Risposero i provveditori di non avere sufficienti poteri per trattare col Carrara; ma lo invitarono a dare la città nelle loro mani, ed a passare in seguito a Venezia per trattare direttamente colla signoria. Credette il Carrara di dover preferire alla loro parola quella di un rispettato militare. «Capitano, disse egli a Galeazzo di Mantova rivolgendosi a lui, a voi io affido senza timore la mia città e le mie fortezze. Promettetemi soltanto sull'onor vostro, che se io non anderò d'accordo colla signoria voi me le ritornerete nello stato in cui vi saranno consegnate.» Dopo averne avuta la parola, Francesco tornò in Padova per fare dal consiglio della comunità eleggere otto deputati, ed eleggerne due egli medesimo, onde trattare a Venezia intorno alle condizioni della resa della piazza[116].
Il doge e la signoria ricusarono di ascoltare gli ambasciatori del signore di Padova, ma ricevettero cortesemente quelli della città, e loro promisero di conservare a Padova tutti i suoi privilegj, purchè i cittadini si arrendessero essi medesimi senz'aspettare che i Carrara trattassero per loro. Fu all'istante convenuto che due degli ambasciatori tornerebbero a Padova, e che persuaderebbero il popolo ed i consigli a riporsi in possesso della sovranità. Per facilitare questa rivoluzione Galeazzo di Mantova invitò Francesco da Carrara e suo figlio ad una conferenza nel suo campo. Li trattò in seguito a cena, ed all'indomani li mandò parte volontariamente e parte per forza, prima ad Oriago ed in seguito a Mestre.
Durante questo tempo, i due ambasciatori tornati a Padova, vi avevano spiegato l'antico stendardo della comunità, la croce rossa in campo d'argento. Una ventina di sediziosi tentarono di eccitare un tumulto colle grida di viva san Marco! viva il popolo! morte ai Carrara! Ma i cittadini non vi presero parte, e non cercarono nè di rovesciare, nè di difendere la di già distrutta autorità dei loro signori. Un podestà, nominato dai sediziosi, aprì nel medesimo giorno, 19 novembre 1405, le porte di Padova a Galeazzo ed ai provveditori, che presero possesso della città a nome della repubblica di Venezia[117].
Quando il Carrara seppe che la sua capitale era stata ceduta ai Veneziani invitò Galeazzo di Mantova a mantenergli la data fede. In particolare Francesco Terzo insisteva per rientrare in possesso del castello, determinato com'egli era di difenderlo fino all'ultima estremità, ed a seppellirsi sotto le sue ruine. Invano attestava il generale, che la signoria tratterebbe i due principi generosamente, poichè ciò era smentito dal rifiuto di ricevere i loro ambasciatori. Frattanto Francesco da Carrara non tardò a conoscere che l'entusiasmo de' suoi compagni d'armi era spento, e che più non troverebbe chi volesse con lui consacrarsi a sicura morte. Conobbe pure che Galeazzo non vorrebbe o non potrebbe mantenere la data fede, e che insistendo sull'esecuzione d'una ineseguibile condizione si farebbe d'un protettore un nemico. Acconsentì adunque d'imbarcarsi con suo figlio per rendersi a Venezia scortato da Galeazzo e da Francesco di Molino. Al loro arrivo nel quartiere di san Giorgio furono accolti dalle terribili grida del popolo a morte i Carrara! all'indomani, 30 novembre, Galeazzo lasciò i suoi prigionieri per andare ad interporre a loro favore i suoi buoni ufficj; ma quando vide l'animosità della signoria, più non osò di rivederli. Egli risentì e manifestò fors'anche in un modo troppo veemente la sua profonda indignazione pel colpevole abuso che si faceva della sua parola: il senato non sapeva soffrire i rimproveri de' suoi militari, e Galeazzo morì dopo poche settimane[118].
All'indomani i due principi di Carrara furono introdotti avanti alla signoria; essi gittaronsi alle ginocchia del doge Michele Steno, che li rialzò e li fece sedere uno alla sua destra e l'altro a sinistra. Il doge ricordò loro che la repubblica gli aveva ajutati a ricuperare Padova da Giovan Galeazzo, e rimproverò loro la propria ingratitudine, ma senza amarezza. I Carrara non risposero a questi rimproveri che chiedendo grazia e misericordia[119]. Furono non pertanto mandati in prigione, ove trovarono Giacomo da Carrara il secondo figlio di Francesco, il quale dopo essere stato arrestato a Verona cinque mesi prima, nulla aveva potuto sapere intorno alla sorte della sua famiglia, e che non aspettavasi di vederla riunita in così funesto soggiorno. L'istante in cui gli sventurati principi si riconobbero, cavò le lagrime agli stessi carcerieri.
