissance de l'empereur menace de s'élever tout à coup à une hauteur dangereuse, et Maximilien cesse incontinent de poursuivre l'armée suédoise. Il craignait aussi les représailles de la France, qui avait déjà menacé d'envoyer contre lui les forces de Turenne, s'il permettait à ses troupes de passer le Wéser.

Mélander, empêché par les Bavarois de poursuivre Wrangel plus loin, se tourne par Iéna et Erfurt contre la Hesse, et se montre maintenant comme un ennemi redoutable dans le même pays qu'il avait auparavant défendu. Si ce fut réellement un désir de vengeance contre son ancienne souveraine qui le poussa à choisir la Hesse pour théâtre de ses dévastations, il satisfit cette envie de la manière la plus horrible. La Hesse saigna sous le fléau, et la détresse de ce pays, si durement maltraité, fut portée par lui jusques au comble. Mais Mélander eut bientôt sujet de regretter de s'être laissé conduire par le ressentiment plutôt que par la prudence dans le choix des quartiers d'hiver. Dans la Hesse appauvrie, la plus affreuse disette accabla son armée, tandis que Wrangel rassemblait de nouvelles forces dans le Lunebourg et remontait ses régiments. Beaucoup trop faible pour défendre ses mauvais cantonnements, quand le général suédois ouvrit la campagne dans l'hiver de 1648 et marcha sur la Hesse, il lui fallut se retirer honteusement et chercher son salut sur les bords du Danube.

La France avait de nouveau trompé l'attente des Suédois, et retenu sur le Rhin, malgré toutes les invitations de Wrangel, l'armée de Turenne. Le général suédois s'était vengé en attirant à lui la cavalerie de Weimar, qui renonça au service de la France; mais, par cette démarche, il avait fourni un nouvel aliment à la jalousie de cette couronne. Enfin Turenne obtint la permission de se joindre aux Suédois, et les deux armées réunies ouvrirent alors la dernière campagne de cette guerre. Elles poussèrent devant elles Mélander jusqu'au Danube, jetèrent des vivres dans Égra, qui était assiégé par les Impériaux, et battirent, au delà du Danube, l'armée impériale et bavaroise, qui leur avait fait tête près de Zusmarshausen. Mélander reçut dans cette action une blessure mortelle, et le général bavarois de Gronsfeld se posta, avec le reste de l'armée, au delà de Lech, pour défendre la Bavière contre une invasion ennemie.

Mais Gronsfeld ne fut pas plus heureux que Tilly, qui, dans le même poste, avait sacrifié sa vie pour le salut de la Bavière. Wrangel et Turenne choisirent, pour leur passage, la place même qu'avait signalée la victoire de Gustave-Adolphe, et exécutèrent leur manœuvre en profitant du même avantage qui avait favorisé le roi. Alors la Bavière fut de nouveau envahie, et la rupture de l'armistice expiée par les plus cruels traitements exercés sur les sujets bavarois. Maximilien se cacha dans Salzbourg, tandis que les Suédois passaient l'Isar et pénétraient jusqu'à l'Inn. Une pluie violente et continuelle qui, en quelques jours, changea cette rivière peu considérable en un torrent furieux, sauva encore une fois l'Autriche d'un péril imminent. Dix fois l'ennemi essaya de jeter sur l'Inn un pont de bateaux, et dix fois le torrent le détruisit. Jamais, dans toute cette guerre, l'effroi des catholiques n'avait été aussi grand qu'à ce moment, où les ennemis étaient au centre de la Bavière, sans qu'il restât un seul général qu'on pût opposer à un Turenne, à un Wrangel, à un Kœnigsmark. Enfin parut l'héroïque Piccolomini, qui vint des Pays-Bas pour commander les faibles restes de l'armée impériale. Les alliés, par leurs ravages dans la Bavière, s'étaient rendus difficile à eux-mêmes un plus long séjour dans ce pays, et la disette les força de se retirer vers le haut Palatinat, où la nouvelle de la paix mit fin à leurs travaux.