Men det var som om Luciens framgångar, av vilket slag de än voro, ej lämnade hans store broder nattro — eller var det kanske förbittringen över att ej kunna knyta vid sitt öde den mest begåvade och den mest energiska av sina syskon — alltnog, förföljelsen fortgick. I februari 1808 träffades Lucien av förbudet att vistas i Rom. Han bosatte sig då på sin villa i Frascati, där han, omgiven av sin familj och sina vänner, levde fram ytterligare två stilla år. Vilken kontrast till brodern Joseph, som under samma tid kämpade sin hopplösa kamp i Spanien, eller till brodern Napoleon, vars despothand kom hela Europa att darra i sina fogar! Men icke ens under Tusculums pinjer fick Lucien frid. Mot slutet av år 1810 kom förbud att vistas även här, och ungefär samtidigt återsändes Charlotte, som i sina små brev hem hade djärvts göra sig en smula lustig över familjen och därigenom väckt sin store farbroders misshag. Lucien tog därefter sin tillflykt till den sista fridlysta plats han hade att tillgå — Canino. Han företog här storartade drivhusanläggningar, och hans dagar gingo med att övervaka arbetena i orangerierna, med att läsa och att dikta. Men ingen kunde förvåna sig över att han ej var tillfredsställd. Han var borta från Paris, där han hörde hemma, han levde en godsherres liv, medan hans syskon hade furstendömen och konungariken. Med vemod och bitterhet måste han fastslå, att han, som haft så stor del i befästandet av Napoleons makt, för all framtid var dömd till landsflykt och därtill skild från sin mor och sina syskon. Och allt starkare började hos honom den tanken tränga fram att sätta ett längre avstånd mellan sig och all den glans som rådde i Paris, därifrån kejsardömets gyllne örnar med hotfulla vingar överskuggade konungar och folk.
Men vart taga vägen? Del fanns blott ett fritt land som icke var fientligt — Amerika. För honom liksom för alla andra, som upplevat revolutionen, stod Amerika i ett fantasiens ljus som underlandet, där individens heligaste rättigheter respekterades, och där alla som förföljdes av våldet kunde få en tillflykt. Hit ville Lucien ställa sin kosa. Han begärde av Napoleon pass för resan till Amerika, och samtidigt skrev han till sin mor ett brev, som är betecknande för den uppfattning han hade om familjens handlingssätt:
"Min största sorg", säger han, "när jag nu reser, är att lämna er, men jag är tvungen att göra det, emedan kejsaren mot mig visar den mest skriande orättvisa, och emedan ni själv genom att ställa er på hans sida har, då det gäller mig, glömt vad heder och religion fordra. När jag är borta, skall ni helt säkert bättre förstå mig, och när sanningens timme engång kommer att slå, skall ni minnas att ni har en son, som gärna vill återkomma till Europa i sin otacksamma och orättvisa familjs sköte. Ja, i sanning, otacksam och orättvis. Ty också jag har bidragit till er framgång, och om ni tänker på den 18 brumaire, så böra Fesch, Louis och Jérôme känna tacksamhet mot Lucien. Jag påminner eder om detta, emedan jag tycker, att ni alldeles för snabbt glömt det, och emedan det för mig är svårt att se huru förblindade alla äro av kejsarens storhet, så förblindade, att ni behandla mig såsom en förlorad son. Ni borde säga honom, att jag gifte mig emedan det var min rätt, och påminna honom om att jag gjorde det innan han var kejsare, samt att han gör sig löjlig genom att behandla en minister och ambassadör såsom en skolgosse. Säg honom också, att min andra hustru liksom min första har sådana egenskaper, att dessa borde komma honom att glömma det som han kan ha emot henne. Om min familj gjort sin plikt och ej visat sig i stånd till så mycken låghet, vore jag längesedan återförenad med min bror, men man har alltid haft den dåraktiga idén att jämföra mitt äktenskap med Jérômes, och man försöker nu förlikna min skilsmässa vid kejsarens." Efter att ha erhållit del av detta brev, lät Napoleon sända till Lucien alla de papper, som voro nödvändiga för hans resa. Förberedelserna voro mycket vidlyftiga. Murat sände från Neapel ett amerikanskt fartyg vid namn Hercules, vilket skulle föra Lucien och hans familj över Atlanten, och i ett personligt brev anhöll Lucien hos lord Wellesley om tillstånd att få landstiga på Sardinien i hamnen Cagliari.
