Сами власти были сконфужены и потрясены. Филонову было вмѣнено въ обязательство печатно отвѣчать на письмо Короленки. Филоновъ не успѣлъ написать отвѣта, такъ какъ на завтра, послѣ губернаторскаго требованія, былъ настигнутъ местью неизвѣстнаго террориста,-- убитъ на улицѣ выстрѣломъ изъ револьвера. Эта быстрая расправа положительно обрадовала, реакціонную печать, такъ какъ дала ей, несмотря на потерю важнаго черносотенца, прицѣпку, чтобы выставить В. Г. Короленко якобы подстрекателемъ къ убійству Филонова. Г. Шульгинъ не постыдился хватить эту клевету даже съ трибуны Государственной Думы. Возникло уголовное дѣло, цѣлый годъ В. Г. Короленко прожилъ подъ слѣдствіемъ. Состряпано было подложное "посмертное" письмо отъ имени убитаго Филонова, которое В. Г. Короленко, въ результатѣ систематическаго разслѣдованія, опредѣлилъ тройственною характеристикою:
"Фактическая часть этого отвѣта -- явная неправда!
Публицистическая -- наивнѣйшая инсинуація.
Нравственная -- подлогъ отъ имени мертваго собрата!"
Дѣло, какъ извѣстно, было прекращено за выясненіемъ совершенной правоты В. Г. Короленко и подтвержденіемъ обличенныхъ имъ безобразій покойнаго Филонова. По свидѣтельству самого В. Г. Короленко, виновникомъ смерти Филонова считали его не только враги, но и нѣкоторые друзья.
"На другой день послѣ убійства Филонова ко мнѣ прямо изъ земскаго собранія явился крестьянинъ, мнѣ незнакомый, и съ большимъ участіемъ сообщилъ, что случайно слышалъ въ собраніи разговоръ какого-то чиновника съ кучкой гласныхъ. Чиновникъ сообщилъ, будто состоялось уже постановленіе объ арестѣ писателя Короленко. И мой незнакомый посѣтитель пришелъ, чтобы предупредить меня объ этомъ.
Я поблагодарилъ его и затѣмъ спросилъ:
-- Послушайте, скажите мнѣ правду. Неужели и вы и ваши думаете, что я, дѣйствительно, хотѣлъ убійства, когда писалъ свое открытое письмо?
Онъ уже прощался и, задержавъ мою руку въ своей мозолистой рукѣ и глядя мнѣ прямо въ глаза, отвѣтилъ съ тронувшимъ меня деликатнымъ участіемъ:
-- Я знаю... и много нашихъ знаетъ, что вы добивались суда. А прочіе думаютъ разно... Но...