I familjen Bonaparte väckte Paolis återkomst mycken entusiasm. Deras mor, Letitia Ramolino, hade i sin ungdom varit vittne till Paolis första frihetskamp, hon hade beundrat honom och kanske älskat honom och för sina barn brukade hon, då Charles Bonaparte var borta på sina resor, under de ensamma kvällarna förtälja så märkvärdiga historier om denne man, att han för dem framstod som nära nog legendarisk. Joseph, som vid Paolis återkomst var en 22 års yngling, blev också vald till medlem i den deputation som utsetts att mottaga Paoli, när han vände tillbaka till Corsika, ett storslaget och högtidligt ögonblick för dem alla. Joseph blev jämväl medlem i det nya municipalitet som efter franskt mönster upprättades på ön, och erhöll även andra hedersuppdrag, i det att han jämte bröderna Napoleon och Lucien invaldes i den elektorsförsamling som i september och oktober 1790 sammanträdde i Ajaccio, för att utse ett direktorium och i övrigt ordna landets angelägenheter. År 1791 utnämndes han till distriktspresident och 1792 till fredsdomare i Ajaccio, vilket familjen och han själv satte mycket värde på och för vilken plats han gjort sig meriterad genom att utge en kommentar till den franska konstitutionen av 1791.

Men om ock Joseph Bonaparte ställde sig under Paolis fana, så hade han likväl intet av upprorsman i sig. AU han smittades av entusiasmen för sitt hemlands frihet och oberoende betydde ingalunda detsamma som att han var en verklig revolutionär. Han hade intet av typen hos den ungdom, för vilken revolutionen hade kraften av en ny religion och vilka på dess altare hade hänförelse nog att offra allt. Om man överhuvudtaget vill precisera Josephs ställning till revolutionen, torde det vara riktigast att räkna honom till dessa strängt konstitutionella, vilka blivit kallade 1789-års män.

Överhuvud var Joseph under hela sitt liv typen för den civile ämbetsmannen, han hade intet sinne för det militära idealet, intet intresse för militära frågor, och han hade säkert lyckats bättre som byråchef än som konung. Då valen till konventet ägde rum lät han uppställa sig som kandidat, men fick ringa understöd och föll igenom. Detta berodde ytterst på att familjen Bonaparte ej åtnjöt samma anseende på Corsika som förr.

Enigheten bland de corsikanska självständighetsmännen kunde i längden ej bibehållas. Det uppstod snart tvenne partier, av vilka det ena på intet sätt ville kompromissa i frågan om Corsikas oberoende av Frankrike, det var Paolis och Pozzo di Borgos parti, det andra vartill Bonaparterna och deras fränder hörde, ville antaga det medlingsförslag, som framställts av nationalkonventet och understöddes av Corsikas deputerade. I de corsikanska nationalisternas ögon voro Bonaparterna främst av alla misstänkta. Man mindes plötsligt att deras far var den första som underkastat sig det franska väldet, man fruktade deras högmod och ärelystnad. Situationen drives slutligen till sin spets när Paoli plötsligt höjer upprorsfanan och stödd på engelsk hjälp börjar erövringen av Corsika. Bonaparterna å sin sida försvara sig på ett sätt som gör schismen fullständig: Lucien slungar i den revolutionära klubben i Marseille emot Paoli en anklagelse för förräderi mot Corsika. Svaret kommer strax: de upproriska kasta sig över Bonaparternas hus och bränna det. I största hemlighet inskeppar sig nu den 11 juni 1793 familjen Bonaparte i Ajaccio och beger sig över till Frankrike, där de landstiga i Marseille.

Den 13 juni skriver Joseph från Toulon till en av sina vänner: "Jag anlände hit för några ögonblick sedan. Paoli har slutat med att höja upprorsfanan, och jag har längre tid än ni själv varit förd bakom ljuset. Jag lider nu mitt straff därför, jag har blivit ett av hans offer. Han har uppbringat 2,000 beväpnade män, vilka förstört och bränt både mitt och Multedos hus. Från Calvi, där vi först hade gömt oss, ha vi nu kommit hit."

