Luciens giftermål hade ägt rum i största enkelhet utan att han på förhand underrättat någon annan än Joseph och systern Elisa om sina planer därvidlag — han visste, att meddelandet ej kunde väcka annat än förbittring och att Christine ej skulle mottagas i familjen med vänliga känslor. Men den milda och ingalunda ointelligenta, om ock olärda Christine Boyer lyckades med tiden genom sitt sällsynt älskvärda väsen vinna familjens och till och med Napoleons välvilja och vänskap, om de ock alltid betraktade henne som ett allvarligt hinder för Luciens karriär. Lucien hade med henne tvenne döttrar: Christine-Charlotte Bonaparte, som föddes i Saint-Maximin 1795, och Christine-Egypta Bonaparte, född den 19 oktober 1798 i Paris. De kallades i släkten Lili och Lolotte.
Medan Joseph redan tidigt genom sitt förmögna gifte kommit till en god ställning, levde Lucien med hustru och barn i små omständigheter på en lägre tjänstemans anspråkslösa lön. Efter thermidor, i april 1795, erhöll han plats såsom depotföreståndare i en liten stad, Saint-Chamans, nära Cette. Här blev han på angivelse av en ung man vid namn Rey, som känt honom under den tid han i Saint-Maximin spelade Brutus, angiven för att ha varit Robespierres anhängare och hölls under sex veckors tid i hårt fängelse i Aix i Provence, hela tiden med giljotinens bila svävande över sitt huvud. Men genom Barras' välvilliga förmedling lyckades det Napoleon att befria honom. Efter fängelsetidens slut levde Lucien en tid med sin hustru i Marseille, där han hade tillfälle att följa med de stora politiska partiernas och idéernas omvandling efter Robespierres död. Men Napoleon ville ej att hans bröder skulle vara overksamma, så mycket mindre som han fick understöda dem, och han förskaffade Lucien i november 1795 en utnämning till krigskommissarie vid Rhenarmén.
På väg norrut för att tillträda sin nya befattning kom Lucien till Paris. Det var första gången han befann sig i denna härd för allt Frankrikes politiska och intellektuella liv, och det är förklarligt, att han med sitt lynne och sina intressen hade svårt för att slita sig härifrån; han säger själv i memoarerna, att intet intresserade honom så som att bevista kamrarnas seanser, lyssna till talarna och lära sig känna den nya konstitutionen, för vilken han var synnerligen entusiastisk: i sin ungdomliga iver var han fast övertygad om att systemet med två kamrar och femmannastyrelse bättre än 1791 års konstitution skulle kunna balansera ytterlighetspartierna mot varandra och upprätthålla en väl ordnad och bestående republik — "när jag lyssnade till kamrarnas seanser, säger han, fattades jag av avsmak för min nya tjänst över vilken jag först blivit så glad. Jag hade hellre avstått från allt annat i världen än jag velat fara långt bort från de offentliga talarstolarna."
I februari 1796 var han dock tvungen att lämna Paris och resa till armén i Bryssel. Liksom Joseph visade han föga intresse för sitt arbete i arméns tjänst, och han höll ej heller länge ut därmed. Då en del av familjens medlemmar i juni 1796 voro samlade på det italienska slottet Mombello i närheten av Loeben, infann sig plötsligt Lucien där med sin hustru. Napoleon, som hade varit djupt indignerad över Luciens långa dröjsmål i Paris och allt uppslukande intresse för dagspolitiken, var väl preparerad för att med ytterlig hänsynslöshet möta den självrådige yngre brodern, när han nu utan att ha anhållit om permission lämnat sin tjänst för att sammanträffa med sin familj. När Lucien och hans hustru anlände, ville Napoleon icke tillåta dem att stanna. Förgäves försökte de övriga syskonen medla mellan bröderna, men de ovälkomna gästerna måste strax efter sin ankomst vända om igen. Återresan gällde dock ej mera tjänsten, utan Marseille.
Napoleon ville emellertid ej se Lucien sysslolös utan vände sig till Carnot för att rekommendera honom till en ny befattning, den av krigskommissarie på Corsika, vilken han även erhöll. Fransmännen hade vid denna tid just lyckats återtaga ön från Paoli och engelsmännen, och nu pågick här inom förvaltningens olika grenar ett nydaningsarbete, i spetsen för vilket ställts Joseph. Det lockande perspektiv, som dessa stora förändringar erbjödo, försonade i någon mån Lucien med att ånyo träda i militärtjänst och vara borta från Paris. Bröderna arbetade och trivdes väl tillsammans och fingo även tid att vid sidan av arbetet bedriva allehanda icke alltid så riktigt förstklassiga affärer och spekulationer, genom vilka de snart nog skapade sig en förmögenhet. De drogo sig ej ens för att understödja sjöröveri och kaperier, vilket emellertid ej tycktes inverka menligt på deras anseende, eftersom Joseph år 1797 av valkretsen Liamone invaldes i de femhundras råd. Luciens tur skulle komma senare.
Men trots dessa framgångar var Lucien än så länge missnöjd med sin lott: han fann det orättvist, att han, som var Joseph så oändligt överlägsen, skulle ställas i skymundan av denne, som redan intog en bemärkt plats inom diplomatien och nu dessutom blivit lagstiftare. Han visste vem som var alla goda gåvors givare, och han beslöt att närma sig Napoleon. Ett tillfälle därtill gavs då Christine år 1797 blevhavande; Lucien författade nu en skrivelse, i vilken Christine ödmjukt och älskligt anhöll om att Napoleon ville stå fadder för det barn hon hoppades föda. Lucien hade räknat rätt, brodern åtog sig nådigt fadderskapet och visade Lucien sin bevågenhet genom att förskaffa honom en inflytelserik post i Bastia med stora inkomster och nära nog oinskränkt makt i militära angelägenheter.
