Ma la leggenda che si allarga in pari tempo si altera. L'immagine di Virgilio, che nelle finzioni più antiche appare nella luce più pura, in alcune delle nuove finzioni comincia ad offuscarsi. Un primo sintomo di tale offuscamento si ha nelle immaginazioni in cui si vuole spiegare la origine della scienza magica del poeta, e nelle quali si appalesa il progressivo sfiacchirsi della tradizione letteraria. Nella leggenda primitiva il bisogno di tale indagine non si sente ancora; la magia di Virgilio, scevra di qualsiasi reità, è il portato naturale del suo alto sapere. Per nessuna delle sue opere mirabili Virgilio ricorre all'ajuto di potenze malvage; a lui basta la cognizione delle proprietà delle cose, basta il suo sapere di astrologia, di matematica, di medicina. Ma un tale concetto della magia di Virgilio era destinato irremissibilmente a corrompersi in mezzo ad una società ignorante o superstiziosa, propensa a scorgere in qualunque cosa paresse trascendere i termini della natura, l'opera di potestà tenebrose ed inique, e che la stessa scienza considerava come cosa diabolica.
Giustamente osserva il Comparetti che se «nella sua prima forma napoletana, la leggenda di Virgilio non poteva parlare di arti diaboliche, perchè ripugnava al sentimento popolare dei Napoletani il credere che la loro città andasse debitrice ad arti siffatte di tutti quei pretesi benefizi, e se Virgilio, figurando in essa come protettore di Napoli, non poteva essere posto in una luce poco onorevole per lui e per la città, tutto ciò non aveva ragione di essere quando la leggenda uscendo di Napoli si diffuse in Europa[447]».
A poco a poco la taumaturgia onesta di Virgilio doveva mutarsi in riprovevole necromanzia, e questa si doveva immaginare acquistata da lui nel modo che nella comune credenza reputavasi consueto. Ed ecco farsi in mezzo la idea volgare del libro in cui il poeta avrebbe imparati tutti i secreti dell'arte sua. Già Gervasio di Tilbury parla, come abbiam veduto, di un libro di arte notoria trovato dentro la tomba di Virgilio, ma non ne dice altro, e quel libro poteva essere opera dello stesso Virgilio, come il ristretto delle Sette Arti ricordato da Giovanni di Alta Selva. Questa era una notizia troppo vaga, che non soddisfaceva abbastanza la curiosità, e non andò molto che se ne parlò più esplicitamente. Nel poema anonimo tedesco di Reinfried von Braunschweig[448] si narra una strana storia di un gran negromante per nome Zabulon, il quale, dimorando sul Monte della Calamita, aveva letta nelle stelle la venuta di Cristo milledugento anni prima che accadesse, e per impedirla aveva scritto parecchi libri di negromanzia e di astrologia, delle quali scienze egli era inventore. Poco tempo prima che Cristo nascesse, Virgilio, uomo di singolare virtù, saputo di questo mago e delle sue arti, navigò alla volta del Monte della Calamita, e mercè l'ajuto di uno spirito potè impadronirsi dei tesori e dei libri di lui. Venuto il termine prescritto la Vergine partoriva Gesù. In questo racconto, il quale comparisce anche in un altro poema tedesco, il Singerkriec uf Wartburc, i fini che muovono Virgilio, il quale serba in parte il carattere suo leggendario di profeta di Cristo, sono in tutto lodevoli; ma in altri non è già più così. Heinrich von Müglin narra in una sua poesia[449] come Virgilio, con molti nobili signori, partì da Venezia sopra una nave tratta da due grifoni. Giunta la nave al Monte della Calamita, Virgilio trova chiuso in una fiala un demonio, il quale, a condizione d'essere posto in libertà, gl'insegna come possa impadronirsi di un libro di magia che si trova in una tomba. Avuto il libro ed apertolo, Virgilio vede comparirsi davanti ottantamila diavoli, e comanda loro di costruirgli subito una buona strada, dopo di che se ne torna tranquillamente coi suoi compagni a Venezia. Sul punto di partire Virgilio invoca la Vergine, e durante il viaggio egli e i compagni si raccomandano a Dio; qui, se non abbiam più il profeta, abbiamo ancora l'uomo devoto, ma l'alterazione doveva proceder più oltre. Enenkel dice che il poeta, il quale altro non era che un figlio dell'inferno, imparò le arti della magia liberando dodici diavoli chiusi in un fiasco.
Nel Virgilius inglese, il quale è una versione piuttosto libera dei Faictz merveilleux de Virgille, Virgilio ottiene il libro magico da uno spirito ch'ei libera trovandosi a studiare nella città di Toledo, ove ponevansi nel medio evo le scuole classiche di magia. Avuto il libro, Virgilio riesce a far rientrare lo spirito nell'angusto suo carcere con quell'astuzia medesima che si vede usata da un pescatore in un racconto delle Mille e una Notte, intitolato Il pescatore ed il Genio[450]. Anche in Italia, sebbene la tradizione classica vi durasse alquanto più pura, nacquero intorno alla origine della magia di Virgilio immaginazioni simili alle precedenti. Bonamente Aliprando fa studiare il poeta in Milano, in Cremona, in Grecia,
Dove de ogni scienza se imparava,
e d'onde
A Mantova ritornò scienzato;
ma poi narra come si facesse portare da Roma a Napoli il suo libro di negromanzia dal discepolo Milino, il quale, avendolo aperto viaggio facendo, contro il divieto del suo maestro, vide comparire gran moltitudine di spiriti, a cui ordinò di selciare la strada che appunto conduce da Roma a Napoli. Bartolomeo Caracciolo dice (c. XXXII) che Virgilio imparò quanto seppe nel libro di un gran filosofo Chironte, da lui trovato dentro una grotta del Monte Barbaro, dove il detto Chironte era sepolto. Nel suo racconto l'avventura non presenta nulla di diabolico: in Napoli l'antica riputazione di Virgilio durava ancora e non permetteva che il pervertimento della leggenda procedesse troppo oltre.
Ma una ben curiosa finzione che viene a legarsi alle precedenti è quella che mostra San Paolo desideroso di acquistare il libro magico che Virgilio aveva voluto sepolto con sè. Geloso del proprio sapere, Virgilio aveva provveduto a che esso non potesse trasmettersi ad altri. Questo sentimento di gelosia è dalla leggenda attribuito anche ad altri illustri dell'antichità; per esso Ippocrate uccise il proprio nipote, per esso volle Aristotile, come abbiamo già veduto, che con lui fossero sepolti i suoi libri. Secondo l'autore della Image du monde San Paolo,
Qui moult sot dos ars de clergie,