Вскоре после этого бояре, приятели Шуйских, недовольные тем, что всем правил Бельский, посадили его под стражу, позвали в Москву из Владимира князя Ивана Шуйского. Все это делалось, не спросясь государя, которому тогда было только 12-ть лет. Бояре ворвались даже в комнаты государя, искали там митрополита и не нашли, пошли потом в келью, кидали каменьями в окна. Едва оставили его в-живых, но свели с престола и отослали в Кирилов-Белозерский монастырь; а Бельского сослали в Белоозеро, где через три месяца он был убит. Править начали опять Шуйские. Они так возгордились, что (через два года) взяли из комнат государевых его любимца Воронцова, стали бить его и едва не убили. Сам великий князь просил за него и тогда они пощадили; по все-таки выслали из Москвы. Ивану Васильевичу было уже 14 лет. Надоело ему своеволие боярское и велел он раз своим псарям схватить Андрея Шуйского и вести в тюрьму; на дороге Шуйского убили. Другие их приятели были разосланы но разным городам. С тех пор Иван Васильевич начал править сам; но так как он все-таки был еще молод, то многое делали за него его дядья, князья Глинские. В 1547 году венчался Иван Васильевич на царство и стал с тех пор называться царем и великим князем. Через две недели после царского венчания вступил он в брак с Анастасиею Романовною, из рода Захарьиных. Царицу Анастасию любила вся Россия за ее доброту к бедным и кротость, и когда наступило потом безгосударное время и обуяли Русь иноплеменники и свои разбойники и крамольники, вспомнил народ о кроткой царице и в память ее выбрал на престол Михаила Федоровича Романова, сына ее племянника, митрополита Филарета. С тех пор начал царствовать в России дом Романовых.
Вскоре после свадьбы начались сильные пожары в Москве; горело и в Кремле; сгорел и царский дворец; митрополит едва вышел из храма Успенского с иконою письма Петра чудотворца, и охватило его дымом и жаром; когда он тайником сходил к Москве-реке веревка оборвалась и его едва живого привели в село Новое. В Кремле сгорели монастыри, сгорели деревянные крыши на стене кремлевской; башню, где лежал порох, взорвало; в Китае-городе сгорели все лавки; сгорел и посад. Людей сгорело 1,700 человек. Царь с царицею уехали за Москву реку в село Воробьевой а в Москве недобрые люди стали сваливать пожар на князей Глинских. Народ взволновался; князь Юрий Глинский спрятался в церкве; его вытащили и убили; перебили также много людей Глинских; приходили с криком в Воробьеве и говорили, что во дворце пряталась княгиня Глинская, о которой уверяли, что она колдовством зажгла Москву. Государь велел казнить бунтовщиков.
Когда во время пожара царь был в Воробьеве, к нему пришел священник Благовещенского собора Сильвестр (в Благовещенском соборе венчали царские свадьбы и старший протоиерей благовещенский был царский духовник). Он стад говорить царю, как много зла наделалось в его малолетство и как ему самому следует управлять. Стал каяться царь Иван Васильевич и полюбил особенно Сильвестра, с которым после советовался во всех делах.
Прошло три года, царь уже возмужал, было ему 20 лет; видел он, как много неправды и крамол и ссор, и посоветовался с митрополитом, как все это прекратить и до совету его созвал в Москву из городов людей выборных. В первое воскресенье, когда съехались выборные люди, вышел царь и митрополит со всем духовенством и со святыми крестами и иконами. Взошел царь на Лобное Место и сказал митрополиту: "Молю тебя, святой владыка, будь нам помощник; я знаю, что ты желаешь всякого блага. Остался я после отца своего четырех, а после матери восьми лет; сильные мои бояре обо мне не радели, были самовластны, сами себе почести похищали моим именем и занимались хищением, и обидами, и корыстью. Лихоимцы и хищники! Какой ответ дадите теперь? а я же чист от крови. Ожидайте от меня воздаяние". Потом, оборотясь к народу, сказал: "Люди нам дарованные Богом! молю вас, верьте Богу, а пас любите. Ныне обид и разорений, какие вы понесли от нашей лености и беспомощства и от неправды бояр наших, всех исправить нельзя; а теперь я сам буду судья и оборона, и стану неправду разорять и похищенное возвращать!" Потом подозвал к себе Алексея Адашева и сказал ему: "Алексей!, взял я тебя из нищих потому, что слышал о доброте души твоей. Принимай челобитные у бедных и обиженных, и рассматривай их. Не бойся сильных и славных; все рассматривай с испытанием и нам доноси: бойся только Бога".
Вслед затем царь поручил своим боярам составить новый Судебник, в котором были бы дополнены правила о суде, изданные дедом его. После составления Судебника созвал царь духовенство и на соборе задал сто вопросов о том, как бы исправить разные непорядки в тогдашней духовной жизни. Из ответов на эти вопросы составилась книга Стоглав.
