В то время, как Новгород собирался отложиться от Руси и призвал к себе литовского князя Михаила Олельковича, с ним приехал в Новгород жид Схария. Этот Схария поселился в Новгороде и занялся торговлею. Так как в то время весами на базарах распоряжалось духовенство, то он познакомился с несколькими священниками и диаконами. Он был очень умен, а новые знакомые его были в вере нетверды, и стал он сбивать их с толку: говорил им, что Христос был человек, что Троицы Святой нет и всякие такие ереси. Чтобы больше привлечь к себе народа, еретики с виду казались благочестивыми и только тех учили по-своему, в ком видели склонность. Когда в 1480 году Иван Васильевич посетил Новгород, двое еретиков, Дионисий и Алексей так понравились великому князю, что он взял их с собою в Москву и сделал Дионисия священником в Архангельском соборе, а Алексея в Успенском. В Москве они нашли новых учеников и сама Елена очень полюбила ересь; пристал также к ереси симоновский архимандрит Зосим. В Новгороде тем временем архиепископом сделался Геннадий. Некоторые еретики с-пьяна проболтали о своем учении. Геннадий написал в митрополиту, а митрополит не счел этого важным. Умер митрополит Геронтий, Иван Васильевич сделал митрополитом Зосиму, не зная, что и он еретик, не знал этого и Геннадий и написал к нему письмо. Зосима как ни хотел защитить своих, но дело пошло в огласку, собрали собор, который и проклял еретиков. Но тайные еретики все-таки оставались и привлекали к себе новых учеников. Геннадий не знал что делать, стал искать помощника и нашел преподобного Иосифа Волоцкого.
Иосиф был из богатого семейства, но рано возлюбил жизнь монастырскую, потому что его на восьмом году отдали учиться грамоте в Крестовоздвиженский монастырь, в Волоколамске. В год он выучился хорошо читать и писать, и прилепился к чтению. До 20-ти лет он провел в монастыре бельцом и потом пошел искать монастыря постричься и обратился к св. Пафнутию Воровскому, строгому подвижнику. Здесь он постригся. Строгому старцу понравился молодой человек по его ревности к делам благочестия. Умирая, Пафнутий назначил его по себе игумном. Одно только не нравилось Иосифу в монастыре Боровском: старцы работали вместе, но что получали за работу, то каждый берег у себя. Задумал Иосиф завести в монастыре общежитие. Старцам это не понравилось. Нашлись только немногие, которые согласились с игумном. Тогда Иосиф тайно ушел из обители и пошел по разным монастырям, не выдавая своего имени и высматривая какие где правила общежития. Те, кто не любил его, хотели было назвать нового игумна; но великий князь запретил это. Когда Иосиф воротился, то опять созвал монахов и опять говорил о том, что надо ввести общежитие. Сильно заспорили с ним иноки и он, взяв тех, на которых надеялся, ушел с ними в Волоколамск, где и основал новый монастырь; в этом монастыре завел строгое общежитие. Сам подавал пример во всех трудах, а деньги, которые были в монастыре, шли на бедных.
Строгий старец с любовью поспешил па призыв Геннадия. Много он говорил великому князю об еретиках и Зосима был сведен с митрополичьего престола: но еретики не успокоились; за них сильно стояла Елена. Когда Дмитрий был назначен наследником, еретики опять подняли голову. Тут-то - говорят - удалось Иосифу помочь Софье и Василию Ивановичу; но хотя Елену с сыном заточили, и многих бояр казнили, все-таки еретики были так сильны, что им удалось оклеветать Геннадия и лишить его сана. Только при Василье Ивановиче собран был новый собор, на котором еретиков опять прокляли и некоторых казнили. Тогда думали, что это лучшее средство против ереси; забывали только, что никогда оно не удавалось: еретики скрываются, а не обращаются; только проповедью можно заставить человека отказаться от ереси.
