Esposto agli attacchi di un formidabile conquistatore che gli aveva tolti quasi tutti gli stati, fece uso per avere danaro de' mezzi inventati dai suoi predecessori, ma perfezionò forse questo traffico spirituale, ed accrebbe in modo le entrate di santa chiesa, da meritarsi l'accusa di simonia che gli fu data. Impiegò poi il danaro che aveva con tali mezzi raccolto, e si pretese che lo moltiplicasse colla più scandalosa usura[296]. Rispetto ai suoi costumi furono certo poco severi, come quelli di tutta la sua corte; ma non deve facilmente credersi che nella sola Bologna abbia avuto dugento amiche, come lo attestò Teodorico di Niem[297], o che abbia sedotte trecento religiose, come leggevasi in uno degli articoli dell'accusa datagli innanzi al concilio[298].
Avendo Giovanni XXIII deputato il cardinale Isolani a prendere possesso di Roma, partì egli medesimo da Bologna il primo ottobre, prendendo la strada di Costanza. Desiderava di procurarsi in vicinanza di questa città qualche potente protettore, e lo trovò: Federico, duca d'Austria, gli si fece incontro fino a Trento, l'accompagnò a traverso al Tirolo, e fece con lui stretta alleanza, promettendo di dargli sicuri mezzi per allontanarsi da Costanza, qualunque volta lo desiderasse[299]. Giovanni XXIII entrò in questa città il 28 ottobre con nove cardinali di sua ubbidienza, ed il 5 di novembre fece l'apertura del concilio. A tale epoca l'assemblea non era ancora molto numerosa, perchè l'imperatore Sigismondo era stato a ricevere la corona germanica ad Aquisgrana, ed i prelati dell'ubbidienza di Giovanni XXIII, che recaronsi i primi al concilio, non erano per anco tutti riuniti; ma la politica, la divozione, la curiosità chiamavano ogni giorno nuovi viaggiatori a Costanza, e vi si contarono in certi tempi fino a cento mila forastieri, tra i quali trovavansi i più distinti personaggi di tutto il cristianesimo[300].
Oltre i cardinali, gli arcivescovi e vescovi, molte altre persone, ecclesiastiche e laiche, dovevano prendere parte alle deliberazioni; molti abati, semplici preti e dottori di teologia eranvi stati chiamati, come pure i deputati degli ordini religiosi e militari, e gli ambasciatori dei re, dei principi e delle repubbliche. Tra i subalterni grandissimo era il numero di coloro ch'erano addetti alla corte di Roma; e se si fossero presi i suffragi per teste, ritenendoli tutti come eguali, gli uditori, gli scrittori ed i procuratori del papa e dei cardinali avrebbero reso padrone delle deliberazioni Giovanni XXIII. Per evitare tale inconveniente risolse il concilio di prendere i suffragi non per testa ma per nazioni. Si divise così il concilio in quattro camere, tedesca, italiana, francese ed inglese, e più tardi vi si aggiunse la spagnuola. Ogni nazione deliberava a parte, ed il suo presidente nelle pubbliche sessioni dava in nome di tutti il suo assenso ai decreti della Chiesa[301].