La signoria non si affrettò di decidere la sorte dei principi da Carrara. Il consiglio dei pregadi aveva nominato il 24 dicembre cinque commissari per formare il loro processo e per rilegarli nel luogo che troverebbero più conveniente. Ma Jacopo del Verme, che trovavasi in allora al servigio dei Visconti, e che odiava mortalmente i Carrara, recossi espressamente a Venezia per isvegliare contro di loro la diffidenza del consiglio dei dieci. «I Carrara, egli disse, furono un'altra volta spogliati dei loro stati, e furono un'altra volta prigionieri presso i loro vincitori; ma si rialzarono da questo abbassamento per diventare più che mai formidabili ai loro vicini. La loro attività, i loro talenti, e più di tutto l'odio implacabile onde erano animati loro procacciarono alleati, armi e soldati. I loro antichi sudditi si ribellarono nel 1390 per riporli sul trono. È facile lo scorgere che quest'amore de' Padovani pei loro principi vive ancora, allorchè si considerano tutti i patimenti che soffrirono senza lagnarsene nell'ultima guerra. L'odio ereditario del Carrara contro Venezia è d'assai anteriore alla guerra di Chiozza; trent'anni di nimistà e di vicendevoli ingiurie lo cimentarono in modo da farne la loro dominante passione. Per tenere in dovere uomini animati da un così fatto odio, da un tale desiderio di vendetta, non havvi altra sicura prigione che quella del sepolcro.»
Il consiglio dei dieci chiamò il processo al suo tribunale e decretò la morte dei Carrara. Il 16 gennajo del 1406 il confessore del signore di Padova andò ad annunciargli in prigione la sua sentenza ed a disporlo alla morte. Francesco, dopo avere dato un primo sfogo al suo sdegno, gittossi a' piedi del monaco per confessare divotamente i suoi falli, e ricevere da lui la comunione. Si fu appena ritirato il confessore, che due capi del consiglio dei dieci e due capi della quarantia entrarono nella prigione con venti carnefici. Francesco da Carrara, che non voleva riconoscere l'autorità del tribunale che lo condannava, nè lasciarsi scannare come una vittima, preso il suo sgabello di legno, il solo mobile che si trovasse in quella prigione, s'avventò contro i suoi uccisori. Oppresso da tanta gente si difese alcun tempo valorosamente, ma all'ultimo rovesciato al suolo, e tenuto per le mani e pei piedi venne strozzato da Bernardo Priuli colla corda d'una balestra[120]. All'indomani fu sepolto onorevolmente nella chiesa di santo Stefano degli Eremitani. Francesco Novello (dice il Gataro, suo storico e suo amico) era di mediocre grandezza e di belle proporzioni, sebbene alquanto grosso. Bruno era il suo volto e piuttosto severo, elegante il suo discorso, il suo carattere dolce e misericordioso, vaste le sue cognizioni, ed eroico il suo coraggio[121].»
Il giorno seguente lo stesso confessore andò a portare ai figliuoli Carrara l'ordine di prepararsi alla morte. Teneramente si abbracciarono, e ricevettero assieme la comunione; indi Francesco Terzo fu condotto il primo al luogo ov'era stato strozzato suo padre, e vi perì nella stessa maniera per mano di Bernardo Priuli; vi fu poi condotto Giacomo, il quale dopo avere raccomandato a Dio l'anima di suo padre, del fratello e la propria, scrisse a sua moglie Belfiore da Camerino per consolarla nella sua disgrazia, e tese la testa al laccio.
Francesco, che al battesimo aveva ricevuto il nome di Terzo perchè era destinato ad essere di quel nome il terzo signore di Padova, aveva quando morì trentun'anni. Era grande della persona, ma portava la testa bassa; era bruno ed alquanto losco dell'occhio destro. Era, secondo Gataro, un valoroso e saggio cavaliere, ma inclinato alla crudeltà, alla collera, alla vendetta. Suo fratello Giacomo contava ventisei anni; aveva un'elegante figura, una dolce fisonomia, un cuore dolce e compassionevole, e il suo discorso gli acquistava gli animi. A queste qualità, che lo rendevano a tutti caro, aggiugneva l'ereditario valore della sua famiglia[122].
Restavano tuttavia in Firenze due legittimi figli di Francesco da Carrara. La signoria di Venezia fece pubblicare a suono di tromba che accorderebbe un premio di quattro mila fiorini a colui che le darebbe in mano vivi l'uno o l'altro di questi principi, e tre mila a colui che gli ucciderebbe. Questo premio promesso al delitto non sedusse verun assassino. Ma i figli legittimi della casa di Carrara perirono senza prole. Ubertino il primogenito morì a Firenze di naturale malattia, il 7 dicembre del 1407, in età di diciott'anni[123]. Suo fratello Marsiglio dopo avere molti anni servito Filippo Maria duca di Milano, il 6 marzo del 1435 fece un tentativo per rientrare in Padova e ricuperare la sovranità de' suoi maggiori. Ma la trama formata dai suoi partigiani venne scoperta, e mentre Marsiglio fuggiva con piccolo seguito, fu fermato e condotto a Venezia, ove il consiglio dei dieci lo fece decapitare il 24 marzo del 1435[124].