Tosto che seppesi in Roma la risposta di Lodovico XII, il giorno 5 di ottobre si pubblicò solennemente nella chiesa di santa Maria del popolo una confederazione tra il papa, il re cattolico ed il senato di Venezia. Dichiaravano i confederati che gli oggetti della loro alleanza erano: l'unione della Chiesa, minacciata d'uno scisma dal conciliabolo di Pisa; la restituzione alla santa sede di Bologna e di ogni altro feudo, che mediatamente o immediatamente poteva appartenerle, volendo indicare con queste parole lo stato di Ferrara; per ultimo la cacciata dall'Italia con una potente armata di chiunque s'opporrebbe a questo doppio oggetto, vale a dire del re di Francia. Per formare quest'armata il papa prometteva quattrocento uomini d'armi, cinquecento cavaleggieri e sei mila fanti; la repubblica di Venezia ottocento uomini d'armi, mille cavaleggieri ed otto mila fanti; il re d'Arragona mille dugento uomini d'armi, mille cavaleggieri, e dieci mila fanti spagnuoli. Ma ritenendosi il contingente dell'ultimo come sproporzionato alle sue finanze, il papa ed il senato si obbligavano a pagargli ciascheduno venti mila ducati al mese, finchè durerebbe la guerra. L'armata della lega doveva essere comandata da don Raimondo di Cardone, Catalano, vicerè di Napoli. Una flotta, di dodici vascelli catalani e di quattordici veneziani, doveva nello stesso tempo portare la guerra sulle coste della Francia. Tutti quei paesi conquistati dai confederati, che in addietro avessero appartenuto ai Veneziani, dovevano essere loro restituiti. L'imperatore ed il re d'Inghilterra potevano, ove lo desiderassero, essere ricevuti in quest'alleanza. Il papa aveva stipulata questa riserva a favore del primo colla fortuita speranza di staccarlo dalla Francia; ed il cardinale di Yorck, ambasciatore del secondo, ed uno de' negoziatori della lega, non avendo ancora ricevute le opportune istruzioni per sottoscrivere, aveva domandata la stessa riserva pel suo padrone[155].

Fatta quest'alleanza, Giulio II trattò con maggior rigore i prelati disubbidienti. Passato il termine del monitorio, il 24 ottobre dichiarò in concistoro decaduti dalla loro dignità, e soggetti a tutte le pene dalla chiesa inflitte agli eretici ed agli scismatici, i cardinali di santa Croce, di san Malò, di Cosenza, di Bayeux. Pubblicò poi un altro monitorio contro il cardinale di Sanseverino, che aveva risparmiato fin allora, e fulminò l'interdetto e le scomuniche contro i Fiorentini, che avevano permessa ne' loro stati l'adunanza di un conciliabolo scismatico[156].

Il concilio che tanto irritava il papa, era stato convocato per il primo giorno di settembre; ma a tale epoca non eransi presentati a Pisa che un commissario dell'imperatore, uno del re di Francia ed un ecclesiastico, a nome di alcuni prelati ed abati. Questi tre personaggi chiesero la licenza de' magistrati fiorentini, i quali dichiararono di avere ordine di non prendere parte nelle loro operazioni. In appresso i commissarj si recarono alla chiesa cattedrale, ove fecero cantare la messa dello Spirito Santo e le litanie per l'apertura del concilio; immediatamente dopo la quale ceremonia tutti i preti italiani, che si trovavano a Pisa, si ritirarono dalla città per non trovarsi avvolti nell'interdetto fulminato dal papa contro tutti i luoghi in cui si adunerebbe il concilio[157].

I Fiorentini avevano accordata la loro città di Pisa per la celebrazione del concilio, persuasi che, procedendo d'accordo il re di Francia e l'imperatore di Germania, l'assemblea de' vescovi di queste due nazioni sarebbe abbastanza numerosa per inspirare rispetto alla Cristianità e timore al papa. Si trovarono però assai sconcertati, quando videro che il concilio cominciava con tre sole persone, tanto più quando seppero che non si era posto in cammino un solo prelato tedesco, e che i ventiquattro vescovi francesi, che per ordine del re avevano abbandonato le loro diocesi, procedevano assai lentamente e con estrema ripugnanza. Nè il clero italiano si pronunciava anticipatamente contro il concilio con minor forza; di modo che vedevasi impossibile che un'assemblea aperta con tali auspicj acquistasse giammai qualche credito. D'altra parte le censure del papa, le minacce di confisca, la nomina del cardinale dei Medici alle legazioni di Perugia e di Bologna, inspiravano un altissimo terrore alla repubblica. I decemviri della libertà e della balìa il 10 dicembre spedirono il Macchiavelli ai cardinali, che si erano trattenuti a san Donnino, ed al re di Francia, per dissuaderli dal tenere il concilio in Pisa, e persuaderli a trasferirlo in altra città, se non riputavano cosa ancora più conveniente lo scioglierlo e rappacificarsi col papa[158].