Il concilio di Costanza era stato indicato come una continuazione di quello di Pisa, ed avendo quest'ultimo deposti Benedetto XIII e Gregorio XII, sperava Giovanni XXIII, che la cristianità in una più numerosa e più solenne adunanza confermerebbe la deposizione de' suoi rivali, e lo riconoscerebbe pel solo pastore della Chiesa. Ma non tardò ad avvedersi, che i deputati del concilio e l'imperatore Sigismondo, suo protettore, erano da tutt'altro sentimento animati. Erasi la Spagna conservata sotto l'obbedienza di Benedetto XIII, ed alcune province dell'Italia e della Germania ubbidivano a Gregorio XII, onde lo scisma non trovavasi affatto spento, e non poteva esserlo che col mezzo di mutui sagrificj. I padri adunati domandarono che i tre concorrenti abdicassero la loro dignità, e Giovanni XXIII, che trovavasi nel loro seno, fu costretto, il primo marzo del 1415, a promettere che ne darebbe l'esempio ai suoi rivali[302]. Si trovò per altro ben tosto, che la sua dichiarazione non era abbastanza esplicita, si andò sofisticando intorno alle condizioni ed all'epoca della cessione, in modo che sentendo tutta l'estensione della dipendenza cui era ridotto, invitò il duca d'Austria a mantenergli la data fede, e ad ajutarlo a ritirarsi. In fatti fuggì il 21 marzo del 1415 sotto mentito abito di palafreniere, mentre tutta la città era intervenuta ad un torneo in cui l'arciduca d'Austria combatteva col conte di Cilley. Quando il duca fu avvisato della partenza del papa, gli tenne dietro e lo raggiunse a Sciaffusa[303].
Il concilio fu per pochi giorni dubbioso, se per tale fuga dovesse sciogliersi. Tutti i cardinali seguirono il papa, e Giovanni di Nassau, elettore di Magonza, ed il Margravio Bernardo di Baden ed il potente duca d'Austria erano apparecchiati a prendere le sue difese. Un movimento repubblicano nel concilio, il quale dichiarò, che poichè trovavasi costituito, era indipendente dal papa; il vigore di Sigismondo, che mise subito Federico d'Austria al bando dell'impero; e più di tutto l'animosità de' Bernesi, che avidamente colsero quest'occasione per muovere guerra al loro ereditario nemico, assicurarono la vittoria del concilio contro il capo della Chiesa. Giovanni XXIII all'intimazione di tornare a Costanza rispose che conservavasi disposto a rendere la pace alla Chiesa rinunciando al pontificato[304]; ma intanto tentò con varie lettere di eccitare la diffidenza contro l'imperatore, e di seminare la dissensione fra le nazioni. I cardinali, che l'avevano seguito, ubbidirono tutti al concilio, e tornarono a Costanza; ogni piccolo signore del vicinato, ogni città del Reno o della Svevia dichiararono la guerra a Federico, ed in poco tempo furono tolte alla casa d'Austria settanta tra città e castelli[305]. I Bernesi conquistarono l'Argovia; la lega elvetica, cedendo alle istanze dell'imperatore, mosse ancor essa le armi contro Federico, ed in breve Federico, ch'erasi rifugiato col papa a Friburgo nella Brisgovia, si smarrì di coraggio, e tornò a Costanza per sottomettersi a Sigismondo ed al concilio[306].
Il nuovo elettore di Brandeburgo, Federico, burgravio di Norimberga, cui l'imperatore aveva di fresco promesso il cappello elettorale[307], andò a cercare il papa, e lo ricondusse a Rodolfzell, presso Costanza: tre giorni prima, cioè il 14 maggio, Giovanni era stato con decreto conciliare sospeso da tutte le sue funzioni[308]. Intanto era stata contro di lui formata una scrittura d'accusa divisa in settanta articoli, nella quale venivano ad uno ad uno epilogati tutti gli errori della sua prima gioventù, appoggiandoli alle deposizioni di molti cardinali, arcivescovi e vescovi, e così grande era il numero delle subornazioni, delle violenze, degli adulterj, degli incesti ed altri più odiosi vizj, che la vita d'un solo uomo non sembra poter bastare a tanta corruzione[309]. Giovanni XXIII non volle nè meno vedere l'atto d'accusa; dichiarò di sottomettersi interamente al concilio, di ricevere con rispetto ed ubbidienza la sentenza della sua deposizione, e che si riputerebbe felice, se poteva rendere la pace alla Chiesa col sagrificio della libertà e dell'onor suo. In fatti fu deposto il 29 maggio nella 12.ma sessione del concilio e chiuso nel castello di Gottleben, posto nelle vicinanze di Costanza[310].