Пока в Москве творились все эти дела, война с Литвою опять возобновилась. Иван Васильевич жаловался, что у дочери его не было церкви, как ей обещали, и что православным дурно жить в Литве. И точно, когда татары убили киевского митрополита Макария, Александр сделал митрополитом смоленского епископа Иосифа, который не горячо стоял за православие и, говорят, сам сносился с папою: "Что делается в Литве? - писал великий князь Иван Васильевич к зятю - строят латинские божницы в русских городах; отнимают жен у мужей, детей у родителей и силою крестят в закон римский. Это ли называется не гнать веры?" Оттого многие князья русские, которые еще держались за литовского великого князя, переходили к московскому; перешли даже внуки Шемяки и его верного помощника, князя Ивана Андреевича Можайского. Тогда Иван Васильевич объявил зятю войну и послал в Литву две рати: ко Мценску (Орловской губернии) и Серпейску (Калужской) с царем казанским Магметь-Амкнем; а другую с боярином Захарьиным (праотцем даря Михаила Федоровича Романова) и князем Даниилом Щенею - к Дорогобужу (Смоленской губернии). Города один за другим сдавались русским воеводам. Когда князь Щеня пришел к Дорогобужу, он стал на реке Ведроше, на широком поде. Против него большое литовское войско вел князь Константин Острожский. Лишь только пришли литовские войска, часть войск московских отступила за реку, чтобы заманить. Началась битва; долго одно войско не уступало другому; вдруг вышел из засады московский отряд, стоявший за лесом, и кинулся на неприятеля. Литовцы побежали; более восьми тысяч легло на месте. Сам Острожский с знатнейшими воеводами взят в плен и свезен в Москву. Радостно отпраздновал великий князь такую победу и послал спросить воевод о здоровье (в старину это было большою наградою).
Тяжко было Александру вести войну с Иваном Васильевичем даже и тогда, когда по смерти брата (1501 г.) сделался он королем польским, и тяжело было потому, что большая часть из православных, покоренных Литвою, радели московскому православному государю, так-как епископ Виленский Табор выпросил себе у лапы право смертью казнить еретиков (так они называют православных). Стал тогда Александр искать себе союзников на стороне: первым был брат его Владислав, король чешский и венгерский (обе эти земли теперь за австрийским императором), но он помогал только тем, что присылал послов к Ивану и старался помирить его с братом. Искал Александр помощи у детей Ахмата, бывшего царя саранского, да Менгли-Гирей разорил и последние остатки Сарая. Больше всего помогли Александру немцы ливонские. Давно, как мы видели, немцы дрались со псковичами; так было и при Кване Васильевиче. Попросили псковичи его защиты, он послал рать и сильно опустошила она Ливонскую Землю. Смирились немцы и заключили мир. Но этим они не унялись и сожгли в Ревеле одного русского; а когда русские жаловались на это, отвечали: "Мы сожгли бы и вашего великого князя, если бы он сделал то же" и много других обид чинили русским. Рассердился Иван Васильевич и велел выгнать из Новгорода всех немецких купцов. Это было в 1495 году. Поняли немцы, что мстить еще не время: тогда великий князь был в союзе с Литвою и до норы смирились. Когда же началась война с Литвою, немцы захватили псковских купцов и пошли к Изборску (Псковской губернии). Здесь они разбили псковичей, но вдруг заболел их магистр (так звали главного начальника рыцарей, которые были и воинами, и монахами; начальник у них был выборный пожизненно). Болезнь начальника заставила их возвратиться назад. Тогда Иван Васильевич послал в Ливонию князя Даниила Щеню. Князь Данило разорил все вокруг Дерпта и близ Гельмста (перновского уезда, Лифдяндской губернии) и так разбил немцев, что "не осталось и вестоноши" - говорит летописец, - москвичи и татары не саблями светлыми рубили поганых, а били их, как вепрей, шестопёрами" (шестопёр стальная, железная, а иногда золотая или серебряная палка с таким же набалдашником; на нее же опирались и держали ее в руках).