Den 7 augusti 1810 gick resan av stapeln, och Lucien lämnade Europa med sin hustru och sina många olika sorters barn, — en flicka Anna från Alexandrines första äktenskap, Lolotte och Lili samt de fyra barnen av Luciens andra äktenskap, Charles-Lucien-Jules-Laurent, Letitia, Paul-Marie och Jeanne. Efter en svår resa anlände de uttröttade till Cagliari, glada över tanken att få vila ut efter resan. Men nu uppstodo nya svårigheter. Lucien blev förbjuden att landstiga. Han vände sig ej blott till de engelska myndigheterna på Cagliari utan vädjade ock till konungen av Sardinien. Sedan Hercules flere dagar legat förankrad på Cagliaris redd, erhöll Lucien bestämt avslag på sin begäran. Men icke nog därmed, några dagar därpå fick han befallning att strax begiva sig till Malta, dit han skulle eskorteras av ett engelskt fartyg. På vägen gjorde Lucien ett försök att befria sig från eskorten, och Hercules började i smyg ändra kurs. Företaget blev upptäckt, och från det engelska fartyget avlossades skott mot Hercules, som nu förklarades för fientligt fartyg. Lucien blev såsom engelsk krigsfånge förd till Malta, där han landade den 24 augusti. Det hjälpte ej, att Lucien åberopade sig på engelska regeringen eller vädjade till sin rang och sina titlar, såsom krigsfånge tilläts han ej att gå ut utan bevakning, och hans hus omgavs av en vakt på 50 man. Icke desto mindre fann han sig i sitt öde, kanske mest därför, att hans barn trivdes så utomordentligt väl på den vackra ön med dess härliga klimat. Lucien själv återupptog t. o. m. här sitt forna litterära arbete, och utan större missmod beredde sig familjen att stanna över vintern.
Men plötsligt, i slutet av oktober, erhöll Lucien sent omsider av markisen av Wellesley svar på de skrivelser han tillställt engelska regeringen. Denna tillät honom varken att resa till Amerika eller stanna på Malta. I stället skulle han inskeppas på ett krigsfartyg och föras till England, där man ville anvisa honom en stilla och avlägsen vistelseort. Lucien var mycket upprörd över denna befallning, så mycket mer, som hans familj ej tilläts att följa med honom på resan. Den 20 november 1810 måste han anträda resan till England, kvarlämnade på Malta de varelser för vilkas lycka han redan offrat så mycket.
Den 28 december landade han i Plymouth. Från första stund han trampade Englands jord vederfors honom från fiendens sida alla de hedersbetygelser, som hans broder förvägrat honom. Han behandlades överallt som en prins av blodet och uppvaktades både av ministrarna och medlemmar av högadeln, som på allt sätt visade honom sin bevågenhet. Men detta var ändå intet mot den popularitet, som han förvärvade sig inom olika lager av det engelska folket. Man såg i honom ett offer för Napoleons förföljelser, och vart han än kom, hälsades han med entusiasm. Även tidningarna sysselsatte sig ingående med allt vad han företog sig. "Lucien Bonaparte är nu i gott skydd", skriver sålunda en engelsk tidning, "och så länge han lever skall han utgöra en förebråelse mot sin bror. Hans öde är ett nytt exempel på den grymhet, som brodern visat vid otaliga tillfällen, och ända till evig tid skall man minnas att han valt vårt land att bo i, samt kunna säga vilket av de två länderna, som behandlat honom mildare."
Den starka opinionen för Lucien undergrävde kanske ej mindre Napoleons välde än de andra brödernas regeringssystem. Napoleon förmådde ej med lugn bära prövningen att se Lucien hyllad av hans värsta fiende. Han avstod visserligen på grund av moderns förböner från sin föresats att förbjuda Lucien att någonsin mera trampa fransk jord, men han avsatte honom från hans senatorsämbete, fråntog honom hans kurfurstendöme, utströk hans namn från hederslegionens och Institutets rullor och berövade Lucien sålunda ej blott hans yttre värdigheter utan ock så gott som alla hans inkomster.
Luciens hustru och barn kommo även lyckligt över till England. Den första tiden bodde Lucien med sin familj i Wales, men senare köpte han sig ett lantgods, Thorngrove, helt nära London. Här idkade han livlig författarverksamhet och utgav även en diktcykel under titeln "Charlemagne ou I'église sauvée", vilken för övrigt ej hade något litterärt värde. Han uppgav dock icke sina försök att få tillstånd att återvända till Italien. Hans gamle vän Pius VII utverkade även denna tillåtelse, och i maj 1814 återvände Lucien med sin familj till Italien, där han under titeln prins av Canino, som han erhållit av påven, slog sig ner på sitt slott med samma namn.
Efter Napoleons tronavsägelse började Lucien, ädelmodig till sin natur, strax att arbeta på att återupprätta hans välde, och han deltog med iver i förberedelserna till Napoleons uppbrott från Elba. Under de hundra dagarna kom Lucien liksom de övriga syskonen till Paris, och förhållandet mellan bröderna blev nu bättre än det egentligen någonsin varit. Lucien erhöll under denna tid en diplomatisk mission i Schweiz, som han utförde till Napoleons tillfredsställelse. Liksom Joseph gjorde också Lucien allt sitt inflytande gällande för att förmå Napoleon att efter Waterloo genom en kraftig aktion mot sina fiender söka tvinga dem att till sin efterträdare antaga den unge konungen av Rom.
Efter Napoleons andra tronavsägelse hölls Lucien en tid fången i Turin, men han erhöll återigen hjälp av Pius VII, som hos Metternich utverkade hans frigivande i augusti 1815. Han bosatte sig nu åter i Rom, där hans tid upptogs av lärda studier, men var under flere år strängt övervakad av den heliga alliansen. Här föddes hans barn Pierre-Napoleon den 12 september 1815 och Antoine (i Frascati) den 31 oktober 1816, Alexandrine-Marie år 1818 i oktober och Constance år 1823. En son, Louis-Lucien hade blivit född i Thorngrove i England den 4 januari 1813.