Då familjen vid sin plötsliga flykt hade varit tvungen att lämna all sin egendom i sticket, var dess ekonomiska läge ytterst prekärt. De hade för övrigt nu tillfälle begråta förlusten även av den lilla förmögenhet de nyligen fått ärva av sin gamle sjuke onkel, och vilken efter hans död hittats i reda pengar — under madrassen i hans säng. De saknade nästan det nödvändigaste. De flyttade från den ena orten till den andra, men funno ingen lämplig vistelseort och bosatte sig slutligen i en liten by, la Valette, nära Toulon. Under en tid utgjordes familjens väsentligaste tillgång av Napoleons löjtnantslön, och stor var glädjen, när denna efter bragden vid Toulon utbyttes mot en kaptenslön. Men även på annat sätt blevo familjens ekonomiska förhållanden förbättrade. I juli 1793 hade konventet beslutit att åt alla flyktingar från Corsika utdela understöd i form av en bestämd summa i månaden, utgörande 75 livres för yngre kvinnor och 45 för barn och åldringar. De unga männen erhöllo endast 25 livres en gång för alla, man räknade nämligen på att alla förr eller senare skulle ingå i den aktiva armén eftersom fäderneslandet var i fara. Det blev nu en tid framåt Josephs uppgift att arbeta på att för sin familj erhålla dessa förmåner. Med en oblyghet som nu kanske för första gången kommer i dagen, skriver han brev till konventet, till ministrarna och till alla inflytelserika personer i Paris. Och han gör det med en anspråksfullhet som vore familjen Bonapartes angelägenheter redan nu riksviktiga och som om statens framtida väl och ve berodde därav. Han lyckades även i sina bemödanden och familjen erhöll av franska regeringen 600,000 livres såsom ersättning för sin förlorade förmögenhet. Han själv ville på inga villkor gå in i aktiva armén utan sökte och erhöll antagligen genom rekommendation av sina vänner, konventets kommissarier i södern, bl.a. Robespierre d. y. en plats såsom magasinsförvaltare med en lön av 6,000 livres om året samt fri bostad.

Emellertid hade modern, Letitia Bonaparte bosatt sig i Marseille med sina yngre barn. Här gjorde familjen bekantskap med en förmögen köpmansfamilj vid namn Clary Denna familj hade relationer med den lägre adeln i trakten och blev på denna grund av konventets utskickade misstänkt för aristokratism. En av sönerna som var förföljd, sköt sig, en annan blev fängslad. Joseph lyckades genom sina förbindelser med revolutionsmännen utverka denne sons frigivande, och den tacksamhet som från släkten Clarys sida visades Bonaparterna gjorde att familjerna trädde i nära vänskapsförbindelser med varandra. I det claryska hemmet funnos tvenne döttrar; vad var naturligare än att befästa denna vänskap genom att låta sonens räddare gifta sig med en av döttrarna! Den yngre dottern, den förtjusande Désirée var emellertid vid denna tid endast 14 år gammal, och det blev sålunda den äldre, giftasvuxna Julie, om vars hand Joseph anhöll. Anbudet blev även efter någon tvekan antaget, och bröllopet stod med all den välmående landsortens pomp och ståt den 1 augusti 1794 i Cuges, en liten by där familjen Clary hade ett lantgods. Det har berättats att underrättelsen om Robespierres fall nått de nygifta på deras bröllopsdag — en bröllopsgåva som de utan tvivel till fullo uppskattade.

Det var ett gott parti från båda sidor sett. Joseph hade visserligen ännu ingen ställning, men han hade goda relationer och så mycket mera chanser att komma fram som han egentligen stod alldeles utom de politiska partierna. Dessutom var han en angenäm man, med sina 26 år, såg bra ut, var en trevlig och älskvärd sällskapsmänniska, ställde aldrig medvetet till bråk och hade lätt att komma överens med andra. Julie åter hade den egenskapen som för Josephs familj och även för honom själv var den viktigaste: hon var förmögen. Hon var också klok och bildad, men hon hade ingen humor eller esprit. Till det yttre var hon liten och mager samt illa växt, med ett sjukligt och tärt utseende, och hennes väsen ägde ingen charm. Den borgerliga vigseln åtföljdes i all tysthet av en kyrklig vigsel förrättad av en icke edsvuren präst — detta enligt familjen Clarys önskan och vilja. Den skedde i största hemlighet, då de icke edsvurna prästerna betraktades såsom rikets värsta fiender, och kännedomen härom kunde ha kostat både Joseph och hans unga maka huvudet.

I familjen Bonaparte blev Julie väl emottagen dels för sin hemgifts skull, dels emedan hon var just sådan man ville ha henne: god och snäll, men utan de yttre företräden som skulle ställt fröknarna Bonaparte på något sätt i skuggan. Det förblev även alltid ett gott förhållande mellan de båda familjerna, trots det att familjen Clary icke i sin familj ville mottaga ytterligare en Bonaparte — det berättas nämligen att när Napoleon hörde sig för om vad man tänkte om en eventuell förbindelse mellan honom och den yngre systern Désirée — sedermera general Bernadottes, konung Carl Johans maka — han erhållit svaret att "man ansåg det vara nog med en Bonaparte i familjen". Genom sitt giftermål blev Joseph obestritt ansedd såsom familjens huvud och stöd, ty vad var numera Napoleons lilla kaptenslön emot Josephs 150,000 livres!

Efter thermidor förändrades den politiska ställningen i Frankrike med ett slag. De nya maktägandes hämnd gick skoningslös ut över alla dem som kunde misstänkas såsom anhängare eller vänner till robespierristerna, men medan Napoleon och Lucien en tid sutto i fängelse för sina revolutionära åsikters skull, gick Joseph fri, vilket dels berodde på hans förbindelse med familjen Clary, dels på att man visste att han ej var någon politiker eller partiman.