Еще раз попробовал магистр напасть на Россию, подошел к самому Пскову, но должен был ни с чем воротиться. Пока русские били немцев, Стефан, воевода молдавский, отец невестки Ивана Васильевича, Елены, разорял землю Галичскую, которая тогда была за Польшею и тем мешал Александру собрать все войска на русской границе.
Война кончилась в 1503 году и заключено было перемирие на шесть лет, по которому великий князь оставил за собою всех тех князей, которые ему покорились; а немцы дерптские должны были платить дань, которую некогда платил Дерпт. Город этот был построен великим князем Ярославом и назван Юрьев; по в смутное время уделов немцы завладели этой исстари Русской Землей.
Сильные перед Литвою, великий князь Иван Васильевич распоряжался Казанью по своей воле: в 1496 году, когда казанцы жаловались на Магмет- Аминя, он его вывел из Казани и на его место посадил брата его Абд-ул-Латифа. Не угодил ему Абд-ул-Латиф и он опять призвал Магмет-Аминя. Жене царя казанского было неприятно, что он подчинился государю русскому и стала она говорить своему мужу: "Перебей всех русских, которые в Казани; сделаешь это, - много лет пропарствуешь; не сделай, - сведут тебя с бесчестием в заточение, как брата твоего Ильгема". Царь послушал ее совета: иных купцов избил, других ограбил и отослал к ногайским татарам, потом пошел к Нижнему и два дня простоял под городом; а в третий должен был вернуться назад, потому что воевода Хабар Симский созвал на стены всех горожан и даже литовских пленников и велел не стрелять из пушек и ружей по неприятелю. Великий князь не успел послать войска на самую Казань, потону что в октябре 1505 года он умер после сорокатрехлетнего царствования и оставил престол сыну своему Василью. Со времен Ивана Васильевича Россия становится сильною и узнают об ней и ближние, и дальние земли и начинают присылать послов и звать в союзы. При нем обстраивается город Москва. С его времени князья удельные перестают быть независимыми государями, а скоро и совсем исчезнут. Для народа он издал Судебник, т.е. законы, по которым следует судить. Умен и осторожен был великий князь Иван Васильевич: ни за какое дело не принимался он, не обдумав и не осмотрев его; знал он, где искать себе союзников и даром не терял ни людей, ни денег. Конечно тогда были времена суровые, а потому он был строг в своих дедах и речах, и бояре начали его бояться.
Новому государю, великому князю Василию Ивановичу, прежде всего надо было наказать казанцев и послал он в Казань свою рать: на судах - брата своего Дмитрия; а на конях - князя Александра Владимировича Ростовского. Первая пришла рать судовая; Дмитрий вышел на берег и пошел в городу (Волга от Казани в 7 верстах); татары вышли к нему на встречу; а другой татарский отряд стад сзади между ними и рекою, чтобы они не могли возвратиться к судам. Началась сеча, татары победили; много наших попалось в плен; много потонуло в Поганом озере. Князь Дмитрий однако не ушел от Казани, а только послал в Москву сказать о неудаче. Великий князь нарядил на помощь ему князя Холмского и велел сказать, чтобы до прихода его не двигался князь Дмитрий. Тем временем подошел к Казани князь Ростовский. Тогда не стад дожидаться князь Дмитрий прихода Холмского и опять приступил к городу. Вышли против него татары, разбили стан, и, как будто испугавшись русских, побежали, а палатки оставили. Пока русские грабили палатки, татары кинулись на них и разбили их так, что Дмитрий ушел к судам, побросав стенобитные орудия (какие привез с собою). Часть войска пошла берегом к Мурому; погнались за ними татары и были разбиты.
Великий князь собирался отмстить казанцам, только Мегмет-Амин прислал просить о мире, зная, что не всегда удастся бить русских. Согласился великий князь только с тем, чтобы Мегмет-Аминь выпустил прежде захваченных русских: и когда это сделал, мир был заключен.