La deposizione di Giovanni XXIII era un gran passo fatto per la riunione della Chiesa: Gregorio XII, che aveva ostinatamente resistito al concilio di Pisa, pensava finalmente a sottomettersi a quello di Costanza, perciocchè il piccolo numero de' settatori che gli si erano conservati fedeli dopo l'elezione d'Alessandro V, si andavano riunendo al concilio, e mostravansi al tutto disposti ad abbandonarlo. Spedì dunque Carlo Malatesta, signore di Rimini, suo principale protettore, a Costanza, con facoltà d'abdicare per lui il pontificato, ma senza riconoscere i due pontefici ed i due concilj, contro i quali aveva fin allora lottato. Nella 14.ma sessione, tenuta il 14 luglio 1415, e preseduta dall'imperatore, il vescovo di Ragusi, legato di Gregorio XII, convocò di nuovo l'assemblea, onde darle in nome del suo papa l'esistenza e l'autorità d'un concilio[311]. In appresso Carlo Malatesta lesse una bolla colla quale Gregorio XII rinunciava al pontificato. Questi riprese in allora da sè medesimo il nome d'Angelo Corario, ed i titoli di cardinale e di vescovo di Porto, e morì in Recanati il 18 ottobre del 1417 in età di novant'anni[312].
Per ispegnere affatto lo scisma altro più non restava a farsi, che ridurre Benedetto XIII a fare una simile cessione; ma questo ostinato vecchio veniva ancora riconosciuto come papa dai re di Arragona, di Castiglia, di Navarra e di Scozia, e dai conti di Foix e d'Armagnacco. Altronde egli pretendeva che il suo diritto al pontificato si fosse omai reso incontrastabile, poichè egli era il solo di tutti i cardinali, creati avanti l'origine dello scisma, che ancora vivesse, di modo che se illegittimi erano tutti coloro che succedettero a Gregorio XI, e s'egli non era papa, aveva solo il diritto di eleggerlo. Sigismondo, ch'era vago di viaggiare, partì alla metà di luglio alla volta di Perpignano, ov'era aspettato dal re d'Arragona e da Benedetto XIII. Ma quest'ultimo, dopo aver parlato sette ore continue per dimostrare i suoi diritti e le sue pretese, offrì di rinunciare al papato sotto inammissibili condizioni, perciocchè non chiedeva meno che di annullare il concilio di Pisa, di chiudere quello di Costanza, adunandone un altro in un luogo di sua ubbidienza, nel quale darebbe la sua dimissione dopo avere egli medesimo eletto un altro papa[313]. Bentosto temette o finse temere di essere arrestato, e fuggì coi suoi cardinali a Collioure, di dove passò a chiudersi nella fortezza di Paniscola, protestando essere questo castello l'arca di Noè, ove solo contenevasi la vera chiesa, mentre che il rimanente del mondo era caduto nello scisma[314].
Vedendo tanta ostinazione la chiesa di Spagna si separò da Benedetto XIII, e risolse finalmente di riunirsi al concilio di Costanza, ma a condizioni non dissimili da quelle che aveva proposte Gregorio XII. Gli Spagnuoli convocarono il concilio di Costanza come se fino alla loro unione non avesse mai esistito, e quest'assemblea ricevette in tale maniera l'adesione de' cristiani conservatisi sotto l'ubbidienza di Benedetto XIII, come aveva ricevuta quella degli altri due papi[315].
La morte di Ferdinando, re d'Arragona, le pratiche di Benedetto XIII, ed il viaggio di Sigismondo in Inghilterra per pacificare questo regno colla Francia, ritardarono il processo che il concilio voleva intentare contro Benedetto XIII; e soltanto nella 37.ma sessione, tenuta il 26 luglio del 1417, questo vecchio fu dichiarato non antipapa, ma deposto per avere colla sua ostinazione prolungato lo scisma con grave danno della cristianità. E per tal modo la santa sede si rese all'ultimo vacante per la deposizione di due papi, e per la volontaria abdicazione del terzo[316].