La seconde partie est un essai d'explication de cette malfaisance des sciences et des arts.
L'origine des sciences est impure. «L'astronomie est née de la superstition (comment? il ne le dit pas); l'éloquence, de l'ambition, de la haine, de la flatterie, du mensonge; la géométrie, de l'avarice (allusion à un passage d'Hérodote); la physique, d'une vaine curiosité; toutes, et la morale même, de l'orgueil humain.» (Ainsi parle cet homme modeste.) Bref «les sciences et les arts doivent leur naissance à nos vices.»
—Mais alors ce ne sont donc pas nos vices qui doivent naissance aux sciences et aux arts?
—Si fait; car, à leur tour, les sciences et les arts ont pour effets: la perte du temps, à cause de leur inutilité; le luxe qui amollit. (Les peuples sans luxe ont été forts: ainsi la Perse de Cyrus, les Scythes, l'ancienne Rome, les Francs, les Saxons, les Suisses contre Charles le Téméraire, les Hollandais contre Philippe II.) Les sciences et les arts ont encore pour effets: la corruption du goût par le désir de plaire (ici, quelques remarques vraies), la diminution des vertus militaires, enfin la frivole et dangereuse éducation donnée aux enfants (ici encore de bonnes réflexions).
Les philosophes sont des charlatans. L'invention de l'imprimerie est une chose bien regrettable.
Il finit par une contradiction. Car il exalte tout de même Bacon, Descartes, Newton. Il distingue les faux savants ou philosophes et les vrais, et souhaite que les vrais dirigent les États: mais à quoi les reconnaîtra-t-on? et qui les désignera? Et puis, la science n'est donc pas toujours et nécessairement funeste?
Ce premier discours est donc bien une déclamation pure, un morceau de rhétorique, et où éclate déjà une grande déraison et quelque niaiserie. Aucune précision. Rousseau paraît supposer que le «rétablissement des sciences et des arts» (par la diffusion des débris de l'ancienne Grèce après la prise de Constantinople), s'est opéré tout d'un coup et a instantanément corrompu les mœurs, et il ne se demande même pas ce qu'étaient «les mœurs» auparavant. Il ne pense pas à distinguer entre les sciences et les arts, dont il semble pourtant que l'influence corruptrice ne saurait être tout à fait la même. Il ne s'avise pas non plus que la corruption par les sciences ou les arts ne peut guère être que la corruption d'un petit nombre, d'autant que, par «corruption», il paraît surtout entendre les conventions, préjugés et mensonges mondains, le luxe, la mollesse, la frivolité et les artifices de la vie de salon, bref les vices ou travers du monde très restreint où il vivait lui-même. Il ne s'avise pas que dix-huit millions de paysans ou d'artisans de France échappaient presque totalement à cette corruption-là, et que la petite bourgeoisie n'en était que modérément atteinte; que d'ailleurs le mal et le bien s'entremêlent si inextricablement dans les effets attribuables aux arts et aux sciences qu'il est en tout cas impossible de les démêler ou de démontrer que le mal l'emporte.—Bref la thèse de Rousseau n'est qu'un vague lieu-commun, très fatigué déjà à cette époque, presque aussi fatigué que le lieu-commun de la thèse contraire.
Le lieu-commun de Rousseau (l'innocence de l'état de nature opposée aux vices de la civilisation) était déjà un peu partout (dans les Lettres Persanes par exemple, deuxième partie de l'Histoire des Troglodytes, ou dans Marivaux: L'Ile des Esclaves, l'Ile de la Raison), et ne tirait pas autrement à conséquence.
(Aujourd'hui, que nous sommes quelques milliers d'auteurs, dont deux ou trois cents célèbres, il est clair qu'un morceau comme le premier Discours de Jean-Jacques passerait totalement inaperçu.—La question, d'ailleurs, que Jean-Jacques y résout si facilement ressemble à ces questions banales, inutiles et insolubles que les «reporters» posent aux écrivains, justement parce qu'elles prêtent à un bavardage indéfini.)
Mais, si le lieu-commun est banal, on pouvait l'illustrer de peintures précises et assez probantes, car le temps y prêtait; et peut-être n'avait-on pas encore vu la haute société aussi pervertie, sinon par les «sciences et les arts», du moins par les raffinements de l'esprit et par une culture trop tournée vers le seul agrément.