Men det var ändå icke vad Lucien eftersträvat. Hans diktan och traktan gick ut på att komma till Paris, kasta sig in i politiken och få vara bland dem, som strävade att befästa och uppehålla den nya form för republik, av vilken han väntat sig så mycket. Han kände inom sig, att hans rätta plats var i det parlamentariska livet, och att endast där kunde han icke blott själv vinna tillfredsställelse utan också göra bruk av de gåvor, med vilka naturen utrustat honom. När år 1798 det obligatoriska genom konstitutionen föreskrivna omvalet av två tredjedelar av den lagstiftande kåren skulle äga rum, arbetade han ivrigt för att göra sig corsikanerna bevågen och försäkra sig om kandidatur till de femhundras råd. Det var ej heller förgäves han uppbjöd alla sina krafter. Han blev uppställd som kandidat och invald. Detta skedde den 18 maj 1798, eller dagen innan Napoleon inskeppade sig i Toulon för att företaga sin expedition till Egypten. Det fatala var emellertid, att valet på dubbelt sätt var olagligt: dels därför att Liamone ej detta år hade rätt att sända någon representant, dels emedan Lucien vid denna tid var endast 24 år gammal, och det för honom hade fordrats ett år till för att bli valbar. Hans val kasserades dock icke; man var år 1798 ytterst mån om att stärka det republikanska elementet inom folkrepresentationen, och Lucien med sitt föregående var ur denna synpunkt ett så gott förvärv, att man gjorde allt för att behålla honom.
Vid början av sin parlamentariska bana var Lucien ganska försagd, och han yttrade sig endast sällan. Men varje hans uttalande visar, att han under hela detta år, som Napoleon var frånvarande, förblev trogen sitt gamla republikanska ideal. Han gör sig alltid till tolk för liberala och humana idéer, och över hans andraganden ligger något av den flykt, som utmärkte de första vältalarna under revolutionen.
När de femhundras råd den 29 messidor år VI diskuterade förslaget om att fastställa decadierna såsom de enda nationella och republikanska fest- och helgdagarna, reser sig Lucien för första gången: "men vi ha icke rätt", säger han, "att hindra vilken medborgare det vara må att fira den helgdag, som hans kult föreskriver! Kunna vi befalla en fri människa att arbeta den eller den dagen? Kunna vi säga till en republikan: denna dag skall du arbeta, vilken än din trosbekännelse må vara? Folkrepresentanter, toleransen är en syster till friheten, förföljelsen är dotter av tyranniet; har någon av er hört talas om, att man ens i Rom under påveväldet förbjudit en sekt, som ni väl känner till, att arbeta på söndagen? Skola väl vi, som äro representanter för ett fritt folk, draga gränserna för trosfriheten snävare än i Rom!" Den 16 thermidor år VI framlade Lucien själv ett förslag till understöd åt fallna krigares änkor och barn, sedan ett förut i de femhundras råd framställt förslag i de gamlas råd hade blivit förkastat. Han yrkar på att republiken skall åtaga sig att understödja de faderlösa ej blott till deras fjortonde år utan till dess de kunde välja sig ett yrke — "då skall", säger han, "krigaren kunna lugnt sluta sina ögon utan att vara orolig för sin sons öde; han vet, att fäderneslandet gjort denne till sin son, och att det skall draga försorg om honom, ända tills han i sin tur kan skriva in sig i rullorna. Den på slagfältet förblödande krigaren skall ej längre vara bekymrad för sin familj och får ge bort sin sista tanke till fäderneslandet med att fråga om segern blivit de republikanska vapnen trogen."
Det var först i början av fructidor år VI, som Lucien började opponera mot direktoriet, detta med anledning av den lättsinniga och oförnuftiga utrikespolitik som direktoriet förde, samt dess olagliga inblandning i de republiker som Napoleon skapat. Den största av dessa, den cisalpinska republiken, sände en representant till Paris med klagomål över de egenmäktiga åtgärder Frankrikes ambassadör därstädes, Trouvé, gjorde sig skyldig till, speciellt över det olagliga införandet av en tremannaregering i stället för det direktorium av fem personer, som Napoleon upprättat. Då klagomålen riktades till Lucien och Joseph, försökte Lucien förmå direktorerna att taga sig an cisalpinernas sak och lugna de upprörda sinnena. För den skull uppsökte han direktorerna, främst Barras, och sökte personligen övertyga dem om att något borde göras, men följden härav blev endast, att en brytning för alltid mellan Lucien och Barras ägde rum. Då tog Lucien ett avgörande steg: i de femhundras råd stämplade han i ett glänsande andragande direktorerna såsom ansvariga för de oroligheter, som ägt rum i dotterrepublikerna. Detta angrepp på regeringen vann visserligen ej sådan anslutning, att någon direkt aktion därmed kunnat inledas, det hade väl ej heller Lucien åsyftat, men själv hade han med sitt uppträdande tagit bestämt parti: efter denna dag var han en av oppositionens ledande män, och alltmer blev det honom klart att direktorerna ej voro värdiga att föra styret, att de begagnade sig av sin makt endast till intriger och personlig fördel och att den statskuppspolitik, som de med förkärlek använde, på ett farligt sätt äventyrade respekten för lagarnas helgd.