Тем временем в Казани умер Сафа-Гирей; после него осталась вдова царица Сююнбека и двухлетний сын Утемыш-Гирей. Этого-то мальчика казанцы объявили своим царем; были однако и такие, которые послали просить царя в Крым. Не мог допустить в Казани нового царя из крымцев царь Иван Васильевич, и сам собрался войною на Казань; он ходил к Казани год тому назад, но за разливом Волги должен был вернуться; а воеводы его воевали казанцев без успеха. Теперь же царь двинулся зимою (4 ноября 1549 года). Зима была морозная; люди и лошади мерзли; но царь все терпел. Под Казанью сошлось 60,000 войска. Казалось Казан должна быть взята: царь был малолетен; мурзы многие перешли на службу к царю русскому; но казанцы храбро отстаивали свой город: бой тянулся целый день и кончился ничем; а там пошли оттепели: пушки перестали стрелять; потом лед разломало, дороги испортились, перестали подвозить припасы. Пришлось идти назад. По дороге зашел царь на Круглую гору у реки Свияги. Понравилось ему это место и сказал он: "Здесь будет город христианский; стесним Казань: Бог вдаст нам и ее в руки". На другой год на этом месте стали строить новый город - Свияжск куда послан был царь Шах-Али. Деревянные стены и церкви для нового города рубили в Угличе и по Волге сплавляли до Свияги. Пока еще город не был заложен, здесь собралась новая рать, посланная к Казани с князем Серебряным. Серебряный сделал набег на Казань и, возвратясь, принялся строить город; воины его принялись рубить лес, который покрывал гору; очистив место, размерили его, окропили святою водою и начали постройку. В четыре недели выстроили город. Жители нагорной стороны Волги: чуваши, мордва, черемисы, увидив новый город, спешили покориться русскому царю; их приписывали к Свияжску, брали с них дань, заставляли ходить в Казань; за то царь их ласкал; их старшины ездили в Москву, где их кормили, поили и дарили. Так началось русское господство в той стране; недалеко уже было и до покорения Казани.
В Казани тем временем началась рознь: крымцы, которые пришли туда с бывшими царями и оставались при молодом царе Утемыше, стали надоедать казанцам и начали казанцы переходить к русским. Когда в походе к Вятке, их побили русские, казанцы послали просить у царя Ивана Васильевича дать им царя Шах- Али, а Утемыша с матерью взять в себе. Так и было сделано: в Свияжск послан был Алексей Адашев сказать Шах-Али, что государь жалует его царством казанским, только с тем, чтобы горная черемиса (которая живет по горной стороне Волги) отошла от Казани в Свияжску, и чтобы русские пленные, которых насчиталось до 60,000 были выпущены. Не хотелось новому царю уступать черемису; знал он, что казанцам будет это противно; попробовал-было попросить, да бояре ответили ему, что государь не уступит. Делать нечего, надо было согласиться. Так Шах-Али выехал в Казань.
При царе Шах-Али (чтобы казанцы не сделали ему зла) были татары, приехавшие с ним из Касимова, где он прежде был царем, да стрелцы русские, и жили все они в его дворе. Приехав в Казань, заметил царь Шах-Али, что ему не будет спокойно: казанцы никак не хотели уступить России черемисы и стал он посылать к государю просить отдать назад эту черемису. Государь отказывал ему; отдать, значило опять позволить казанцам грабить русские места и дать усилиться этому разбойничьему гнезду; не было бы покоя во всех городах волжских. В Казани же оттого было неспокойно, что мурзыказанские выпустили не всех русских и которых оставили у себя, тех сажали в ямы; царь Шах-Али не унимал их, говорил: "боюсь бунта". Да и поблажкою ничего не сделал; мурзы, которым он и потому был противен, что уступил черемису, стали ссылаться с ногайскими татарами, кочевавшими за р. Яиком (теперь Урал) и звать их на своего царя. Узнал об этом Шах-Али, зазвал тех мурз к себе на пир и там перебил их всех.
Когда услыхал об этом царь Иван Васильевич, то подумал, что пришла пора взять Казань совсем за себя и послал сказать казанскому царю: "Видишь ты как лгут казанцы; они и брата твоего Джан-Али убили и тебя не раз выгоняли; введи к себе в Казань русские войска". - "Сам знаю - отвечал царь - что в Казани мне прожить нельзя, - если государь отдает горную черемису, то жить будет можно и будет при мне Казань крепка государю". Отвечали ему на то воеводы, что этого сделать нельзя, что тогда не удержаться Свияжску; а Свияжск нужен как охрана от разбоев. На то Шах-Али ответил: "Тогда придется мне бежать к государю". - "А коли так, - сказали послы - отчего не введешь русских ратных людей в Казань?" - "Я бусурман - отвечал Шах-Али - и против своей веры не пойду, да и государю изменить не хочу; все, что могу сделать: извести злых людей, которые против государя". С тем послы и уехали.
Рознь в Казани не переставала: одни пришли к царю Ивану Васильевичу и просили его свести царя Шах-Али, а им дать своего наместника; другие дослали к ногайцам просить у них царя. Шах-Али никто не хотел: его не любили и за то, что мурз избил и за то, что поступился такою большою частью царства. Царь Иван Васильевич послал в Казань Адашева сказать дарю Шах- Али, чтобы он выехал. Царь Али, когда ему повестили волю государеву, ответил: "Сам отдать вам бусурманского города не хочу; а жить мне здесь нельзя: казанцы убьют; да и ехать прямо нельзя, а надо бежать" - и уехал будто бы рыбу ловить и так приехал в Свияжск.