Ma il Macchiavelli altro non potè ottenere dal re, che di trasferire il concilio in un'altra città, dopo che avrebbe tenute a Pisa le prime due o tre sessioni. I quattro cardinali non osavano avventurarsi a Pisa senza la protezione di una guarnigione francese; ed i Fiorentini si mostravano difficili a riceverla. All'ultimo i cardinali arrivarono a Pisa con alcuni prelati il primo giorno di novembre. Vollero adunarsi nella cattedrale, ma il popolo ammutinato non vi acconsentì. Recaronsi successivamente ad alcune altre chiese, che furono loro similmente chiuse; finalmente si stabilirono a stento nella chiesa di san Michele per cantarvi la prima messa[159].

I cardinali ed i prelati francesi erano giunti a Pisa protetti da una guardia di cinquanta arcieri, comandati da Odetto di Foix, signore di Lautrec, e da Chatillon; ma, sebbene questa guardia fosse un oggetto di gelosia pei Fiorentini, non era però sufficiente a far rispettare i prelati in Pisa, nè a porli in salvo da un insulto per parte di Roma. Il clero italiano mostrava per loro una smisurata avversione, ricusando loro tutti gli arredi delle chiese, onde non li profanassero; ed il popolo gl'insultava per le strade con amare invettive. Essi medesimi operavano contro la propria coscienza, per quella deferenza verso l'autorità reale che fu così frequentemente la sola conseguenza delle libertà riclamate dalla chiesa gallicana contro la santa sede. Essi desideravano che loro si offrisse qualche motivo di abbandonare una città, ove trovavansi così a disagio, ed approfittarono di un'occasione che male si conveniva alla dignità della loro assemblea. Essendo nata contesa il 13 di novembre tra i loro servitori ed alcuni giovani pisani a cagione di certe prostitute, gli arcieri accorsero in ajuto dei primi, e tutto il popolo in ajuto de' giovani pisani: Lautrec e Chatillon furono feriti nella mischia mentre cercavano di separarli, e, sebbene per le cure loro e degli ufficiali fiorentini si calmasse il tumulto, all'indomani i cardinali abbandonarono Pisa, dopo avere intimata la loro riunione a Milano[160].

La fuga da Pisa de' padri del concilio ammansò alquanto Giulio II contro il gonfaloniere Soderini, e rallentò l'esecuzione de' progetti che formati aveva per levargli la suprema magistratura della repubblica; tanto più che Pandolfo Petrucci gli rappresentò, che, attaccandolo a forz'aperta, avrebbe messe a disposizione della Francia tutte le forze dei Fiorentini, che di presente altro non chiedevano che la neutralità. Giulio, senza portare la guerra nello stato fiorentino, lasciò che avessero libero corso le pratiche del cardinale de' Medici, che egli aveva ravvicinato ai confini della repubblica confidandogli le legazioni di Perugia e di Bologna[161].

Durante la sua amministrazione il gonfaloniere Soderini aveva perduti alcuni suoi partigiani, e si erano accresciuti quelli de' Medici in tempo del loro esilio; o fosse a motivo della naturale disposizione dei popoli di desiderare il tempo passato, che hanno veduto colle illusioni della gioventù, e di perdere più facilmente la memoria de' mali che quella de' beni, sebbene sentano i primi con maggiore vivacità quando sono presenti; o fosse perchè la prudenza del gonfaloniere accompagnata alle volte della debolezza, eccitando l'invidia senza temperarla col timore; o fosse finalmente perchè il cardinale de' Medici aveva ottenuto con molta accortezza e prudenza di cancellare l'animosità eccitata da suo fratello Piero. Egli erasi in ogni occasione mostrato in Roma il protettore de' Fiorentini, manifestando la stessa benevolenza verso coloro che avevano operato contro la sua famiglia, come verso quelli che le si erano mantenuti attaccatissimi. Ascriveva la nimicizia de' primi agli sgraziati errori di suo fratello, e voleva che la memoria loro rimanesse spenta colla di lui morte[162].

Il gonfaloniere, che vedeva avvicinarsi il turbine, non voleva in verun modo, per mettere la repubblica in istato di difesa, chiedere al popolo nuove contribuzioni, onde non fare maggiore il malcontento di lui. Giudicò adunque più conveniente di far portare ai soli ecclesiastici le spese di una guerra eccitata dagli stessi ecclesiastici. Domandò al clero fiorentino una sovvenzione di cento mila fiorini, da pagarsi in quattro termini. Tale somma doveva poi restituirsi ai sovventori entro l'anno, se non vi era guerra colla Chiesa, entro cinque, se la guerra scoppiava. Si ottenne con difficoltà l'approvazione dei consiglj per questo prestito; perciocchè in ogni famiglia trovavasi un prete, che, per difendere le proprie entrate ed i suoi beneficj, faceva valere le censure ecclesiastiche, e tratteneva i suffragj de' suoi parenti[163].